RNA id: TCONS_00065777


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065777
length 551
lncRNA type retained_intron
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_033616
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 20467549 ~ 20502769 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATTAAAGAAGCAATATGTTGATAATTTCAAAGAAGTCTATAAAAGCAGAAATTATAAATTAGGGAAAAGATTAATGAAAAATTAGTGTCTGCCATTGTTATTAATATCTAAAGAGCAAACTATCTATTTATAAATGGCATACAATTGTTCAATCCTATAatgtgaaacaaaataaaatattgtttgttaTCAGAATTTCATAATGTTTCATATTAATTCAAAAGATGCCATATTTATTGTTCTTTAAAGGTCTTGTTTTAATAGACTTATCTAACCATAAACACAAACAATAGAAGCTCTTCTGTCTTCCACCCAGGAACTGTGTAAAGACCCTCGACTCTTTGTGGATGGAATCAGTACAAGGGATCTGCACCAGGGCAGTCTGGGTAACTGCTGGATGGTGGCAGCCACATCGTGTTTGGCTGCAGAATCCTCGCTCTGGAAGAAGGTGATCCCAGACCACACtgaacaggagtggcacccaaagCGGCCAGATCTATATGCAGGAATATTTCACTTTCGTTTCTGGCGACTGGGCCAGTGGACAGATG

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000173488

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068808 lncRNA upstream 11481 20453126 ~ 20464807 (+) False XLOC_033615
TCONS_00068809 lncRNA upstream 11481 20453841 ~ 20464807 (+) True XLOC_033615
TCONS_00065757 lncRNA upstream 338819 20132360 ~ 20137469 (+) True XLOC_033607
TCONS_00065746 lncRNA upstream 611909 19861897 ~ 19864379 (+) False XLOC_033604
TCONS_00065744 lncRNA upstream 623689 19851464 ~ 19852599 (+) False XLOC_033604
TCONS_00068810 lncRNA downstream 34640 20511761 ~ 20517266 (+) False XLOC_033618
TCONS_00068567 lncRNA downstream 38887 20516008 ~ 20517831 (+) True XLOC_033618
TCONS_00065783 lncRNA downstream 47006 20524127 ~ 20524684 (+) True XLOC_033620
TCONS_00068811 lncRNA downstream 59531 20536652 ~ 20542154 (+) True XLOC_033621
TCONS_00065786 lncRNA downstream 94870 20571991 ~ 20577607 (+) True XLOC_033622
TCONS_00065773 mRNA upstream 4925 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065770 mRNA upstream 39507 20383841 ~ 20436781 (+) False XLOC_033614
TCONS_00065771 mRNA upstream 53611 20384408 ~ 20422677 (+) False XLOC_033614
TCONS_00065772 mRNA upstream 73244 20393386 ~ 20403044 (+) True XLOC_033614
TCONS_00065769 mRNA upstream 106419 20344507 ~ 20369869 (+) True XLOC_033612
TCONS_00065778 mRNA downstream 26223 20503344 ~ 20508771 (+) False XLOC_033617
TCONS_00065779 mRNA downstream 28190 20505311 ~ 20508763 (+) True XLOC_033617
TCONS_00065780 mRNA downstream 35298 20512419 ~ 20515427 (+) False XLOC_033618
TCONS_00065781 mRNA downstream 41097 20518218 ~ 20521608 (+) True XLOC_033619
TCONS_00065782 mRNA downstream 46943 20524064 ~ 20530447 (+) False XLOC_033620
TCONS_00065774 other upstream 4925 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065712 other upstream 1449218 19026314 ~ 19027070 (+) True XLOC_033584
TCONS_00065710 other upstream 1460777 19014767 ~ 19015511 (+) True XLOC_033581
TCONS_00065709 other upstream 1467709 19007840 ~ 19008579 (+) True XLOC_033580
TCONS_00065656 other upstream 3129149 17346399 ~ 17347139 (+) True XLOC_033546
TCONS_00065791 other downstream 168060 20645181 ~ 20651731 (+) False XLOC_033625
TCONS_00065803 other downstream 1154979 21632100 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065804 other downstream 1244007 21721128 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065845 other downstream 2318962 22796083 ~ 22800865 (+) False XLOC_033659
TCONS_00065856 other downstream 2332827 22809948 ~ 22820816 (+) False XLOC_033661

Expression Profile

//