LOC110527123


Basic Information

Item Value
gene id LOC110527123
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048565.1
NCBI id CM023219.2
chromosome length 95772356
location 65794987 ~ 65799491 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005052545.1
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>TU80629
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>TU80631
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>TU80632
AACTCTGTAAACAGGAGTAGGTGCATCACTGGTCACTGAGCTGGCCAGCTaaagttagttagttagtcacATAAATGTACGTTCAGCCTGATGATTATTTATCTTACGAAGTCAGCATGGCTTAACATAGTTTATTTCGTTTTTGACCTCGACATTGTTGCTGGATAGATACTTTCATACGTAATATGCTggcgctgctagctagctaatgctaaCGGCGCTAGCTAACCTCATATCTGGATGCCCCACTCTAGTTCCCGAGAGAGCAGCATACTGGCCCTCCATTCCCAAACCTGAAGCCACCTGTCCCCAGCAGGAAAGACCAGGAAAAAGTGCTAGCTTAAGatgaccagcagtgtCAAATAATAGAGGGTCGCTGGAACTTCCAGAGGCTTGTAAACCTGAAGCAGTGTGATGTGGTCCAGATCTGACACCCCTATTAGCTCAACCACAGTCTTCACAGCTGCAGTCGTCTGCCCCTGCATCTGCTACACCGGCCACGACAGGTGATACAGATCTGCCACCCCCAGCAGTTCAGCTGCAGTCACAGCAGTCCTCTGCTGTGGTATTTAATTTACCGGCTGCACCAGGTCCTACTACACTGGCCGTTAAGGAAGAAACTATTTTTTACGATACCCAGATGAATACAGATCTGCCATGTACTCCACCACTGCCTGACAGCCTCACCCAGACGTGCATACACACGGGGCCTAGCAAGACTGACAAAGCAGAGATGGGTGGCTGACAAGGAAAAATAAAACAACATGCACTCAAACACATTATACACAATGTAAATAAGTTGTAATTACCTGTTCATTTAATGTTTGGTCCATTTTATTTTAGGATTGGAGAGATCTACTCCTTCATATCCATTGTCAATATCTACATAATTACTCTAAATATCTATCAAATTAAAGTGTGATTGATAATTTTGTAAAAGGCTATGGCTTAATGTTTACAGTTTGGGGGAATTCTGTGTGCTTTTTTCTTTGAGTTGAAAAACatgtctccctctcacacacacattagac
>TU80628
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>TU80630
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>TU80634
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>TU80635
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005052545.1 False 1725 mRNA 0.42 5 65794987 65799402
XR_005052546.1 False 1359 mRNA 0.42 6 65795000 65799402
TU80629 False 1384 lncRNA 0.43 5 65795417 65799491
TU80631 False 951 lncRNA 0.44 5 65795417 65799491
TU80632 False 1031 lncRNA 0.44 6 65795417 65799491
TU80628 False 740 lncRNA 0.41 3 65796616 65799491
TU80630 False 657 lncRNA 0.43 4 65796616 65799491
TU80634 False 522 lncRNA 0.42 3 65796616 65799491
TU80635 True 605 lncRNA 0.40 2 65796616 65799491

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110527114 LOC106576759 coding upstream 97659 65680024 ~ 65697328 (+)
LOC110527092 tisd coding upstream 312762 65478933 ~ 65482225 (+)
thada LOC106576760 coding upstream 318472 65372299 ~ 65476515 (+)
LOC110527082 epcam coding upstream 498883 65291708 ~ 65296104 (+)
LOC110527046 LOC106576764 coding upstream 573300 65173289 ~ 65221687 (+)
hcar1-3 LOC106576755 coding downstream 26945 65826347 ~ 65828743 (+)
LOC110527154 LOC106576753 coding downstream 99025 65898427 ~ 65911535 (+)
LOC110527164 LOC106576754 coding downstream 116179 65915581 ~ 65922285 (+)
LOC110532572 LOC106576752 coding downstream 194466 65993868 ~ 65999848 (+)
LOC110527177 LOC106576750 coding downstream 200855 66000257 ~ 66003340 (+)
G72858 LOC100136012 non-coding upstream 59123 65686749 ~ 65735864 (+)
G72866 NA non-coding upstream 132685 65657325 ~ 65662302 (+)
G72812 NA non-coding upstream 231532 65563113 ~ 65563455 (+)
G72047 NA non-coding upstream 350314 65406430 ~ 65444673 (+)
G71997 plekhh2 non-coding upstream 466475 65327593 ~ 65328512 (+)
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G72960 NA non-coding downstream 31977 65831379 ~ 65831608 (+)
G73321 NA non-coding downstream 182267 65981669 ~ 65981892 (+)
G73334 NA non-coding downstream 206631 66006033 ~ 66006238 (+)
G73311 LOC106576750 non-coding downstream 213475 66012877 ~ 66013340 (+)
LOC110526969 stk32c other upstream 893363 64809255 ~ 64946164 (+)
G70011 NA other upstream 2519691 63274963 ~ 63275296 (+)
G67930 mcmbp other upstream 4061599 61729765 ~ 61733388 (+)
G67806 LOC106581772 other upstream 4479735 61314874 ~ 61315252 (+)
G66188 NA other upstream 5852923 59941486 ~ 59942064 (+)
G73515 NA other downstream 488277 66287679 ~ 66288469 (+)
LOC118965274 LOC106576739 other downstream 621093 66417495 ~ 66424081 (+)
G74067 LOC106576735 other downstream 956805 66756207 ~ 66758984 (+)
G74139 NA other downstream 984933 66784335 ~ 66784969 (+)

Expression


Co-expression Network