XLOC_016633


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_016633
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 36747178 ~ 36826293 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00033883
CACACGCAGTCTCGCTGTGGGAGTGATTTGTAAGGCACCATGTGGGGCTCTAATCTGCGGGTTGCAGCGGGATCTTTACAGCCTGCTCACAGGCCCGAGTGGCAGAAATTAGGCCCAAATTCAATCAGTCGTCCAGGCAGGCCCGGGTTTAGGCCTGGAGGCGCCTTGGGACACGAGCTCCATCTGCACCGGGGTAAGGAGAGCTTGCGTTCGCAGGCGCTTGGGAGTTATGAGTATTGCTCGCCGCCATCTCTCCGCACATTAGTGTCACCGCTAAACTAAATAAGGACTCGGGTTTGAGTGTTTAGCCGAGGAGTAATTTAATTTAGGCAACAACGTGCTGTTGTAAATCACAAGGATGAGACGGTGGACTGCATCGGGAGAGGGGTATTTATCTCAAGGCAATACCAGAACATTGAGTTAAAAAGAAATCACAGCTTGAGATTATATTTCTGCAGAGCCGTCGGATCTCTGTATTTCTGTCCTATTTGGAAGCCGGAGCCTGAAAGAAATAACGCCGGAGCCGAAACAAGCTGCTATTTTTCCAGCAAGCTAACTTTCATACGGTCATTGTTGAGGGATTTTTGCAGCGCTGAGAGCACTGTATTACCCGATTGCATCAACTAATCCGCCAACCTATTTGCagaggaatatatatatacagagcaAGACACTGGAGAACGTACACACGTCAGAATCTGTCGTCTGTGAAATTGATAAGCCACAAGAGATCGAACGTTGCTTACAAAACGTGTCTAGCCACAAACATGCTGTGGAACACGAGGAAAAGCACAAGCCATGTGCACCGCACTCAGGTAAATTGTCTGCATATCTCAAATATAATTCATCATCCCCAGCTGCAGTCCTGGCATATTCATTTTTCTCTCCCTCTCAGTGCATCGCTGAAGGATTGTGGGCGATGTGATAGGGTGCATAGGTTGTCCCTCGAGGCCAAACTGACATGATTGGAGCTCCCATTAAAACCAGAATGAAAAGTCCTCACAAACTCTTGGGAGCAAAATCGACCCTGGAGAATGGAGAAATCCCAGGGTTTCCATCACCAGGTGAGAATGCAATCTTGCGTATCTTTGCAGCATTCTTGTTATGTAAAATTGATTTCGCAGGAGTGACGCGTACAAACCGtgcaaattaaaagaaaaaaaaaagttagggtAACATAAAGGAGACAGAGTTGATCCTTTCGTGTGAATGGAGTGTAGTTCTGGTGTAGGAGCTTTAGCTGCACAATCAGTGCTGGAGATGGTGATGCAGTGCTCCATTGGGACCTAATTTACAGAGAGAGGTGCTCCACAATACTACAGAGCAAAACCCCAACAAACAAACTACTTACCGATTCATTTATTCCAGCACTCATGCACAGGAGACACAACTATTTTCACTTTTACCTTGTGCTTCAGGAGCACCATTTCAAAtgcaaaaagattttttttttctgcacatcTTTTAAAGTGGGAAAGAAAGTCAGCATGCAAATAATTGTTTAGGTCCTTCACTGTATACATTCATGCATAGATTTAAATCTTTAACTTCTACTATTCAAGTCAAGTTTAAAAAGCAGGCATTGAATGTAGCTTTAGAGAAATGTACTTGTTTAGTGGAGATGCTCTTCATAAAGTTGAAAACATTCAGTGAGGTCACACAGTTTTGTCACAAACAATATTATGACTGTAGAGAAACTCCTTGAATTCTTAGTGTATGCGACATGGCCACTTTTGACTGGGTTTGAACTGACGTGACTTGTCAAGTGATGATTCATGTTTTCCAGCATTATCTGAGAACGTTTCAGCGAGCATCTTTCTTGCTTCAGTTGAAGTAAGAAAAATGTGAGAGAGTTCACAtgcttaagggtacaaatttgctTATTTGATCAGCGACCTAGAAAATGTCTGAAATctaaaatatttcttattattacaCAGTGCTATTGTCTAGTTTAGGCATTTTgtcccaaactttttttttattattgttgctgaAGGTCTCTTCACAACCTGACATCAATTCATTAATAAGGATTGACTAATTACATACAGTAGAGGCCAAAAGTGATGTCCTGCCAAGAAATTATTTGCCTTTTATTCaaacaagtcagaattattagcccccttgtttatttctttctcaatttctgtttaacggagagattttttcaacacatttctaaacataatagttgtaataactcatctctaataactgatttaatttatctttgccatgatgacagtaaataatatttgactagttatttttcaagacgcttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggttaattaggcaggttagggtaattaggcaagttattgtataacgatggtttgttctagagactatcgaaaaaaaatatagcttgaaggggctaataattttgaccttaaaatggttttaaaaaaattaaaacatactgtaaatattcccttgatctgttaaacattatttgggaaatatttaaaaaagaaaagaaaatctaagaggggctaataattctgacttcaactgtagatgtttttttaatgtagacTTTCTAAGCATATGTAATCACAATTGTGCTTCTAGAGTGTACATCTTTGTATGTGCTCTGTGTTTCAATTGTTTGATTTGTAATAATAGAAGAAATGTGCTTTTTGAGAATGGCTGCTTATCAAATACCAgagcagagagagaaaaaagttaTATTAGATTCCTGTATAGTCAGTATATACTATATTTCTGGAAAGCTTTTGATCTTATTAATccatatttgcatttttttgttgttgttgtcaacaATAAAACTTGGTTATGTCTCAAGTGAACATAAAGACAGATGGGAGAAAAAATTGTCAATATTTAAtatctgcacaagacttttggccagcggagaaattaaaatggccgtgcccaactgagtctagtttctctcaaggttttttttcctcaCTCACCTcaatgaagttttttttccctctccgctgtcgccactggcttgcatggtttgggatcggtagagctatccatcgatgaatttgctcttcggtgtttggactctcagaaaggattttaaaccacactgaactgagctaaactgaactgaacttaaacactaaaaactgaactaccctgatccaatgactatgaccttttatgtgaagctgctttgacacaatctacattgtaaaagcgctatacaaataaagctgaattgaattgaatttaggaTCAGTGTATTCATTCTGACAATGATTAGATTTAAGATTAAGTGACAATTATTTTACTGCTGTCTTAATCCTTAAGGAAAATCATTTGGAAttggaaaactaaataaaataaataaaaataaaatgtagtgtgtactgcattttttttttcaaacgacTGCTGATAGGCAAGTATTCATAATTTGtatcaaaatacattttaatgtatttgttccCATTTCTGCCTACCCGACACCATGCAGACTGAGTAACATCTGTCCTTGAAAATTAATATTGCAGCAATATTTTTACAGCATTCATCTTGTTGCTAGGCTGATTCCTTTGTCTATTGtaatcaggcccgtagccagcctattgaaaggggtgtttttttttctgaaaaagtggtcttttttgcagttattcgcctcattttctattgaatttttcatgttagtgacattttaagaactAATCTTTGCTGGATCCGTTTGTTGAATggtgatcataaccacactttttttgatgcaacaaaaatatttcctacaatttCGTCAAAGTGCTTACCATACTGATTTACTACAAAGTATTTTTTTGCGAATATGGATTTAAACCAGAgctgcccaaagtagggcctgtgGGCCCATTGTaagctttgatttggcccaccatcccaacTAAGAGGAGAATGAGAATGAAGGAGAGTGTTGGAGcaaatgcctttaacacagagatcgTCTTTTCTAATTTGACATCACCTTTTTTTTACATAAcctcttttgttttattgctgagctacagaaaataaaaaaataaaaaatgctgtcaCTCGACgaatagaggactatgcagaagacatcggcgagcaaatcaaggcaaatgCTAGTGTAATTCTGTTGAGATGAGACTTTGTTTTTACTGttagttcattttaaaatgtgtaaaaaatactgtattagttaataaaaaGCAGTGTTTTCTAGTCATtcttaaatattgttaaataaattaggaaaatatCAAtagcaactatatttaccttcggcccacaagCCCTAATCAAGTTTGATTTTTgtcccttcataagaaaaagctTGCGCACCCCTAATTTAAACTATAAATTAatccatttttataaattttattatgagattagcattaaaaaaagaacaaataaataaacatgaaaacatatttattttccagtacaaatttattattatcactCACTAAGAAAAACGGAGTCTCGTAAAACTATAGCCTTGAGGTAGGCCCAAGACTTCTGCAGATAttcagcccatcattgagtctgtttatttatttgtgtgtaaatgtgtataaattcatatttattcagtttttaaattaatttcagtaatattactggcTAATGTGAAAACCTTCATatgatttacttacaatacagtttgtgaagTAGTCATTTCTGTTTTATTAGTAGATTTAcggtagatatattatataagagattTGCTTTGTGTACCAAATGAATGGATCTAATATAATTTGcatttcaaacatttaaataaaagtaaaaatgtatattttttatttaacatattacatttttagttaggatacttccaaaatcattctgcataaatccacagatttttttttacaattttccagctcattcaactttcctcagtaaATAGgccacttaaataattaaaaatgtaatttgtcttaaagcctttttctatcaataatttttacaatatatGATGGCATAGCAATCAAAAATGGGATA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>TCONS_00033884
