RNA id: TCONS_00000779



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00000779
length 552
RNA type processed_transcript
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_000446
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 38665754 ~ 38753029 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


TTAGTGCAACTTTATGGTGCGACTCACATGGTAAAGACATCCAGGGCATCAACAGGCGACCGGACGACATCAAAGTAGGTCTGCAGGATGGTGACGGTGCCAGAAAGAGCCTCATGTCCACAGCCACAGAAGAGAGCAACACCGGCGTACAGCAGGATAGTGGCGATCAGAGAGGCATACGGGATCCCACTCAGACATTTGAGGCAGCATTCAGAGCAACCTGTCAACAACAGCAAGAGTCAGGAAATGGTGGAAATGGTGGAAAAGGGGAACCGTATCCAGGCAGTCACTCTTTTCCATTAGAGAACAATGGATTTTCCAGGTCTTGAGGCCGTTAACATCAAGAACAAAAACTTAAACAATGGTAACTACTGTGTACTGATTGAACTATATTAAGACGAAAACTGTGGTTTATTGCCATTTGTGCAGTTGCATTCTCAAGCAACAAACTAATCTAAAGCTACATAGCGGTTTAATCCCGATTCCTAGTGTTCCCTTTGAAGTGTGCATGTGGAAATGCTcttaatttcacaattttaaaGTCCTTAgttt

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000150215

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003094 lncRNA upstream 319646 38343320 ~ 38346108 (+) True XLOC_000444
TCONS_00000776 lncRNA upstream 341719 38263693 ~ 38324035 (+) True XLOC_000442
TCONS_00000775 lncRNA upstream 387320 38263693 ~ 38278434 (+) False XLOC_000442
TCONS_00003093 lncRNA upstream 387503 38262700 ~ 38278251 (+) False XLOC_000442
TCONS_00003092 lncRNA upstream 478560 38183799 ~ 38187194 (+) True XLOC_000443
TCONS_00003095 lncRNA downstream 96600 38849629 ~ 39021860 (+) False XLOC_000449
TCONS_00000788 lncRNA downstream 175607 38928636 ~ 38995761 (+) False XLOC_000449
TCONS_00000789 lncRNA downstream 175607 38928636 ~ 39021700 (+) False XLOC_000449
TCONS_00000790 lncRNA downstream 175607 38928636 ~ 39022832 (+) False XLOC_000449
TCONS_00003096 lncRNA downstream 175787 38928816 ~ 39021860 (+) True XLOC_000449
TCONS_00000778 mRNA upstream 290955 38362412 ~ 38374799 (+) True XLOC_000445
TCONS_00000770 mRNA upstream 494848 38142354 ~ 38170906 (+) False XLOC_000441
TCONS_00000773 mRNA upstream 495179 38151262 ~ 38170575 (+) False XLOC_000441
TCONS_00000771 mRNA upstream 498940 38142715 ~ 38166814 (+) False XLOC_000441
TCONS_00000774 mRNA upstream 503178 38153944 ~ 38162576 (+) True XLOC_000441
TCONS_00000780 mRNA downstream 5232 38758261 ~ 38802422 (+) False XLOC_000447
TCONS_00000781 mRNA downstream 5416 38758445 ~ 38802648 (+) False XLOC_000447
TCONS_00000782 mRNA downstream 22012 38775041 ~ 38802422 (+) False XLOC_000447
TCONS_00000783 mRNA downstream 23265 38776294 ~ 38803495 (+) True XLOC_000447
TCONS_00000784 mRNA downstream 65239 38818268 ~ 38822167 (+) False XLOC_000448
TCONS_00000777 other upstream 290955 38362348 ~ 38374799 (+) False XLOC_000445
TCONS_00000769 other upstream 669177 37996459 ~ 37996577 (+) True XLOC_000440
TCONS_00000744 other upstream 1541982 37123642 ~ 37123772 (+) True XLOC_000432
TCONS_00000740 other upstream 1919185 36728297 ~ 36746569 (+) True XLOC_000429
TCONS_00000735 other upstream 1974855 36665543 ~ 36690899 (+) False XLOC_000428
TCONS_00000785 other downstream 65283 38818312 ~ 38822163 (+) False XLOC_000448
TCONS_00000786 other downstream 66548 38819577 ~ 38822163 (+) True XLOC_000448
TCONS_00000794 other downstream 760712 39513741 ~ 39513857 (+) True XLOC_000454
TCONS_00000797 other downstream 856804 39609833 ~ 39609950 (+) True XLOC_000455
TCONS_00000798 other downstream 941365 39694394 ~ 39697491 (+) False XLOC_000453

Expression Profile


//