RNA id: TCONS_00075292


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00075292
length 653
lncRNA type antisense_over
GC content 0.42
exon number 2
gene id XLOC_037636
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007120.7
NCBI id CM002893.2
chromosome length 56459846
location 7941769 ~ 7942597 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gatggatggatggatgaaatgacaTGTGACTGAGGAATGGATAacatgggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggatggaatgaaatgaatgaatgaaattaaattggatggatggatagatggatggatggaatgacataagatggatggatggatggatggaatgacatggaatgagtgtatggatggcTGAATGGAATGAGATGAACagatgcatggatagatggaaTGAGATGgacagatgcatggatggatggaacgggATGGACAGATACATGGGTGGATGGAATATACGATGAAGGGATAattgatgatggatggatgatgaatgaaagaataagatgggaacatattttgtttttgtattacaaTCCTGTACTTCCATTAATTTCACTTGCTTTCTGCCTGCCTCCAGAAACACAATTGAAAAGGGACATACAGACTTTCCGTTAAGGGCACCACAGTCAGAGTATATAGTCATAGTAGACATCTCGCGATGTGCAAAACATGTAACCGAATTTGTCAGAGCTTGTCCTTATGTTCTTACCAGATGGAGCAGAGATCCTCCAGAGGAAATGACTGTGCTCAGGTCAGCTCCCTCCTTCAGCAGCCTTAGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00075291 lncRNA downstream 436238 7499260 ~ 7505531 (-) True XLOC_037631
TCONS_00073887 lncRNA downstream 582285 7357819 ~ 7359484 (-) True XLOC_037626
TCONS_00074961 lncRNA downstream 1392973 6531549 ~ 6548796 (-) True XLOC_037614
TCONS_00073869 lncRNA downstream 1439676 6414784 ~ 6502093 (-) True XLOC_037612
TCONS_00075290 lncRNA downstream 2895780 5044975 ~ 5045989 (-) True XLOC_037603
TCONS_00075293 lncRNA upstream 217744 8160341 ~ 8163995 (-) True XLOC_037637
TCONS_00075294 lncRNA upstream 341558 8284155 ~ 8286208 (-) True XLOC_037638
TCONS_00073916 lncRNA upstream 1066526 9009123 ~ 9024269 (-) False XLOC_037644
TCONS_00073915 lncRNA upstream 1066526 9009123 ~ 9024269 (-) False XLOC_037644
TCONS_00075295 lncRNA upstream 1066592 9009189 ~ 9024195 (-) False XLOC_037644
TCONS_00073904 mRNA downstream 257767 7678137 ~ 7684002 (-) True XLOC_037635
TCONS_00073903 mRNA downstream 257970 7678136 ~ 7683799 (-) False XLOC_037635
TCONS_00073902 mRNA downstream 267913 7662638 ~ 7673856 (-) True XLOC_037634
TCONS_00073899 mRNA downstream 286526 7634847 ~ 7655243 (-) False XLOC_037633
TCONS_00073900 mRNA downstream 288977 7640671 ~ 7652792 (-) False XLOC_037633
TCONS_00073905 mRNA upstream 345671 8288268 ~ 8297344 (-) False XLOC_037639
TCONS_00073906 mRNA upstream 347266 8289863 ~ 8296723 (-) False XLOC_037639
TCONS_00073907 mRNA upstream 348052 8290649 ~ 8314028 (-) True XLOC_037639
TCONS_00073908 mRNA upstream 486642 8429239 ~ 8454060 (-) True XLOC_037640
TCONS_00073909 mRNA upstream 691632 8634229 ~ 8670158 (-) False XLOC_037641
TCONS_00073901 other downstream 286468 7641760 ~ 7655301 (-) True XLOC_037633
TCONS_00073897 other downstream 402746 7522435 ~ 7539023 (-) True XLOC_037632
TCONS_00073875 other downstream 1223968 6717677 ~ 6717801 (-) True XLOC_037618
TCONS_00073868 other downstream 1532498 6409157 ~ 6409271 (-) True XLOC_037613
TCONS_00073841 other downstream 3494665 4443918 ~ 4447104 (-) True XLOC_037598
TCONS_00073935 other upstream 1800962 9743559 ~ 9805319 (-) False XLOC_037657
TCONS_00073936 other upstream 1827738 9770335 ~ 9805319 (-) True XLOC_037657
TCONS_00073961 other upstream 2903321 10845918 ~ 10846549 (-) True XLOC_037667
TCONS_00073965 other upstream 3606175 11548772 ~ 11550397 (-) False XLOC_037669
TCONS_00073967 other upstream 3609007 11551604 ~ 11551704 (-) True XLOC_037669