RNA id: TCONS_00057152


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057152
length 434
lncRNA type inter_gene
GC content 0.31
exon number 1
gene id XLOC_027343
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 24758348 ~ 24758781 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atatataaatgttgattttaatagtttattaatcatttactagctcattctgaatgatcctaaaaaccctcaactactcttaaatacaaacggtttgtaaataatgcgatagttaatttagtaatgaaaaataaatcattaactaagtataaaaatacaattattaagcacattatacaggTCAAGAATAGagaatttgtagctgcagttataaactgaaTACTAAGGTCTATTAATGTAgaattaatgcttaacaaataatgaattcactagatgctaatgcctaataaatgattcatagtgtgtagttattataaagtgttaccgtcccttattaaccaggggtcggcacagcagaatgaaccgccaagctATCTAgcaagttttacacagcgaatgctcttacagctgcaacccagtactgtgacacccac

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057734 lncRNA upstream 869554 23880394 ~ 23888794 (+) True XLOC_027342
TCONS_00057151 lncRNA upstream 906700 23844584 ~ 23851648 (+) True XLOC_027341
TCONS_00057733 lncRNA upstream 1022377 23727103 ~ 23735971 (+) True XLOC_027340
TCONS_00057731 lncRNA upstream 1027309 23549874 ~ 23731039 (+) False XLOC_027340
TCONS_00057732 lncRNA upstream 1027309 23637162 ~ 23731039 (+) False XLOC_027340
TCONS_00057153 lncRNA downstream 255268 25014049 ~ 25016268 (+) True XLOC_027344
TCONS_00057735 lncRNA downstream 325314 25084095 ~ 25089847 (+) True XLOC_027345
TCONS_00057736 lncRNA downstream 995256 25754037 ~ 25755349 (+) True XLOC_027357
TCONS_00053838 lncRNA downstream 1598686 26357467 ~ 26359451 (+) True XLOC_027362
TCONS_00053841 lncRNA downstream 1737722 26496503 ~ 26572656 (+) False XLOC_027364
TCONS_00053788 mRNA upstream 1350319 23223881 ~ 23408029 (+) True XLOC_027336
TCONS_00053787 mRNA upstream 1353359 23223881 ~ 23404989 (+) False XLOC_027336
TCONS_00053782 mRNA upstream 1622153 23127284 ~ 23136195 (+) False XLOC_027335
TCONS_00053786 mRNA upstream 1623072 23134366 ~ 23135276 (+) True XLOC_027335
TCONS_00053780 mRNA upstream 1625897 23127104 ~ 23132451 (+) False XLOC_027335
TCONS_00053790 mRNA downstream 422791 25181572 ~ 25188102 (+) False XLOC_027346
TCONS_00053791 mRNA downstream 422791 25181572 ~ 25188160 (+) True XLOC_027346
TCONS_00053792 mRNA downstream 461893 25220674 ~ 25245327 (+) False XLOC_027347
TCONS_00053793 mRNA downstream 464269 25223050 ~ 25245817 (+) True XLOC_027347
TCONS_00053794 mRNA downstream 542129 25300910 ~ 25358478 (+) False XLOC_027348
TCONS_00053789 other upstream 1378970 23379262 ~ 23379378 (+) True XLOC_027338
TCONS_00053784 other upstream 1623812 23132542 ~ 23134536 (+) False XLOC_027335
TCONS_00053781 other upstream 1625824 23127204 ~ 23132524 (+) False XLOC_027335
TCONS_00053783 other upstream 1628715 23127307 ~ 23129633 (+) False XLOC_027335
TCONS_00053765 other upstream 2916379 21841853 ~ 21841969 (+) True XLOC_027321
TCONS_00053811 other downstream 848321 25607102 ~ 25609511 (+) False XLOC_027351
TCONS_00053842 other downstream 1811917 26570698 ~ 26570813 (+) True XLOC_027365
TCONS_00053851 other downstream 2341747 27100528 ~ 27106507 (+) False XLOC_027369
TCONS_00053853 other downstream 2341773 27100554 ~ 27105396 (+) False XLOC_027369
TCONS_00053858 other downstream 3356826 28115607 ~ 28115721 (+) True XLOC_027372

Expression Profile

//