RNA id: TCONS_00068812


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068812
length 507
lncRNA type inter_gene
GC content 0.51
exon number 5
gene id XLOC_033632
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 21096126 ~ 21313684 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atttattttcacttttgaaTTTTCTGACCCCAGGAGAAGAGATTAGCATTGATTGGACAGAAGGACGCTGCCTTCAAAACATCCACTCAGCATGCTGTTTCTAAACTATCTATCTCTTGGCCCCACAACCTGTTTTGATGCCCAGTGACCTGAGAAAGTCATATGGTTCTTCTGGAGCAGCATGTGCAGGGCTGGATTACGGATAGAGCCAATGGGCCCAACGCCCCGGGACCTCCGATTGCCAGGGGCCTTCAAAGCCTCAGGCTGCGCACCCCAAGACTGCCAAAGTGTGACAGCGCGAGAGACGCGACGTGAGGGCCGGGAAGAACAAGTGCAAGATGGAGACAGTGGTGGCAAATGTATTCAGCCACTGTCCCATTTCCATTCATTGTTTCTGGGTGCGTCTCCGGAGATTCACAACCACCTTCTGTTGGAGAGCGAGGGAAACAGGGTCACTGCAGATGGAGATGAGGAGGGGAAAGAGAAGAAAAACAGGAAATATGGAAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0005769 early endosome cellular_component
GO:0012505 endomembrane system cellular_component
GO:0034663 endoplasmic reticulum chaperone complex cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068570 lncRNA upstream 180214 20911912 ~ 20915912 (+) True XLOC_033629
TCONS_00068569 lncRNA upstream 219364 20869043 ~ 20876762 (+) False XLOC_033628
TCONS_00068568 lncRNA upstream 264556 20797002 ~ 20831570 (+) True XLOC_033627
TCONS_00065792 lncRNA upstream 445584 20649666 ~ 20650542 (+) True XLOC_033625
TCONS_00065786 lncRNA upstream 518519 20571991 ~ 20577607 (+) True XLOC_033622
TCONS_00068815 lncRNA downstream 658992 21820301 ~ 21831281 (+) True XLOC_033636
TCONS_00068816 lncRNA downstream 697909 21859218 ~ 21874346 (+) False XLOC_033638
TCONS_00065809 lncRNA downstream 697998 21859307 ~ 21874346 (+) True XLOC_033638
TCONS_00068817 lncRNA downstream 1277138 22438447 ~ 22537335 (+) False XLOC_033645
TCONS_00068818 lncRNA downstream 1366870 22528179 ~ 22537335 (+) True XLOC_033645
TCONS_00065797 mRNA upstream 6651 20965880 ~ 21089475 (+) True XLOC_033631
TCONS_00065796 mRNA upstream 157018 20917966 ~ 20939108 (+) True XLOC_033630
TCONS_00065795 mRNA upstream 187465 20876303 ~ 20908661 (+) False XLOC_033628
TCONS_00065794 mRNA upstream 187465 20876303 ~ 20908661 (+) True XLOC_033628
TCONS_00065793 mRNA upstream 430787 20656942 ~ 20665339 (+) True XLOC_033626
TCONS_00065798 mRNA downstream 19438 21180747 ~ 21313684 (+) False XLOC_033632
TCONS_00065799 mRNA downstream 111524 21272833 ~ 21313684 (+) False XLOC_033632
TCONS_00065800 mRNA downstream 113843 21275152 ~ 21309848 (+) True XLOC_033632
TCONS_00065801 mRNA downstream 160008 21321317 ~ 21626580 (+) False XLOC_033633
TCONS_00065802 mRNA downstream 170379 21331688 ~ 21626369 (+) True XLOC_033633
TCONS_00065791 other upstream 444395 20645181 ~ 20651731 (+) False XLOC_033625
TCONS_00065774 other upstream 624763 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065712 other upstream 2069056 19026314 ~ 19027070 (+) True XLOC_033584
TCONS_00065710 other upstream 2080615 19014767 ~ 19015511 (+) True XLOC_033581
TCONS_00065709 other upstream 2087547 19007840 ~ 19008579 (+) True XLOC_033580
TCONS_00065803 other downstream 470791 21632100 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065804 other downstream 559819 21721128 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065845 other downstream 1634774 22796083 ~ 22800865 (+) False XLOC_033659
TCONS_00065856 other downstream 1648639 22809948 ~ 22820816 (+) False XLOC_033661
TCONS_00065868 other downstream 2123726 23285035 ~ 23285151 (+) True XLOC_033666

Expression Profile

//