RNA id: TCONS_00065799


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00065799
length 5512
RNA type mRNA
GC content 0.37
exon number 5
gene id XLOC_033632
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 21096126 ~ 21313684 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCCCTTTCGGTTATTATAGCAACTGCGTGTTTCCTCGAGTTACAGCTGAGGGGAATCAACCGGTTGCTTACAAAAAACCTAAAAAACAGCTTAAATATCGATTTTggaaatcaaaaaataaatcacaatgcaCACTGACGCTTTTTATGCTATCTAACGCTAATAGAGAGTAATAGAAAAAACGACTCAGCAACCAAGTAAGCGTTGTTATTTGCTACATGGAGGTTAGTGGAAAGTGCGAGATATCTGGAAAGAGGAAAAAATACCCGGATTGAGATCACAAAGAGCGAATTATGCTGGAGGAAAAGTGAGCAAACTGTGAAAAGACCCTCCTCTGCCACGTCTGAACCTGCCCTGTCAGTTCCTTTCAGCTCAAACCTGCAGAAGAAGCCGAAAGAAAGAAGGAAGCTTTAATTAATTAACGTTCTGCAATGCAGCCCATCTTTCCtgttcctctcctgtttctcctGTTGGCTCAACAAAGCGTTTGGTCGTCTACTCCACAGGAACCAAAAGTTCAAGGCTCTCCTCCAGAAATCTCCAGCTTACATCACCCCACCTGGAGCCTGGGGCTGCAGCTGTACAGGTCGCTCCGCACCAACGGTTCCCAGACCAACACCTTCATCTCCCCGCTTCTGTTGGCCAACTCCTTGCTGGCTCTAGGGGGTGGAGCAAAAGGATCCACAGCCAGCCAGTTTCATGATCTCCTGAGGATCACCAAAAATGAGAATGTGGTAGGAGAGACTTTGACCACAGCACAGAAGGCTGTGCATGAATCAAATGGGACCAGCTACATATTGCACAGTTCCTCTGCACTGTTTTCCAAACAAGCCCCTGAACTGGAGAAGAGCTTTCTGGAGAAGCTCCAGACCCACTTTGGGATGCAGCATGTGGCCCTGGAGGATGCACAAAAACAGTCCGACATGGAGAAGCTCCAGTACTGGGCTAAAAGTGGGATGGATGGGGAAGAGACAGCAGCTCTGAAAACAGCACTGGAGTCCAAAGCTGGAGCCTTGATTCTGGCCAATGCACTGCACTTTAAAGGATTGTGGGATCGAGGCTTTTACCATGAAAACCAAGATGTGCGCAGCTTCCTAGGAACCAAATACACTAAAGTTCCCATGATGCACAGATCAGGTGTGTACCGTCATTACGAGGACATGGAGAACATGGTGCAGGTTTTGGAACTAGGCCTGTGGGAAGGGAAAGCCAGTATTGTGCTGCTTTTGCCCTTTCATGTGGAGAGTTTGGCTCGGCTGGACCGTCTGCTGACCCTGGATCGACTGGAGAAGTGGTTTGGGAAACTCAACTCCACAAGTATGGCATTATCCCTCCCGAGAACCAAGATGAGCAGCGTGGTCAATCTGCAGAAACAGCTAGCCGCAATGGGTCTGGTAGATGCATGGAATGAGACATCGGCTGATTTCTCTACTTTGTCAAGCCTAGGACGGGGAAAGCTTCACCTGGGAGCAGTGCTGCATTGGACGACCCTTGAACTGGCCCCCGAGTCTGGCAGCAAGGATGACGTACTTGAGGACGAGGATGTGAAGAAGCCTAAAATCTTCTATGCAGATCATTCCTTCATTATACTAGTCAGGGACAACAGCACTGGGGCATTGCTCATGATAGGTGCTCTGGACCACACAGATGGCCCTGCAATTCACGACGAGCTGTAAAGCCAAAATACTTGACCCTCTGGCACTGACAAATCAGCTAAAGAGCCAAAATAGCTGACCTACGGTTATTGACAATAAACTGACCCACTTATCTACTACAAATCCACTGTCTTTCATCTGTTGGCCTTATGTGCTGACATGTTACGTTGTGCTTGTTTTACAAATTCACAAGAGCTTAGGGTAGTATTTAGTTAAAATAATGTTTGGGCCTGCACTGAATCTGCCTCTCAGACTTCTGCAGAAATACATTTCATCAGCATAAATAAGTTCAATGCAACTTgtagttttgtttgttaaatatttgGACAACGTTGGTAAATCTTTCAGCTGCCATTATGAGTTAAAACCTTTCTGTCTTTTAGCATTTAGCTGATGTTtttattcatattcaattttgtagtacttttaaatatttttattacaatctCTAAATTAATATCTAGACTAAAAAAAATAAGTCACGATTAGCTTGATCAAATGTTTGTAACGATTTGCATTAGCAAAAATATTATATCAAGTACAATTAACTTATCAATAACGCGTAAAATCTACTTAATGTTTAACCTAACACTCCTtaataatttaagtaaaaataaatgattatctgGGCGCGGGACTGTCGGCTTACAGCAAAAACGTCACTGGTTTGAGTTAAATTGAGTAAATTgttcttagtgtatgagtgtgggagtgtatgggtgtttcagtactgtgttgtggctggaagggcatccgctgtgtaaaacatatgccagaatagttggcggtttattcccctgttgtgacccctgataaataagggattaagccgaaagaaaatgaatgaataattaattatctCTCGTTttgagtttatatttatttacatgaatgaattaatgtcaAGTTCTTGTTTTAGCAAAAGGAACATTGCTTTTAACAATTTAAGTAAATCTTATTAGTTACAAATTGGTAACTTAATTGAATTAAGACACATATTTCCActgattttaaatgttatttcactttattttaataaaattgaacCTAATAGCAAATTGACTTTAAAAATGCTTACTGATCTCAGAGCTATAGTGTTAGCACAGCTGTTGCTCTTTGAGCATTAATGTCGATAATAAAAAAGACCCAAAGTATGACTGCTACTCTTCTGCAAGGTGGTAacctcaaaaccaaaaagcttacTCAAAACTCTCTAATCTAAGCTAAACCCTAGattaaactgctttcattttCCAAATAAAAATTACATCAATTACTATATATccataattaaaatgtatatattactaGATTTGCAAccattagaaaatatttaaatattacaagtaaatgaatattaatatttaactctTTCCACACATTTTTGGAatcaagtaaatgtgtaaatacaaAATAGTTTTCGTATTAAATTCTAGTTATCCTTGacatataatattaaaatttaaaaaatttgagAGTAAATTTATTAGAGTTTACTACACCAAAAAGTCATGACTTTCAGTGTATCCTTTATTCATACTTTTCAGTTATTAATTATTGGCTAAAGGGATATCTATAGTCATATAGAATAGATTGCTACTACTTATCAGGCGTAGCATAAAAATAATTATCAGtttattaatcaaaatattaTGTGGTATTTCTACATTTCAGTAGAgctttgtttttgaaaacacactTTGCAAATTAAAAGATTTATTATGCAATTAAAACAAATTGATTCAATCTATACACAAAGCATCTGCTTGCCCATTTTCTTATGTGCATGTCTCTTAAACATTAGACTGTTCCCACAGATATGTCAGCCAAATGTGTGACATTTTATAACCAGCTTTGTCGTTTGACTGATCTTTATTGCTGTAGTGTCACTCTACATAGCCCTAACGTAAGCCTAACATACCCAAACTACTTACAATAGtatttttactgcttgttcaaactacttatttaaaaaaaggcagAATCAACCTAATTTGTTAAgggttttttaggacaacttaatggttttatgttcaatctacttacatttgtaaaaacaaacttaattgatttgtgttggaacaccatgaaggaattgtgtgaatccctgcattttttacaatgttggAAACTGTTCCAGTTAGTGTGCATTCAGACTCATGAGTGTGGACCTCATGGTCTAACAAAGACCTAGTGTGAATTGCTTGTGGTCAGTTCTGAAGCTAGCAAATAGTACAGTACTTTCCTTTCATATGTCTACAGGCCATTCACAGCAGAGACACTGACTGACAGCAACACTCACAGTGATAGACATGCACTGGGATGAGATCGTCAGTGGGAAGCTCTGGAGAAAGTGCGGTGGGTGTCAACTGCACTCAAATCGACACTCTGACACAACTCATTCCCCACCGTTACTGTAAAGAAACCCACCACGATGACAGCCGAGTGAACGCATACTGATGCCGAGATACTGATACAGACAcaccacacactctctcacactgcTACGCAAAATGACTGTCAACATGTAAACACTAATGTATCCAACATTGGTTAGCTGTTCATGCTATTTAAAACAGGTGATGTACATATTACAGTTTAGTCGTTTTAGtgtttgttattaataataaatgcaaataagctgcaAAAAATGGAACAAATACAAGggaatacaaattaaaaaacgtttttttacagtacatttaacaGAAATTATTCAAAAGTAAAGTCGTCACTGTATATAATAAACGTGAATTGATTCTTAATGATAAACAAGTTATTCAGTCAAGAGCCGCAGGGGATTTTCTCTTTGTCTTCTGTTTGATTAATTAATCACACAGAAGGCAGCGGATGCATTAGACTACTGTCACTTCAAGACCTAATGTACCAACATGATAATATAGCAACTGACACAACCCATTTTCTGGTTACATTCTCCTAACACATAAATAGCTGTGTTTGCATGAGTAATCCAGGGAAATTTTGACAATATTGTGTGTATCTGACTATTTAAAAGACCATTCAAGCGAATGCAGGTTTGCATGCTGCTGTCTGGGAGACAAATATCTGGCTGCATGCTTTAGGTGCGTGTCAAATTTTTATGCTAGCATTCAATGTgctaaaacgtaaaaaaaaaaaaaaaatcttctgactcttctaaagcaaaaaataccataaaatgtgtgcagatatttaagaaacatgctaagagaacatatttatctgaaaaacaagtctgaagtcagttattctacTTTGAAAATGTGTTACTTGCCAAActtttctttgttttggttcttttaacctgctcactgccaatttagccaattatatttaagctccccg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Function

