RNA id: TCONS_00075256


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075256
length 3554
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_037551
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 1177901 ~ 1181454 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GACTCATTTTTATTGGTTTGATGTTGTGTATCTGTGTCATTTATTCAGACGAAGAGACTGTGATCGTGTGCAACAGTATTTTTGATAGCTATTAAAAAGAGTCAGTGGCCGTCGAAGGACTTCAAATCATGACCCTTATGCACACTTAGTCTGATCACGCTAGTCTAAATAATAGTTAAACAACGGATCTCAGTCATGAAAGCCCAGGAGAATTAAATTTTGTTTACTGCTACATCCACGAACCGGCTGCATCGAATGGAAGTTCATAAAACTGTGGTCGTTGAtgcactttaatttgtaaaacgAATAAATTGTGACTTTGAATTAGTTTAAAGGGGTTCTCTTATCCATGCACTTTGAAATGTTTATGCTTTATAATGCCTACCGATGTTGTAATCAAAGTAAAGCGATGTTCGCACAAAGAATGATCAATATAATAATTATAGCGGTAACTATATTTGGTCCTCACCAGCAGACCATAACGatctattttttcttgtttattctttttttttctattgatgtGCTTCATTTCTAGTGAAACTGACCAGTGAATCCCGCTCGTGTAATTGGTTTAATCAAACAGTGAATGTTGCGATCGCAGTCAGCAAATAGCTATACTTTTAATTTTATACATCAATTTACATAAATTGCGTAGCTTCCATGTCAATATTTTTATTCCCTTCCATGCTAttaaccttattctgcaatgcggaAGTGCACTCGTTTTTACGATTTACCTATGGGAGAAATAACTAGGAATATTAGAAGGCAGAAATGGTTGACGACTTGATGCCAATACATTAAGTGTGTatatgactatacataaaaatagaatataataataaaagttgaacatcaagcagcataacgagctgttttaaCGTCTAACAATCAATGGAAGTGAGGCAAAATAGATTCCGATGGCTGCGCCTGCTCATACGGGAAGAGTAAGGTTCACTAAACCAATTGTTTACTAGATGGTCATTGTCTTTAAATGATCTTTAAAAGATCTTTTAACATCAGACAAAGATGCTCCACGAAGTCGCAACCTGTAGCCCTTTATATTGCGATGGTTTCTGACtgtctatttttttaaaacaatatcttacggcaattcgtaactttttaatttaatgggtaattcgtctgaatttgtacaatctcattcatacaaattAGTACGATTTGTTCATCAGACCATAAcaatcaatttatttttgtttttttgttttattttttattttcattgatgTGCTTTGGTTCTAGTgaatctgaccagtgaatcccgCTCGTGTAAATGATCTAATTAAACAGTGAATGCTGCAATCGCAGTCAGTGCATAGCTATACTTAATACCTGAGGTACTTTTAATTTTATACATCAATTTGCATAAATTGCATAGCTTCCGTGTCAATATTGATAATTCCCTCCAGTGCTATTAACCTTATTTTGCAATGCGCAAGTgcgttttttttacaattgttttaaaaCTGCGTAACCTAAGGGAAAAATGACTAGTAATAATACGGCAGAAAATTGTCTAACGATTTACTTTACGAAGTGAAGTAGACTAGAAGCCGAATAGATTCCGATGGCTGCGCCTGCTCATACGTGAAGAATAATGTCAATAACCAATTGTTTATTAGATAgtcattatctttaaataatcttTGAAAAGATCATCAAATACAGATGCTCCACTAAGTCTGAGCCTTTTATATTTCAGTGTTTTCAGACTGAAAGTTTTTTGTAAACGCTATCTCATggtaattcataactttttttagtttagatgtcaatttgtatgatctcattcgtacaaattagtgcgatttgcttatcccccattgacggttgggtttagacgTGGGGTGCCACGCctacttttaaaaatcgtacaactgaactcgaattatataaataataataatacatttttataacatgcTTTTCTTAGACCCGAAGCGCttacaaaacagtaaaaaacaacaaagcacatTAAAACAGTAAGGAATACAGTAAACAACAAAATttgaacgaattagccactaaactagcaaaacgtaaaatagatATGTTGAGATTAAGCTGGATAAATGTGgaagtttgattaataaatgctacgCCAGTATTAGCTCATGTTAGTACATTAACTTATGGATGTTTTATCGATATCTtaacggcaattcgtaactttgatttactggcttattcgtatgaatttgtaggATCTCATTCGTACTAATTATtttgatttgcttatcccccattGACgattaggtttaggggtggggtttgtaaaatgtaaaatggttATGTTTCCTCGTGGGATCAGgccgtttttttctttttaccatGTATTAGCTGGGGAAAAAAATCGTTCTGAAAGTAATCCCAACATTATCGTTTTTCTGCATCGTTATCGTTATAATAGTGATCTGAACTCTGCTAGTTGATGTTTTTATCGTTAACTTTATAGTTATCGTACTTTGTGTAAACGTGTCTTAAATTGAGGTGCAAGCTAAAAAGgctctgccctcttttgaaaagggGGCGGAgaacagcagctcatttgcatttaaagagaaacCTTAAAAgcagtatatatttttacatcatccCAGTGGTGAACGtattctcaaaaataaataatcgtCAACATTAACAGAacactttcatttttttaataaataaaagacttTCTGCTGGGGTTTCGTGATTGAGATCTGGATCATGTCTACAGGCCATTACTTCAGGTTTTGAAGCATTCTCAATGAAGTGAAAGTCATTTTTGTGGTCATCACCTTTAAAGCTGCTGCACGTTCTCCTCTTCTCCTGATATTTCCGAACAGGAGCCGTCGTTGGTTACTTCTCCCACCGTTGTTCATCAGCTGAAATGTTGTGTGCGGTCCATGTTTTTTTTGTACTGTGTTACTACTGTGTGCTGTGTGAAGGCCAGGCAGTCCGCTGCACAGAGaaaagaaccccccccccccctgacaGAAGCGCTTGCACTGCGTTCAGATGGCTGACTGATTCCTGTACTCACTGAATGTACTGTAGAACTGTTTTTACAACTCATAGGATAATCTAGTCACCTTTTGTTATCGGTCTTTAATTTGTCTAAGGTATTTTTTTGTATacaaagtttacatttttatgtatatttttctcGTGTAAAAATATGATGTAATATGTGTATAAACATCGTATGTAATATCTGTATATAGAGTGAGAAattttgatcttgttttttttttttttttggatgtaaGAATTAAAATTGTGTGAATTTGCTCGCTCGCTGTGGGTTTAGTCACTGGTTTAGCCGATCCTGAAAACGTTCAGAGGTGAACTTTAGCACAGATTTATTGTAGCGTATCTCTTGCATAACAATCAGGGGCATCAGAAGAGCTGTAATCATAACCACTGCAGATAAAGCAAAACTGAATGAATCATCTAATGAGTTTCTGTAGAGTAATTTAACCATTCAAAGctctttaaaatgcttttattttaaaacactttcattgtgcATGTTATACAGGGTT

