RNA id: TCONS_00033883


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033883
length 6535
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_016633
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 36747178 ~ 36826293 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACACGCAGTCTCGCTGTGGGAGTGATTTGTAAGGCACCATGTGGGGCTCTAATCTGCGGGTTGCAGCGGGATCTTTACAGCCTGCTCACAGGCCCGAGTGGCAGAAATTAGGCCCAAATTCAATCAGTCGTCCAGGCAGGCCCGGGTTTAGGCCTGGAGGCGCCTTGGGACACGAGCTCCATCTGCACCGGGGTAAGGAGAGCTTGCGTTCGCAGGCGCTTGGGAGTTATGAGTATTGCTCGCCGCCATCTCTCCGCACATTAGTGTCACCGCTAAACTAAATAAGGACTCGGGTTTGAGTGTTTAGCCGAGGAGTAATTTAATTTAGGCAACAACGTGCTGTTGTAAATCACAAGGATGAGACGGTGGACTGCATCGGGAGAGGGGTATTTATCTCAAGGCAATACCAGAACATTGAGTTAAAAAGAAATCACAGCTTGAGATTATATTTCTGCAGAGCCGTCGGATCTCTGTATTTCTGTCCTATTTGGAAGCCGGAGCCTGAAAGAAATAACGCCGGAGCCGAAACAAGCTGCTATTTTTCCAGCAAGCTAACTTTCATACGGTCATTGTTGAGGGATTTTTGCAGCGCTGAGAGCACTGTATTACCCGATTGCATCAACTAATCCGCCAACCTATTTGCagaggaatatatatatacagagcaAGACACTGGAGAACGTACACACGTCAGAATCTGTCGTCTGTGAAATTGATAAGCCACAAGAGATCGAACGTTGCTTACAAAACGTGTCTAGCCACAAACATGCTGTGGAACACGAGGAAAAGCACAAGCCATGTGCACCGCACTCAGGTAAATTGTCTGCATATCTCAAATATAATTCATCATCCCCAGCTGCAGTCCTGGCATATTCATTTTTCTCTCCCTCTCAGTGCATCGCTGAAGGATTGTGGGCGATGTGATAGGGTGCATAGGTTGTCCCTCGAGGCCAAACTGACATGATTGGAGCTCCCATTAAAACCAGAATGAAAAGTCCTCACAAACTCTTGGGAGCAAAATCGACCCTGGAGAATGGAGAAATCCCAGGGTTTCCATCACCAGGTGAGAATGCAATCTTGCGTATCTTTGCAGCATTCTTGTTATGTAAAATTGATTTCGCAGGAGTGACGCGTACAAACCGtgcaaattaaaagaaaaaaaaaagttagggtAACATAAAGGAGACAGAGTTGATCCTTTCGTGTGAATGGAGTGTAGTTCTGGTGTAGGAGCTTTAGCTGCACAATCAGTGCTGGAGATGGTGATGCAGTGCTCCATTGGGACCTAATTTACAGAGAGAGGTGCTCCACAATACTACAGAGCAAAACCCCAACAAACAAACTACTTACCGATTCATTTATTCCAGCACTCATGCACAGGAGACACAACTATTTTCACTTTTACCTTGTGCTTCAGGAGCACCATTTCAAAtgcaaaaagattttttttttctgcacatcTTTTAAAGTGGGAAAGAAAGTCAGCATGCAAATAATTGTTTAGGTCCTTCACTGTATACATTCATGCATAGATTTAAATCTTTAACTTCTACTATTCAAGTCAAGTTTAAAAAGCAGGCATTGAATGTAGCTTTAGAGAAATGTACTTGTTTAGTGGAGATGCTCTTCATAAAGTTGAAAACATTCAGTGAGGTCACACAGTTTTGTCACAAACAATATTATGACTGTAGAGAAACTCCTTGAATTCTTAGTGTATGCGACATGGCCACTTTTGACTGGGTTTGAACTGACGTGACTTGTCAAGTGATGATTCATGTTTTCCAGCATTATCTGAGAACGTTTCAGCGAGCATCTTTCTTGCTTCAGTTGAAGTAAGAAAAATGTGAGAGAGTTCACAtgcttaagggtacaaatttgctTATTTGATCAGCGACCTAGAAAATGTCTGAAATctaaaatatttcttattattacaCAGTGCTATTGTCTAGTTTAGGCATTTTgtcccaaactttttttttattattgttgctgaAGGTCTCTTCACAACCTGACATCAATTCATTAATAAGGATTGACTAATTACATACAGTAGAGGCCAAAAGTGATGTCCTGCCAAGAAATTATTTGCCTTTTATTCaaacaagtcagaattattagcccccttgtttatttctttctcaatttctgtttaacggagagattttttcaacacatttctaaacataatagttgtaataactcatctctaataactgatttaatttatctttgccatgatgacagtaaataatatttgactagttatttttcaagacgcttctatacagcttaaagtgacatttaaaggcttaactaggttaattaggcaggttagggtaattaggcaagttattgtataacgatggtttgttctagagactatcgaaaaaaaatatagcttgaaggggctaataattttgaccttaaaatggttttaaaaaaattaaaacatactgtaaatattcccttgatctgttaaacattatttgggaaatatttaaaaaagaaaagaaaatctaagaggggctaataattctgacttcaactgtagatgtttttttaatgtagacTTTCTAAGCATATGTAATCACAATTGTGCTTCTAGAGTGTACATCTTTGTATGTGCTCTGTGTTTCAATTGTTTGATTTGTAATAATAGAAGAAATGTGCTTTTTGAGAATGGCTGCTTATCAAATACCAgagcagagagagaaaaaagttaTATTAGATTCCTGTATAGTCAGTATATACTATATTTCTGGAAAGCTTTTGATCTTATTAATccatatttgcatttttttgttgttgttgtcaacaATAAAACTTGGTTATGTCTCAAGTGAACATAAAGACAGATGGGAGAAAAAATTGTCAATATTTAAtatctgcacaagacttttggccagcggagaaattaaaatggccgtgcccaactgagtctagtttctctcaaggttttttttcctcaCTCACCTcaatgaagttttttttccctctccgctgtcgccactggcttgcatggtttgggatcggtagagctatccatcgatgaatttgctcttcggtgtttggactctcagaaaggattttaaaccacactgaactgagctaaactgaactgaacttaaacactaaaaactgaactaccctgatccaatgactatgaccttttatgtgaagctgctttgacacaatctacattgtaaaagcgctatacaaataaagctgaattgaattgaatttaggaTCAGTGTATTCATTCTGACAATGATTAGATTTAAGATTAAGTGACAATTATTTTACTGCTGTCTTAATCCTTAAGGAAAATCATTTGGAAttggaaaactaaataaaataaataaaaataaaatgtagtgtgtactgcattttttttttcaaacgacTGCTGATAGGCAAGTATTCATAATTTGtatcaaaatacattttaatgtatttgttccCATTTCTGCCTACCCGACACCATGCAGACTGAGTAACATCTGTCCTTGAAAATTAATATTGCAGCAATATTTTTACAGCATTCATCTTGTTGCTAGGCTGATTCCTTTGTCTATTGtaatcaggcccgtagccagcctattgaaaggggtgtttttttttctgaaaaagtggtcttttttgcagttattcgcctcattttctattgaatttttcatgttagtgacattttaagaactAATCTTTGCTGGATCCGTTTGTTGAATggtgatcataaccacactttttttgatgcaacaaaaatatttcctacaatttCGTCAAAGTGCTTACCATACTGATTTACTACAAAGTATTTTTTTGCGAATATGGATTTAAACCAGAgctgcccaaagtagggcctgtgGGCCCATTGTaagctttgatttggcccaccatcccaacTAAGAGGAGAATGAGAATGAAGGAGAGTGTTGGAGcaaatgcctttaacacagagatcgTCTTTTCTAATTTGACATCACCTTTTTTTTACATAAcctcttttgttttattgctgagctacagaaaataaaaaaataaaaaatgctgtcaCTCGACgaatagaggactatgcagaagacatcggcgagcaaatcaaggcaaatgCTAGTGTAATTCTGTTGAGATGAGACTTTGTTTTTACTGttagttcattttaaaatgtgtaaaaaatactgtattagttaataaaaaGCAGTGTTTTCTAGTCATtcttaaatattgttaaataaattaggaaaatatCAAtagcaactatatttaccttcggcccacaagCCCTAATCAAGTTTGATTTTTgtcccttcataagaaaaagctTGCGCACCCCTAATTTAAACTATAAATTAatccatttttataaattttattatgagattagcattaaaaaaagaacaaataaataaacatgaaaacatatttattttccagtacaaatttattattatcactCACTAAGAAAAACGGAGTCTCGTAAAACTATAGCCTTGAGGTAGGCCCAAGACTTCTGCAGATAttcagcccatcattgagtctgtttatttatttgtgtgtaaatgtgtataaattcatatttattcagtttttaaattaatttcagtaatattactggcTAATGTGAAAACCTTCATatgatttacttacaatacagtttgtgaagTAGTCATTTCTGTTTTATTAGTAGATTTAcggtagatatattatataagagattTGCTTTGTGTACCAAATGAATGGATCTAATATAATTTGcatttcaaacatttaaataaaagtaaaaatgtatattttttatttaacatattacatttttagttaggatacttccaaaatcattctgcataaatccacagatttttttttacaattttccagctcattcaactttcctcagtaaATAGgccacttaaataattaaaaatgtaatttgtcttaaagcctttttctatcaataatttttacaatatatGATGGCATAGCAATCAAAAATGGGATA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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033882 lncRNA downstream 73259 36664770 ~ 36673919 (-) False XLOC_016631
