RNA id: TU48858


Basic Information

Item Value
RNA id TU48858
length 9423
lncRNA type inter_gene
GC content 0.38
exon number 3
gene id G36458
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_053115.1
NCBI id CM020912.1
chromosome length 44863486
location 7209996 ~ 7272368 (+)
genome version GENO_Pfluv_1.0_2020_eurasian_perch_Genome
species eurasian perch
(Perca fluviatilis)

Sequence

ACAGTGTAGCCCTCAAAGACGCACATTGGGTGTCCCAGAATGAAGTAACCAAAAAACTGGTTGCATACGCTGATGGTGCTGGCAAGAATTGTCTCTAATATATCAGCAACTGCAAGATTTACCAATATCCAGTTCAGAGGGTGACGGAGTTTCTTGAACTTGGCTGTGGCCACCAAGACGAGACCGTTGGTGAAGAGTGATGCGACAACCACTATGGTCATCCACAGTGTTGAAACGTGGTAACACCATCGCGGAGCAATGTGGTAATTTGGACCCTCAAAGGGACCTGAAAGAAAAAAGCAATCTCATATTTAGTCACACAATTTAGAATCACGTAAAACGTCtatgaatgtgtttttaaaataataaccaAATACAATAATTGTAAGTTTATAAATTTCAGCCATAGTGACATAGTtgctttacagtaaaagtcAACAAAATATGATGGTCATTTGCTCTGGTcaatgaattattaaaaaagtaaaaagtagtgtaCCTGGGGTATTATTGCTGTTTGTGTAAGCAAAGCCACCGCGTGTTGTATCTTCGTTATACCGCCTGGCAGCAAATGCCTGTTTTCCCCACTCTTCTGCCATTCTGATCGTAGAAGGAGGACCTTAGCAGTTGACCTTTCTTGTCACTTCCAACCTCCTTAGGTGACTGTTGCCCCACCTCTGACTTTAGCTTTTATACCTGTACTTCAGAGACCTCCAATAGGATTAGGTGGTAAGGTCAAAAGAGGTGTCCTGCTTAGTCCTGCTTAAGACACAAAATGCCCAAATAATCTTGTTACAATCGGATTTCCGTCCACTCCATTCAAATGGgaattagatagatagatagatagatatatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatagatacagacagacagaatttTGAGCCATCACTTGCCTTCATTGATATCTGATATAGCCAATATTGTGTACTTCTTACTATTTCTAACTATAGTAGTGTAACATTAAGTAACACTGACTATGTGTATCAAATGATGACTTAAGCTTCAAAGCTAATTTTTCTTGTACTTTGGATGGAGAGGAATAATTCCACATTGGGACACAAATGCATCCATTGCgtaatattaaattaatttggGAAGTTACGTAAGACAAACAATgcaattcaacttttttttatatttatctaCATAACAAATCTTGAGCTCAAActtgactttttgacttttgaccTCTATTTTCAAGTCACTGTACTCTGACTTTGTATTGTCTGCAAAAAGTGAGAAGTCACGCCaaggcaaaaggcagtaacttCCACATTATCAATATTTGGTTGCTGCTCaccatttttaaaaataattatagtAACACCTGTATAAAATCTAGtgatgaaatatatttttttatgttttacaatTACTTATTGCTATCCTGTTCCCTAACTCAATTTGAGCATTCCAAAACAAAGTCAAAGAGCAATAACTGGTGTTACGGTGTTCTGCCTGGGTTTCTCCTGGGCTTTTCAGTGTTACTGTTAAGACAGTCCATTATTTTCTCAAGAAACAACGAAATTGACTCAAGACACTTATCCACATGATAAAGGATGTCTTGAATGTCCCAAAAATATCATTAATTATTTTCGACCAAAAACGAAGTTACAACCTTTTGCCTTTACAGGGCAGTAGAGCTGGGGACCCTGGGCACATGAGGTCTGCCAAGTCTTAAAGCAGCTTAGTTAGACAAGTTGTAATCCACGTAAAGCGGCAATCACAGTTTGTGTGAGGAAAGTAAGACACCTCTAATGCCTCCAGAAAGAGAGATGACATCAGGACATATAATTTTAAGACTCTCCTTTGATCCTACATCTCACGTCATAATCCAACATGATTTCTGACGAACGGCTTTTGAAGAACACTTTCGAAAGGATGGCGCCAAACAGCATGATAGGCACACACAGATTCTTAGTATTGAGTTTTTATCCTAGAGGCAGGATACAGGGGCAGGATAAGCCAACAGCAAGGCCATTATAAAATGTTACGTTTTATTAGACCCAgaccgatctgccggcgatttgttTCACcatgcagctcaggctggaaacctgtacgtttatctatcctgcttccattACAATTTTAGatagaagcgaccaagcagcttcttgtttacattcaacatagcagccaccgaagcgcagcaacccgttgatgccgctgtcgctgctatgtcattaatctgattggttgaaggactatccaattgcatacagagtcatttgaactatgcccattcatcacgcctcttgtgcaatAGAAAACACAGAGCAGATTCCCCAGAGTAATGTTCggtcttaaaagattgagcttggtctggtgatagccagtcTAAAGTTTTatgctagttagctagctttgtTTTAGCCAACAACAAATTTATATATTAAGGTAAAAACCACGTCTTGCactgtatttcataaaaaacaaaatcatattACATACCTGTCTATGGAGGAAGAGGGCATGCTTTGTGCAGAAAATTAGTCACTTCCGATACACAATGAATGAGCGTAAATCTTTCCACCAGGGACCACGGACCTAACCTGGCTCCGCACTCCTACATACTCccactcaattttcattttgctTCAGTACTCTGTCTGGGTTCGCGGTgtagtcttgggttttctcgaCCAAAgtttttggcggtccaatcagcgaacagagggagtggctgagaacgatggcGTAGAGGCCATGCGTTAGAGTTGCAGCGAAGAAAGATGCAAGCGAAAATATTTGGTCCGTTGTGGTAATGccgccgaatatccagaagttaaagcctgaGCAAGAACAacctttgctgagttgtgttggtggccacgatgttgtggccctcctccccacggttcgggaaaagtttgattttccagctcgctccgtaagtggtgaaggagttggctaaggctaatgctagcgatgctaatgctaaatataggCCTTGGCAGTCTCCtgtcttgttgcacatgcgcatgacaaacgtcacgaccaaacgttagcgatttgtaatggcagatccagagtggctctgggcagatccagtagttttaaacttcaacagagtactcGCCTttaaggaagttaacacttgtcaatggagagaggccagactctctgtacaaatgaaatgtacgagagtctgataggaccaggctaccaCGGACCcactttttgtctcattttctgTGACCAGTGCAGAATGAAAGCACAATGGATTCAGCAAGCCAACCAGGGGCTGGCgagttagctagcttgctaactctgCTATGTGTCCACGCCACACAAGTCACAGAAAACGAGCCGAACAAAGTTATTGTTACTCATCTGACGATAGCTTTACTACGCTGTGACAAGGGTTAGGGTCAGTGTGTGCAAGTTATTAAATTTGACTCATTTTGCGGCTGGCTCTTTTTTTCTCGTAACATTACTACTCCACTGCTCGTTCAGCTGTTACTGCAAAACCTCACCTCCACTACTAAGTTTATACAGAAGTTAGTCCATTGCGATGGCAACGGTACACATAAATTGACACACATTGATTTTAATTGAAAAATCCTTTCTGTCCATTTTATTTCAATGGTAGAGGTTTCTTTTACTTGCTTCCAAAACAAATGCACGAACTAGCCAGATCAAGATCTTTACAACACGAGGCAGGGGTGCTCATGGAAACACTGCTCCTTTTTTCCACAGGGGCCGCCAAAATCAACTCAAAATGAAAGTTCCTGCTTCAATTGTGGAtcttttatttactgtatttctATTCACTTTATCATTCATTATTAAGGTTGTTTTAAAACAGATAAGCCCATCATTGCCTGGTCAAGAGCCTTTGTACCAAGCAACCATAGCTATTGATAAAACTGACACTATATCAATGTGTCTTGCAGAAGGGCATTGTAGGGTAGCAGCTGTTGATCAGTTTCTGCCCTCTAAGTGTTGAACCTCTAATGAGATCCAGGTTGAACTAGGTGACGATTTCTCATGTCCCAGTTGACTAAATCAGATTATACAGACAACTCAGGTTCTTTCACAAATCAGATTAACAAAGAGCAATTACTTCTGGCATTTCACACGTAGTACTTTAATCTCTCCAGCAATAGTACATCCCAGAGCATAGGTTAACTAACCctttattggtttattttaaTCTGttaattctgtttttcttaattcttcttcttgttcAAATACCTGGCTCGCAGATTTGTTAAGAACTCCATGTCGGACAAGGACTGCACATCGAGAAGAGGATGGATCCTGAAACTAAAGAAATCTGtaaacttttcttcttttttcctttatttccaAATATGTCTTAAATAATATTAGTACATAACTGAATTTCTATTACTGTTTATGAATTAATACTAATAACTAATGTCTTGGGGGAGAGTGTTTTGCTTTCTGTATCTTGATATATATTTCCATGGATGCTGTGATGTTTCGATGGGTAGGTCTGGAATTCCGCTAGTTCTGAACTATTCGTGGTTGGTAAAAGTTCACTACTAGCAGAACTCAGATTTGCTCCCGAGTACCGGCGGGAATCTCCATGACCACCTGAAATGACCTGGTGTGAAAGTCTGGTTTATGCACTCGCTGTCTGAATAGCAGGTGGTCTGCATGTGTATTCAATTATTACACTGGTGTAAAGTGAACCGAGTCCACCTTTGCTACTCATTGTGTTCACTTCACATCAGGTAATAATCCTATTCTCAGATTTGTGTGCAAATGTTGTTGAGGGATGTTGTAACGACCAGAAGACTCGTTTCCCTTTGCATTTCCCTGCAGCATAGATGACCCATGATTAAACCCAGAGGCATTGGTTTTAATGGTATTTCCAAGTATTGATTTGACTGATTGATTTTCATCTTTTCTCAGCAGCATGACAGGCAGACCACAGATGTAACCACAGATGTTTGGTTGTAATATTCAT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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU48848 