GO:

id name namespace
GO:0005769 early endosome cellular_component
GO:0012505 endomembrane system cellular_component
GO:0034663 endoplasmic reticulum chaperone complex cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-050417-12 Predicted to enable serine-type endopeptidase inhibitor activity. Predicted to be involved in negative regulation of endopeptidase activity. Predicted to be located in extracellular space.

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000052942

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068814 lncRNA upstream 92021 21096187 ~ 21180812 (+) False XLOC_033632
TCONS_00068812 lncRNA upstream 111524 21096126 ~ 21161309 (+) False XLOC_033632
TCONS_00068813 lncRNA upstream 111524 21096187 ~ 21161309 (+) False XLOC_033632
TCONS_00068570 lncRNA upstream 356921 20911912 ~ 20915912 (+) True XLOC_033629
TCONS_00068569 lncRNA upstream 396071 20869043 ~ 20876762 (+) False XLOC_033628
TCONS_00068815 lncRNA downstream 506617 21820301 ~ 21831281 (+) True XLOC_033636
TCONS_00068816 lncRNA downstream 545534 21859218 ~ 21874346 (+) False XLOC_033638
TCONS_00065809 lncRNA downstream 545623 21859307 ~ 21874346 (+) True XLOC_033638
TCONS_00068817 lncRNA downstream 1124763 22438447 ~ 22537335 (+) False XLOC_033645
TCONS_00068818 lncRNA downstream 1214495 22528179 ~ 22537335 (+) True XLOC_033645
TCONS_00065797 mRNA upstream 183358 20965880 ~ 21089475 (+) True XLOC_033631
TCONS_00065796 mRNA upstream 333725 20917966 ~ 20939108 (+) True XLOC_033630
TCONS_00065795 mRNA upstream 364172 20876303 ~ 20908661 (+) False XLOC_033628
TCONS_00065794 mRNA upstream 364172 20876303 ~ 20908661 (+) True XLOC_033628
TCONS_00065793 mRNA upstream 607494 20656942 ~ 20665339 (+) True XLOC_033626
TCONS_00065801 mRNA downstream 7633 21321317 ~ 21626580 (+) False XLOC_033633
TCONS_00065802 mRNA downstream 18004 21331688 ~ 21626369 (+) True XLOC_033633
TCONS_00065805 mRNA downstream 438484 21752168 ~ 21778474 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065806 mRNA downstream 454768 21768452 ~ 21774220 (+) True XLOC_033634
TCONS_00065807 mRNA downstream 473823 21787507 ~ 21806454 (+) True XLOC_033635
TCONS_00065791 other upstream 621102 20645181 ~ 20651731 (+) False XLOC_033625
TCONS_00065774 other upstream 801470 20467549 ~ 20471363 (+) False XLOC_033616
TCONS_00065712 other upstream 2245763 19026314 ~ 19027070 (+) True XLOC_033584
TCONS_00065710 other upstream 2257322 19014767 ~ 19015511 (+) True XLOC_033581
TCONS_00065709 other upstream 2264254 19007840 ~ 19008579 (+) True XLOC_033580
TCONS_00065803 other downstream 318416 21632100 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065804 other downstream 407444 21721128 ~ 21752761 (+) False XLOC_033634
TCONS_00065845 other downstream 1482399 22796083 ~ 22800865 (+) False XLOC_033659
TCONS_00065856 other downstream 1496264 22809948 ~ 22820816 (+) False XLOC_033661
TCONS_00065868 other downstream 1971351 23285035 ~ 23285151 (+) True XLOC_033666

Expression Profile

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