RNA id: TU46650


Basic Information

Item Value
RNA id TU46650
length 4060
lncRNA type intronic
GC content 0.35
exon number 2
gene id G37335
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CM030124.1
NCBI id CM030124.1
chromosome length 51038645
location 45160708 ~ 45165125 (+)
genome version AmiCal1_2021_bowfin_Genome
species bowfin
(Amia calva)

Sequence

cagcagtttttttatttaaaacaaattgcagtGAATGGGAACATTCACAAGAGGCATGAGTGGTATGGCCAAAATAACATGTTGCTAtagaacattacattttttacatccATGGCATCTCGAAAATGaccaatttaaaacaaggtttATTTGTCAGCTACACATATAATATCATAAAAATGAGATGTACATTCAGTTTAGCTTGTTTAGTTTAGGAACCTGTAACTGAACGCTacctatttgtattttttatttgtttatttattggaaatTTTTGGGACAACCATGTAGCCTGCATACTGGGGCCGTAGAGTTCAACCAGGTGTATATAGCATTATGAGCTCGTAAGGGTATTGAGGTGCTAACCCATTTAGCGCTTTATAGGTCAATAACAACAGgactttaaaatcaattatgtGTTTCACtagcagccagtgaagagatgGTAGAACTGGAgaatttgtgttgttgttaaaatCCTGGCAGCAGCATTTTGGTCTAACCGAAGATTAGAGATAGATGTAGTTAATAGTACTAGCGAGTATTGAATTGTAGTAGTCAAGATGTGATGAAAGCATACATTCATTTCTCAATTACCTGAAAGAAAGAGAATGTCTTAATTTAGAGATTTCGGAGCTGAAGGAATGACATCACATTTTGAATGTGCATACTTAAGAGAGGTCTGTATAACTTACTTGCTGCTGTTTTAAGACAGATTATAATCATCAAAATGTAGGCCAATTTAAATCTACAGTGTCATAAGGGTTCAAGGATAAATATAATTGCATCGTCAGCATAACAATGAAAGAGCAATAATAGCAGTGGTCCAGTACAGAGCCCTGTGTCATGCCACACTTGAGATATGAGAGATGTGTGTTACTATTTATCTGTATTGAAATCTGTTTGTTAGATAGGATTAAACTAGCTAAGAACAATGCTTGAGAGGCCTAAGTTTTTGAGGTGGTCTATAAGGATTTGATGGTTGATAGACTTAAGTCCCGCCTTTGACACTAAAGAAACAATGGTTATGTTACCTACGTCAGAGGATAAAAGGATTTCAACTACTTTTAGTTAAGGCTTGTTCAGTACTTACTGTGCCCAGGGCGAAACCCCaagttttaatgtatattatttacagaaacaactgtacttggaaaaaaaaacaaaaaagaaatggtgtaaataaatattgtaacaatGTATGGCTTACATTATAGAGTACATTGGCAATGGTGAGACTATTTACCAATTACCAGTATTACACAAGGACACATTTGCCATTAAATGTTTGGTTCAGAATTATTCTTCAATATAAACCAGTTTCAACAATTAAGCAATCAAAAAGGAACATAAAATGGGGGTTAATACCCTAGTAGtttttactgatttaatagcaggcctaaaacaaaaacttaaattatatttatgttgtcAAATATATATGCTGCTCTAGTTTGCAGAAAGTCAGAAGTACTGACTTTACAAGGTGGTTTCCAGTTAAGAATgaacttaattattaataaaacttcTAGGGGGGAAAAagcattaattgttttaaaaaacctTGAGATACGGTAATTCACAACAGTACTGAGTaagtaacaaataaaatgtactaaaGTTGCATTATAAAAGTGAACAAATCACTACCACAGTTACACAGTCTGAGTATAATAGCTTAATTTGACCCAGAATTTAATCTTGTGTAGCAAAGTCACCGAAAAGTTGCACTGCAAGCTGGGACCCATTCTTCCAGCATATGGAGTCGCAATCCGCCTGTTTCAAATTCACTCAGCTGAAAACTCTGTGAGTAAGAAAAGTCTTGGTTTCTATTCTAATACAGTATTGTACACTCATCTCCAAAATTGTTGGTacccttgataaagatgataaaatatgctaatatttgatattttcatttttaatgagaaTGTACAAGTTCTACTAATGTTATCGGTTACTtatataagaataaaataacaaaactggttaattaaaatatttattaaaataacttttgcaAACCattaatgccccgtttccactggcggacacGTCCAGACatttaaacgggtgtttccactggctaagcgtccggacgcttcagtgttttgtggacggttataTATCTGGTGCTAGACGTCTCAGTAAGCGTCCGCCCTGCCCACTGAGGAAATTATTCGCTTTCAAGAGCGTaggtgtgtgcttgacttgtagacagacagggaatagatcagctacattatgtcggaagatataatctcaagtgccgtgtgcgatcacacGCCGTTTATTAgtagcatggagtgaaatccacgtagaGACAATGCgtgtttacagttaatatccgagtgtattaaaactTGGATTTCAAAGGACACCGGTGCAGTgtcctgactagttaaaaataaactgaaggataataatcggatcctATTAGCcggttttattaatattttatgaataactggacggtgtttcaggctgtcgttttgtgaatggtgtgcagggacAATCCgtagagacaatcagtatgaaggcgaacacgattcagttaacgtgtgccatttcacaagttaaattaatgaataaataaatacagcagatctgggtttccgtctaaaacattaaggactggtttaataaatgcgtccataagtccattgtatattgtatattgtatctggatgattaatcgtgaagtgtgtgtattttgtttcaactgtaacttaccctggttaagcacgtctgataagtaaattataaataatttggcaaaaagtattgtttgcagttacaaatctgcagaaagagtaataagttaaacGCTGTgtcgtttaaaatacatatatactagcacaaatgactataataataaaacatttgcgatttagtattattgttgcacatggaaacattttcttacagtaacgtaatgcttgtctgaatataatgttgtctatacacgtttagctcttcctaatatctcttaacagaaacgttaTTATGCGGTTTACAaccatgtaaagcagaaagaataaaatagacacaaaagtcctctccacgtcaggctgtgtcgctcgtagtgttgttctcggtctctgtttttaaaacgaaacacagaCCAAACCCACattcgctgctcctcccataagagggacggacttcacaacagCCTGGTTTTACAAGAAAAGCTCTGGGACAgcacggcacggacgcttaagccagtggaaccgaggcgtAATAGAATCGACCTTAACTACAGGAGCAAAGTGCTAGCAAATCTCAATATAGTGAATATATGTAGtttaaattataacaaaatTTGTCTAAATTAGACTTCAAAATAAACGTGACGTGcaagaaactgaaattaattgaagtgaagctgtattttcttctctcccaTTTACCCTTAGATCTGCAATTGGTAGGTAAATTTACCGCTGTGCTTGTAGCTGACTTTACCACCAGTTGCCAAGAAGCCGCCGCATACAAGGAAGGTAGTTCATCgctaaagtttaaataaaaactgtcaaaaaacaaatgtgtatgatGTATAGATCATTAATTCAACataacactttaaattattgattctgtgagtcaccttggatacattgtaataataaatgccaattatttaaaatctcaTATTCAATTAAGTTTTCGCAGAACCATAAGGACATAGCAATAACATATTAACATGGCAAAGTAGTGTACTCCATTCGTCTACCAAGCTCCCCAGTCTTATTTCCAGTCCTGTCCCAACTCCAAAAAAGACAAGATGGGAGTCACTGGATGAGTCTCATTACAGCTATCTTTCAACAGACTGTGATGGTAACAAATTTAACTTGTGagtgtcatgttttttgttttgttatttactttataacatgtataattaaatattatttaataggAGTTATATGGCCAAATGCTGATATGCTGTATGTCCCTTCCTTACTTGATACACAAACATGCATCGTATGACTGTACACtatgaaaatgttgatttttattCTTGAGAACCACCAAAATCAACTGTTTTAAACTGTGA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU46607 lncRNA upstream 185282 44952385 ~ 44975426 (+) True G37300
TU46572 lncRNA upstream 223952 44884806 ~ 44936756 (+) True G37274
TU46578 lncRNA upstream 255269 44901806 ~ 44905439 (+) True G37279
TU46565 lncRNA upstream 306190 44851784 ~ 44854518 (+) True G37268
TU46527 lncRNA upstream 378766 44781117 ~ 44781942 (+) True G37231
TU46695 lncRNA downstream 118996 45284121 ~ 45284395 (+) True G37373
TU46692 lncRNA downstream 249612 45414737 ~ 45569937 (+) True G37372
TU46763 lncRNA downstream 654360 45819485 ~ 45822121 (+) True G37440
TU46779 lncRNA downstream 815694 45980819 ~ 45981041 (+) True G37455
TU46812 lncRNA downstream 1200202 46365327 ~ 46393098 (+) True G37486
AMCG00019798 mRNA upstream 95420 45064638 ~ 45065288 (+) True AMCG00019798
AMCG00019797 mRNA upstream 225099 44925531 ~ 44935609 (+) True AMCG00019797
AMCG00019795 mRNA upstream 382604 44769645 ~ 44778104 (+) True AMCG00019795
AMCG00019792 mRNA upstream 395904 44740078 ~ 44764804 (+) True AMCG00019792
AMCG00019790 mRNA upstream 424843 44723767 ~ 44735865 (+) True AMCG00019790
AMCG00019803 mRNA downstream 41091 45206216 ~ 45237401 (+) True AMCG00019803
AMCG00019804 mRNA downstream 92183 45257308 ~ 45258959 (+) True AMCG00019804
AMCG00019812 mRNA downstream 1499082 46664207 ~ 46771569 (+) True AMCG00019812
AMCG00019811 mRNA downstream 1658121 46823246 ~ 46836213 (+) True AMCG00019811
AMCG00019814 mRNA downstream 1676323 46841448 ~ 46844186 (+) True AMCG00019814
TU46357 other upstream 1104105 44053074 ~ 44056603 (+) True G37105
TU46181 other upstream 1827395 43330292 ~ 43333313 (+) True G36954
TU46165 other upstream 1889823 43261894 ~ 43270885 (+) False AMCG00019758
TU46131 other upstream 2198050 42960656 ~ 42962658 (+) True AMCG00019755
TU46002 other upstream 2601772 42556540 ~ 42558936 (+) True AMCG00019747
TU46693 other downstream 114330 45279455 ~ 45339619 (+) False G37372
TU46904 other downstream 1625902 46791027 ~ 46791485 (+) True G37561
TU47161 other downstream 3285503 48450628 ~ 48451167 (+) True G37779
TU47362 other downstream 4393357 49558482 ~ 49561383 (+) True G37962
TU47365 other downstream 4397769 49562894 ~ 49563214 (+) True G37964

Expression Profile