lncRNA upstream 66 7215356 ~ 7258950 (+) False G36458
TU48861 lncRNA upstream 66 7242682 ~ 7258950 (+) False G36458
XR_005638954.1 lncRNA upstream 939 7242362 ~ 7258077 (+) True LOC120557300
TU48851 lncRNA upstream 15263 7215356 ~ 7243753 (+) False G36458
XR_005638955.1 lncRNA upstream 26546 7225630 ~ 7232470 (+) True LOC120557301
TU48884 lncRNA downstream 3784 7272454 ~ 7272800 (+) True G36469
TU48885 lncRNA downstream 4411 7273081 ~ 7273879 (+) True G36470
TU48876 lncRNA downstream 26716 7295386 ~ 7306311 (+) False hcfc1a
XR_005638960.1 lncRNA downstream 60625 7329295 ~ 7330628 (+) True LOC120557355
TU48909 lncRNA downstream 89081 7357751 ~ 7359732 (+) True G36485
XM_039797955.1 mRNA upstream 73377 7183199 ~ 7185639 (+) False si:dkey-245f22.3
XM_039797957.1 mRNA upstream 73377 7183199 ~ 7185639 (+) False si:dkey-245f22.3
XM_039797831.1 mRNA upstream 168264 7082265 ~ 7090752 (+) False LOC120557474
XM_039797830.1 mRNA upstream 169907 7082265 ~ 7089109 (+) True LOC120557474
XM_039798616.1 mRNA upstream 317404 6905953 ~ 6941612 (+) False sema3fb
XM_039797595.1 mRNA downstream 20237 7288907 ~ 7306343 (+) True hcfc1a
XM_039797596.1 mRNA downstream 20237 7288907 ~ 7306343 (+) False hcfc1a
XM_039797600.1 mRNA downstream 44064 7312734 ~ 7317082 (+) True gata1a
XM_039797604.1 mRNA downstream 66796 7335466 ~ 7337312 (+) True mafbb
XM_039797261.1 mRNA downstream 93270 7361940 ~ 7377650 (+) False si:ch211-232b12.5
TU48863 other upstream 66 7242209 ~ 7258950 (+) False G36458
TU48651 other upstream 620629 6635302 ~ 6638387 (+) False setmar
TU48489 other upstream 1206247 6035100 ~ 6052769 (+) False rybpb
TU48469 other upstream 1334616 5920924 ~ 5924400 (+) True G36156
XR_005638977.1 other upstream 2324852 4911700 ~ 4934164 (+) True cdk5rap1
TU49260 other downstream 959092 8227762 ~ 8228720 (+) True G36744
unassigned_transcript_183 other downstream 1348328 8616998 ~ 8617069 (+) True trnae-cuc_4
unassigned_transcript_186 other downstream 1373360 8642030 ~ 8642101 (+) True trnae-cuc_5
unassigned_transcript_189 other downstream 1442339 8711009 ~ 8711080 (+) True trnae-cuc_6
unassigned_transcript_190 other downstream 1470297 8738967 ~ 8739038 (+) True trnae-cuc_7

Expression Profile