TCONS_00032659 lncRNA downstream 73260 36671252 ~ 36673918 (-) False XLOC_016631
TCONS_00032660 lncRNA downstream 73260 36671305 ~ 36673918 (-) True XLOC_016631
TCONS_00033382 lncRNA downstream 321575 36379239 ~ 36425603 (-) True XLOC_016619
TCONS_00033881 lncRNA downstream 668540 36076196 ~ 36078638 (-) True XLOC_016555
TCONS_00033885 lncRNA upstream 132849 36886743 ~ 36905079 (-) False XLOC_016635
TCONS_00032664 lncRNA upstream 140983 36894877 ~ 36901771 (-) False XLOC_016635
TCONS_00032665 lncRNA upstream 140983 36894877 ~ 36905394 (-) False XLOC_016635
TCONS_00033383 lncRNA upstream 141131 36895025 ~ 36899140 (-) True XLOC_016635
TCONS_00033886 lncRNA upstream 178805 36932699 ~ 36933692 (-) False XLOC_016638
TCONS_00032661 mRNA downstream 7584 36715510 ~ 36739594 (-) True XLOC_016632
TCONS_00032656 mRNA downstream 73173 36664173 ~ 36674005 (-) False XLOC_016631
TCONS_00032655 mRNA downstream 88477 36632676 ~ 36658701 (-) True XLOC_016630
TCONS_00032654 mRNA downstream 142589 36604152 ~ 36604589 (-) True XLOC_016629
TCONS_00032653 mRNA downstream 144226 36602489 ~ 36602952 (-) True XLOC_016628
TCONS_00032662 mRNA upstream 61590 36815484 ~ 36818132 (-) False XLOC_016634
TCONS_00032663 mRNA upstream 61590 36815484 ~ 36819624 (-) True XLOC_016634
TCONS_00032666 mRNA upstream 153242 36907136 ~ 36914281 (-) True XLOC_016636
TCONS_00032667 mRNA upstream 160514 36914408 ~ 36918709 (-) False XLOC_016637
TCONS_00032668 mRNA upstream 163719 36917613 ~ 36925561 (-) False XLOC_016637
TCONS_00032658 other downstream 73259 36670656 ~ 36673919 (-) False XLOC_016631
TCONS_00032657 other downstream 76020 36664770 ~ 36671158 (-) False XLOC_016631
TCONS_00032643 other downstream 414847 36332018 ~ 36332331 (-) True XLOC_016617
TCONS_00032642 other downstream 419067 36327607 ~ 36328111 (-) True XLOC_016616
TCONS_00032641 other downstream 422182 36324496 ~ 36324996 (-) True XLOC_016615
TCONS_00032691 other upstream 651457 37405351 ~ 37409157 (-) True XLOC_016651
TCONS_00032743 other upstream 1450047 38203941 ~ 38204793 (-) False XLOC_016682
TCONS_00032764 other upstream 2308860 39062754 ~ 39068546 (-) False XLOC_016693
TCONS_00032769 other upstream 2616917 39370811 ~ 39370927 (-) True XLOC_016694
TCONS_00032776 other upstream 2981658 39735552 ~ 39752556 (-) True XLOC_016698

Expression Profile

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