GTGAAAAGAGGCTGCTAAATACTGCATCCATGACAACCAGATGAAGAACAGCGCTGAGCCGTCGGATCTCTGTATTTCTGTCCTATTTGGAAGCCGGAGCCTGAAAGAAATAACGCCGGAGCCGAAACAAGCTGCTATTTTTCCAGCAAGCTAACTTTCATACGGTCATTGTTGAGGGATTTTTGCAGCGCTGAGAGCACTGTATTACCCGATTGCATCAACTAATCCGCCAACCTATTTGCagaggaatatatatatacagagcaAGACACTGGAGAACGTACACACGTCAGAATCTGTCGTCTGTGAAATTGATAAGCCACAAGAGATCGAACGTTGCTTACAAAACGTGTCTAGCCACAAACATGCTGTGGAACACGAGGAAAAGCACAAGCCATGTGCACCGCACTCAGTGCATCGCTGAAGGATTGTGGGCGATGTGATAGGGTGCATAGGTTGTCCCTCGAGGCCAAACTGACATGATTGGAGCTCCCATTAAAACCAGAATGAAAAGTCCTCACAAACTCTTGGGAGCAAAATCGACCCTGGAGAATGGAGAAATCCCAGGGTTTCCATCACCAGGAGCAAACAGGGAGAAGGGGAGAGATGAAAGAACATCAATGCGGAGAAAATGTACAAAGCCACAGAGAAGCACTGCCCGGCATAATGACTCAGCGGCCGCACAGGGACCAACAACTTTCCAAAGCATCTCAGACATTAGGCAGAGAAGACGGGATGCTCCTTGCCCAGTGCTCTGGCTGTGGGCGATGCCTGATGCAATTAAAACCAGCCCACAGAGCCGGTGCGCAGACGCGGCGAGAAGCCTCATGCTCGTCAAGTGTTGTAAGGCCAAGCGGGCCCTAATCTTCACTTTTTCAACAGCCGGCACACCATGCATAATTAACACACATTACTAATTCAGACCTAAAGTGGTTCCCATGTAATCTACTGCCGTTCGCTTTAATTAAACACATGTACTCTTGAACGATCCACAACTGTGTAATGtgtatgaatgattgaatgaaggaTGGGTGCATTAAACTGAACATGAGAAAGGGCCGTTTTAGGGCACTCAAAATGTGTTCGGACGCTTCAAAAATGTATGAATTTCAAAGTGCAGATAACAAAATCTGAAAGCGCCATCTGTAAACAAATTATGCTTCTCTCTGTGCTGACTCTGGTTTGCTGAACTAGCAGAATTTTTTTGGATGcaatt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00033883 False 6535 lncRNA 0.37 2 36747178 36753894
TCONS_00033884 True 1216 lncRNA 0.46 4 36747178 36826293

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_016632 CT027583.1 coding downstream 7584 36715510 ~ 36739594 (-)
XLOC_016631 ccnl1b coding downstream 73173 36664173 ~ 36674005 (-)
XLOC_016630 CT027583.2 coding downstream 88477 36632676 ~ 36658701 (-)
XLOC_016629 tradv41.0 coding downstream 142589 36604152 ~ 36604589 (-)
XLOC_016628 tradv40.0 coding downstream 144226 36602489 ~ 36602952 (-)
XLOC_016635 NA coding upstream 60450 36886743 ~ 36905394 (-)
XLOC_016636 si:dkey-193b15.5 coding upstream 80843 36907136 ~ 36914281 (-)
XLOC_016637 zgc:153654 coding upstream 88115 36914408 ~ 36932253 (-)
XLOC_016638 NA coding upstream 106406 36932699 ~ 36933692 (-)
XLOC_016639 gng7 coding upstream 163731 36990024 ~ 37043905 (-)
XLOC_016619 NA non-coding downstream 321575 36379239 ~ 36425603 (-)
XLOC_016555 NA non-coding downstream 668540 36076196 ~ 36078638 (-)
XLOC_016553 NA non-coding downstream 1013426 35728589 ~ 35733752 (-)
XLOC_016552 NA non-coding downstream 1125311 35615395 ~ 35621867 (-)
XLOC_016546 NA non-coding downstream 2639193 34106830 ~ 34107985 (-)
XLOC_016643 NA non-coding upstream 310375 37136668 ~ 37140483 (-)
XLOC_016644 NA non-coding upstream 327466 37153759 ~ 37155791 (-)
XLOC_016645 NA non-coding upstream 330908 37157201 ~ 37157600 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000004_14951433_14957539 NA coding CI01000004 null 14951176 ~ 14957841 (-)