RNA id: TCONS_00009020


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00009020
length 5322
RNA type mRNA
GC content 0.36
exon number 1
gene id XLOC_004525
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007123.7
NCBI id CM002896.2
chromosome length 49182954
location 7865470 ~ 7870791 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GTGAGACGAGCTGGATTGTGACTGGTGCGCTAATGGCGGAAGGTAGTGTGGATTCCGGAAGTGATCCGGAAATGGAGGAGGAGAGGGTAGACGGAGATAGTGGAGGTAATGCTAGTAATGAATGGAGCGTTGTAGAAAAtcgtaaaagaaagaaaagttggGCACAAATATCTGAATCGGACAGCGAAAAGGGAAGTCACCAGGCGAGAAGGAGAAGAGAAGAGTATAAGGTAATGCTGAAGTTTGCTAGCGACTCTGTGAATACCATCAATCCTTTGAAGCTTACAAAAACTCTTAAAGAAATGTTAGGAACGATTGAGAGTGTTAAGACCTTGAGAGACGGGAAAATGATTATATACTGTAAAGATCATAAGCAACAGAAGATGGCCTTGGCTATGAAGACATTATTAGGGCATAAAGTAATATGTTCtatcccagaagaaaaaaaatggattaGAGGAGTAATAACAGGAATCCCTACTGATGTTACAGTTGAGAAAATAAAACGAAATATCACTGGGGCAGCAGTAAAAGAAGTCAAACGACTAAAATGCGTTAGAAATAACGAAAAAGTAGACAGTCTGTCTGTAATGATTCATTTTGATGAAAACAAACTACCGGAAAGAGTGTACTTAGGATATTTGAGCTACAACGTTAGGCTATATGTCCCCCCGCCAATACGCTGTTACAAATGCCAAAAGTTCGGACACGTAGCGGCAGTTTGTAGAGGTAAACAGAGATGTGCGAGATGTGGGGGAGACCATGAGTATGGTAAATGTGGGCAGGAAGTAAAGCCAAGGTGTTGTAATTGTGGTGGGGAACACAGTGCGGGCTACGGAGGATGTCAAGTTAGGAAAAATGCTGTACAAGTCCAAAATGTCCGAATGTCTGAGGGAATCTCGTATGCTGAAGCTCTAAAGAAAGTTAAACAGACATCAAGAGAACCAGAAACCAGAGTAACAGAATCTCAACAAAAAGCAACGAtgaaagaacaaaataaagataATGAAGTATGTATTGACAAAGTATCGTTCGTCACATTTATAGCAGAAGTAGTTAATTGCTCTGCGCAGACGGAGAGCAGGACCGAGAGAATTAAAATTATCATCAGAGCTGCTTCAAAATATTTGGAATTAGAGGGTGTTACAGTAGATATGATAAACGATAGACTCAAGATACAATCAGGAACTAGTCAGACAGTATATAGTCAACCATGTGGAAGTATATAATGGTATTAACAATACTGCAGTGGAATGCAAGAAGCCTAATTGCAAACGGACAAGAATTTAAAAAATTCATAGTAGATCATGAAAATAGCCCTGACATCATATGTGTTCAGGAAACTTGGCTTAAGTCACATTTAGATTTTGTAATTAATGGATACACTTCGGTAAGAAAAGATAGAGACAAGTCTAATGGTGGTGGGGTagctacatttattaaacagagtatTGGGTATAGGGCAGTTGAGATCACTGGGGAACAAGAAGCTGTGGCAGTTGAAATATGCGATGGAACACAGAAAGTTagaataataaactattataatCCATGTGATAAATTAAGTAAGGACAATCTAGAACATATCCAAGGGAATGGAAATAATAAAATCGTGTGGTGCGGGGATTTTAATGCTCACAACACTTTATGGGGGAGTAAAAAAACAGATTACAATGGACTAATTATAGAAGATATGCTGGATTGGGGAGGATTAGTATGTATCAATGATGGAGGTTACACAAGAGTAGAGTTAATAAAAGGAAAATACTCAAATTTAGATTTAACACTAGTTTCTGAAAGCCTAGCTGGAAGATGTGATTGGAAAGTATTAAAGCAAAACACAATTGGTAGTGATCATTATCCAATTCTAAGTTCAATTGGAATACAGATAATTCGAACTGTGGTAGAAAGAATGCCAAGGTGGAAATTCAGAACAGCTGACTGGGAAAATTTTAAGGAATTATGTAATAATAGATTGTCGGAAATAGATAGATGTGAGGATGATGTGGAAGTTATTAATTCTAAACTTTGTGAAGTTCTTAAGAGCACTGCGGAAGAAGTAATAGGAAGAAAAAAAGCTAATGATAAGAAGAAAGCAGTTCCTTGGTGGAATGAAGAGTGCAGCGAAGTAGTAAGTAAAAggaataatgcattaaaaaaagttagaaaaacattaaattataatgactttataaattataaaagagCTCAGGCAATAGTGAGGAAAATAATTAGAAGGGCAAAAAAGAATTATTGGAGAGAGTACTGTGACAGTATTGGGGAGGATGTCAATGTATCTGACATATGGGGTATGATAAGGAAAATGGCaggaaaacaaagaaataataatattcctACATTGACAGACAATAACAGATTAGTAATTTCTAATATGGAGAAAGCTGAAGTTCTAGCAAAAAATTTTGCCAGAATTCATAGTAACGCTAACCTATCTGAAGAAATTAGAAGAAATAGGGAACAGATCTTGATCAGGAATCCGTGGTTGTTGGAAAACAAAGGGCCATCTGAAAGTACATTAGATAGGGAATTTAcattatttgagttaaaaaaagcaTTGGCAGAAAGTAAGAAAACCTCACCTGGAAAAGATGAAATTTGTAACGAAATGATTAAGCATTTATCAGATAATTCATTATGTATAatactaaaattatttaataaagtatGGGAGTCAGGGATTTTACCAGCAGAGTGGAAACACGGTGTCATAATACCAATTGCAAAACCAGGTAAGGATCAGTCACAACCAAATAACTACAGACCCATAGCATTAACTTCTAATATATGTAAATTAATGGAACGCATGGTAATGAGCAGACTGGTTTATGCTATcgaaaaagaaaacttttttgcCGCATACCAAAGTGGTTTCAGGAAGGGACGTAATACAATGGATTCAGTGATTTGTTTGGAATCAGAAATAAGAAAGGCACAAGTAAATAAGGAAGTGTTGGTGGGAGTATTTTTCGATATTGAAAAAGCATACGACATGATGTGGAGAGAAGGacttttaattaaattagaaaaaatggAAATTAATGGAAAAATGTATAACTGGATCAAgaattttttgttaaaaagaaCAATACAAGTTAGAGTGGGTTCTGCATTCTCCCAAATATATAAGGTAGAGAACGGAACACCACAAGGGAGTGTTAGCAGCCCTATCCTATTTAATATCATGATAAATGACATCTTTTCAAAAATGGAGTTGGGGATCGGGAGATCTTTATATGCAGATGATGGTGCGCTATGGAAGAGGGGAAGAAATGTAGTTCATGTAGAAAGGTGTTTACAGAATGCAGTGAGGACAGTACAAGATTGGGCGGATGAGTGGGGGTTTAGATTTTCTACTGATAAAACTCAGgttatttgtttttcaaaaaagaaagttaatccaaatataaatattaatatatacagaCAAAAAATAGAACAGGTATCAGTAATTAGATATTTAGGAATGTGGATGgatgtaaaactgaattttaatatgcatattcaaaaaataatagataaatgtaaaaaaggaatTAATGTAATGAGGTGTCTGGCAGGAGCTGAATGGGGTGCATGTCGTTTCTCGCTTAAAAGAATCTATAATGCACTGGTAAGATCTACTATAGATTATGGATGCGTAGTATATAGTTCCGCAGCTAAAACTCAGTTGTTGAAAATAGATGCGATTCAATCTCAGGCACTAAGAATATGCTGTGGAGCACTAAGAACTACACCCATTATAGCATTACAAGTAGAGATGGGGGAAATGCCTCTAAAAATTAGAAGAATTAAGTTAAAAATGAGATATTGGGTTAGCATTAAAAGCCAAGAAGAGAGGCACCCAGTAAAAACAGTACTAAAGGAATGTTGGGAATATGGACATAAAAAGATAGATAGTTTTGGTTGGACAGTAAAAGACGAGGCTCAAAATATGGGCATAAGAGACATCAATTTAGCCCCTGCTGTGCCAACCTCTGCGATTCCGCCTTGGCTTTTCCATAAACCAGTAGTCGATTTATTACTACATgaggaaaaacacaaaaataatatgttaaatgaaaaagaaatacaacaatacataaatcagtcatatttcaattatttacagaTATATACAGATGGGTCAAAAGATCCTAAAGATGAAAAAACGGCAGTAGCAGTTTACATCCCAAAAttcaatattaaaatatcaaaaagaatAACGGACCGACTTTCTGTGTACACTACAGAAATTGTAGCTATACTTCTTGCTCTTCAGTGGATAGAAGACGTGAAACCATTAAGATCAGTAATATGCTCCGATTCTCTGTCAGTACTAAACAACTTAATTACTGGAACATCTAAGGCAAGACAGGACATAATGAATGAGATAATGCAAAATTTATTCAGAATCAGACAGGGTGGACTTTTTGTAAGCTTCTTGTGGATTCCTGGTCATATGGGAGTAGTAGGTAATGAAGAGGCAGACCAACTTGCAAAGGAAGCATTACAACATACTcagatagaaataaaaataaaaataagtaagtcAGAGGTAAAAAACATAATTGCAAAAGAAACAGGTAGAATGTGGCAAAGGGAGTGGGATAATGGAGAAAAAGGCAGACATATGCATAATATTCAAGGATGTGTGGGTGGTACTAGAAATAAGTTTGGTAATAGAAGGAATGATGTGGTAATAACTAGGTTGCGTGCTGGTCATTGTTTGCTAAACCAGTATAAGTTCAGAATAGGGAAGCACGAGACAGGATGTTGTGATAAATGCGGGAAAATAGAAACATTAGAACATGTAATTACAGAATGTGTGGCATATGACAATCAGAGATATCAGTTAGTTCAAGGATTAAGTATTTATGGGattaaaaatttgtcatttcAGACCCTATTAGGAAACAGTTCAAATCAAGTtgaaataataatgcaattaattaattacttaaaggAAACAAAATTGATTAATAGAATTTAAGAATAGCTTA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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000161683