Function

GO:

id name namespace
GO:0090085 regulation of protein deubiquitination biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075255 lncRNA downstream 149251 1027015 ~ 1028650 (-) True XLOC_037550
TCONS_00073771 lncRNA downstream 288334 880748 ~ 889567 (-) True XLOC_037546
TCONS_00075254 lncRNA downstream 404245 772863 ~ 773656 (-) True XLOC_037542
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TCONS_00074957 lncRNA downstream 431754 740669 ~ 746147 (-) True XLOC_037540
TCONS_00075257 lncRNA upstream 121483 1302937 ~ 1305423 (-) True XLOC_037554
TCONS_00075258 lncRNA upstream 282315 1463769 ~ 1717647 (-) False XLOC_037558
TCONS_00075262 lncRNA upstream 282315 1463769 ~ 1780381 (-) False XLOC_037558
TCONS_00075264 lncRNA upstream 282315 1463769 ~ 1780381 (-) False XLOC_037558
TCONS_00075266 lncRNA upstream 282315 1463769 ~ 1780381 (-) False XLOC_037558
TCONS_00073773 mRNA downstream 227897 925969 ~ 950004 (-) True XLOC_037548
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TCONS_00073768 mRNA downstream 364208 795609 ~ 813693 (-) False XLOC_037544
TCONS_00073775 mRNA upstream 6351 1187805 ~ 1200187 (-) True XLOC_037552
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TCONS_00073778 mRNA upstream 210081 1391535 ~ 1434484 (-) False XLOC_037556
TCONS_00073779 mRNA upstream 210081 1391535 ~ 1459985 (-) True XLOC_037556
TCONS_00073780 mRNA upstream 281598 1463052 ~ 1483879 (-) False XLOC_037557
TCONS_00073774 other downstream 174346 1003441 ~ 1003555 (-) True XLOC_037549
TCONS_00073777 other upstream 197922 1379376 ~ 1379490 (-) True XLOC_037555
TCONS_00073788 other upstream 463229 1644683 ~ 1644761 (-) True XLOC_037561
TCONS_00073793 other upstream 567465 1748919 ~ 1749036 (-) True XLOC_037563
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TCONS_00073798 other upstream 757531 1938985 ~ 1959552 (-) False XLOC_037565

Expression Profile

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