RNA id: TCONS_00053874


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053874
length 82
RNA type miRNA
GC content 0.43
exon number 1
gene id XLOC_027379
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 28693266 ~ 28710065 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTCTCTATCGGTACCCTCACAAAAGCACTGACTTTGATGCTGTATTTGGTAAGTGCTATTTGTTGGGGTAGTTTCAAGTGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000181414

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057738 lncRNA upstream 58290 28633247 ~ 28635544 (+) True XLOC_027378
TCONS_00053863 lncRNA upstream 322396 28364263 ~ 28371438 (+) True XLOC_027373
TCONS_00053854 lncRNA upstream 1585047 27100554 ~ 27108787 (+) True XLOC_027369
TCONS_00057737 lncRNA upstream 1857159 26831255 ~ 26836675 (+) True XLOC_027366
TCONS_00053841 lncRNA upstream 2121178 26496503 ~ 26572656 (+) False XLOC_027364
TCONS_00057740 lncRNA downstream 268859 28962774 ~ 28963359 (+) False XLOC_027430
TCONS_00057154 lncRNA downstream 393098 29087013 ~ 29088974 (+) True XLOC_027432
TCONS_00057155 lncRNA downstream 460437 29154352 ~ 29155020 (+) True XLOC_027433
TCONS_00057741 lncRNA downstream 478525 29172440 ~ 29281146 (+) True XLOC_027435
TCONS_00057742 lncRNA downstream 511950 29205865 ~ 29207036 (+) False XLOC_027436
TCONS_00053869 mRNA upstream 189318 28473223 ~ 28504516 (+) False XLOC_027377
TCONS_00053871 mRNA upstream 193865 28495882 ~ 28499969 (+) False XLOC_027377
TCONS_00053870 mRNA upstream 193865 28495882 ~ 28499969 (+) True XLOC_027377
TCONS_00053867 mRNA upstream 243894 28442223 ~ 28449940 (+) False XLOC_027377
TCONS_00053866 mRNA upstream 269641 28418829 ~ 28424193 (+) True XLOC_027376
TCONS_00053926 mRNA downstream 120935 28814850 ~ 28822393 (+) True XLOC_027429
TCONS_00053927 mRNA downstream 268859 28962774 ~ 28976560 (+) True XLOC_027430
TCONS_00053928 mRNA downstream 303680 28997595 ~ 29000569 (+) False XLOC_027431
TCONS_00053929 mRNA downstream 304315 28998230 ~ 29000256 (+) True XLOC_027431
TCONS_00053930 mRNA downstream 471925 29165840 ~ 29290030 (+) True XLOC_027434
TCONS_00053873 other upstream 126 28693628 ~ 28693708 (+) False XLOC_027379
TCONS_00053872 other upstream 391 28693371 ~ 28693443 (+) False XLOC_027379
TCONS_00053868 other upstream 195769 28442262 ~ 28498065 (+) False XLOC_027377
TCONS_00053865 other upstream 286703 28384437 ~ 28407131 (+) True XLOC_027375
TCONS_00053858 other upstream 578113 28115607 ~ 28115721 (+) True XLOC_027372
TCONS_00053875 other downstream 60 28693975 ~ 28694047 (+) False XLOC_027379
TCONS_00053876 other downstream 304 28694219 ~ 28694299 (+) True XLOC_027379
TCONS_00053877 other downstream 1035 28694950 ~ 28695031 (+) True XLOC_027380
TCONS_00053878 other downstream 1198 28695113 ~ 28695185 (+) True XLOC_027381
TCONS_00053879 other downstream 1455 28695370 ~ 28695450 (+) True XLOC_027382