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00010885 lncRNA upstream 24457 7799801 ~ 7841013 (+) True XLOC_004524
TCONS_00009006 lncRNA upstream 1417653 6444667 ~ 6447817 (+) True XLOC_004515
TCONS_00010721 lncRNA upstream 1630125 6195170 ~ 6235345 (+) False XLOC_004515
TCONS_00009003 lncRNA upstream 1647755 6195199 ~ 6217715 (+) False XLOC_004515
TCONS_00010884 lncRNA upstream 1693542 6169582 ~ 6171928 (+) True XLOC_004514
TCONS_00010722 lncRNA downstream 172730 8043521 ~ 8046466 (+) True XLOC_004527
TCONS_00010887 lncRNA downstream 606656 8477447 ~ 8480465 (+) False XLOC_004531
TCONS_00010886 lncRNA downstream 606656 8477447 ~ 8480465 (+) True XLOC_004531
TCONS_00010888 lncRNA downstream 656777 8527568 ~ 8534915 (+) True XLOC_004532
TCONS_00010723 lncRNA downstream 685845 8556636 ~ 8557159 (+) True XLOC_004533
TCONS_00009017 mRNA upstream 351676 7497882 ~ 7513794 (+) True XLOC_004521
TCONS_00009014 mRNA upstream 352704 7445595 ~ 7512766 (+) False XLOC_004521
TCONS_00009016 mRNA upstream 353220 7491690 ~ 7512250 (+) False XLOC_004521
TCONS_00009015 mRNA upstream 410832 7445633 ~ 7454638 (+) False XLOC_004521
TCONS_00009012 mRNA upstream 435646 7406318 ~ 7429824 (+) True XLOC_004519
TCONS_00009021 mRNA downstream 133081 8003872 ~ 8004436 (+) False XLOC_004526
TCONS_00009022 mRNA downstream 133125 8003916 ~ 8039095 (+) True XLOC_004526
TCONS_00009023 mRNA downstream 203552 8074343 ~ 8104503 (+) True XLOC_004528
TCONS_00009024 mRNA downstream 297481 8168272 ~ 8384349 (+) False XLOC_004529
TCONS_00009025 mRNA downstream 502734 8373525 ~ 8385702 (+) True XLOC_004529
TCONS_00009019 other upstream 132820 7732534 ~ 7732650 (+) True XLOC_004523
TCONS_00009018 other upstream 304268 7561065 ~ 7561202 (+) True XLOC_004522
TCONS_00009013 other upstream 445322 7420032 ~ 7420148 (+) True XLOC_004520
TCONS_00009009 other upstream 1157227 6708129 ~ 6708243 (+) True XLOC_004517
TCONS_00008977 other upstream 2775540 5089815 ~ 5089930 (+) True XLOC_004497
TCONS_00009055 other downstream 2263575 10134366 ~ 10145811 (+) False XLOC_004553
TCONS_00009060 other downstream 2340141 10210932 ~ 10211048 (+) True XLOC_004556
TCONS_00009076 other downstream 3772760 11643551 ~ 11643671 (+) True XLOC_004565
TCONS_00009079 other downstream 4742544 12613335 ~ 12613451 (+) True XLOC_004569
TCONS_00009094 other downstream 5412983 13283774 ~ 13292767 (+) True XLOC_004575

Expression Profile

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