XLOC_002452 (scarb1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_002452
gene name scarb1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 44699734 ~ 44748270 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

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GGGACTGTCCTGGTGTTTGTGGGACCGATCATAATTGATGATCAAATAGTGAAGAATGTGGAGATCAATCCCAAAAACGATCTCTCCTACACCATGTGGAAGGACATCCCGGttcctttcttcatgtctgtttattttttccacatcgTCAATCCTGATGAGATCCTGAAAGGAGAAAGGCCCATGGTGATCCAGAGAGGGCCGTACGTGTACCGAGAAAATCGCTGGAAGGACAACATCACGTTTCATGAAAACCACACGGTTCTCCAACATTCATCTCTCAGCCGCACTTTTATAACGCTGACCCGCAGCTGCTGGACACAGTCAGTGGATTGAGCCCAAGTGAAGATGAACATGGCCTTTTTATTGATATCCACCCGGAGACTGGTGTGCCGGTGAACGTCTCTGTTCGGTTGCAGCTCAACCTTTTCTTAAA
>TCONS_00004605
CTTTTATAACGCTGACCCGCAGCTGCTGGACACAGTCAGTGGATTGAGCCCAAGTGAAGATGAACATGGCCTTTTTATTGATATCCACCCGGAGACTGGTGTGCCGGTGAACGTCTCTGTTCGGTTGCAGCTCAACCTTTTCTTAAAGAAAGTTTCGGGAATCTCAGAAACAGGGAATATAGCGGAGGTGGTGATGCCCATGCTGTGGTTTGAAGAGAGCGGCTACATCGACGGACCCGTCCTGCACACGTTTCGCACCAATCTGGTGGTTCTGCCAAAGGTCATGGAGTACATGCAGTACATCTTCATCGCTCTCGGCCTCGCTGCCATCCTGACTGCTGTCATATTATTCCTCACCGATAAGGACAACGTAAACCATTCAAAACAGCATCCGGCCAATGAGACGCAGGCTGAGAAATATAACCAGAGCAACACAGGTAAAAAGTAAAACGAGTGGTTCGTCCAGCACAGATGTGGATCCATCCAGCACAACCAGTGAAAAAGCCCCATTACTACAGTCACCAACCAGCTGAACCATCATCCACATTCACAATATTTAAAAGTTCCACAAATAAagcttattttattataacaagCTGTGGATGATTGGACTGGATCCAGTACAGATGATGCATTATGAactcttgtgtgtgtttttgtacagCGGTTGGGTTCTCCATGGAGTTTGCATTACATTTAGCATTGAAAAACTGAGCATCTGTGTTATGGTCTGGGttagttaaatatttttattttgaaaatacttgAATATA

Function

symbol description
scarb1 Predicted to enable lipid binding activity; low-density lipoprotein particle binding activity; and scavenger receptor activity. Predicted to be involved in cholesterol transport; plasma lipoprotein particle clearance; and recognition of apoptotic cell. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in caveola and cytoplasm. Is expressed in adaxial cell; segmental plate; somite; xanthophore; and yolk syncytial layer. Orthologous to human SCARB1 (scavenger receptor class B member 1).

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG:

id description
ko04145 Phagosome
ko04913 Ovarian steroidogenesis
ko04925 Aldosterone synthesis and secretion
ko04927 Cortisol synthesis and secretion
ko04976 Bile secretion
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ko04979 Cholesterol metabolism
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ko05160 Hepatitis C
ko04934 Cushing syndrome
ko04131 Membrane trafficking
ko04147 Exosome

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-031126-1 Predicted to enable lipid binding activity; low-density lipoprotein particle binding activity; and scavenger receptor activity. Predicted to be involved in cholesterol transport; plasma lipoprotein particle clearance; and recognition of apoptotic cell. Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in caveola and cytoplasm. Is expressed in adaxial cell; segmental plate; somite; xanthophore; and yolk syncytial layer. Orthologous to human SCARB1 (scavenger receptor class B member 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000101557

RNA

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TCONS_00004601 False 4412 mRNA 0.41 13 44699736 44748270
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TCONS_00004603 False 844 nonsense_mediated_decay 0.47 4 44699817 44713817
TCONS_00004604 False 436 mRNA 0.47 5 44700103 44733857
TCONS_00004605 True 773 mRNA 0.44 6 44719697 44745966

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_002453 BX569788.1 coding downstream 19118 44767388 ~ 44769521 (+)
XLOC_002454 SLC4A5 coding downstream 63430 44811700 ~ 44901444 (+)
XLOC_002455 zgc:114173 coding downstream 155406 44903676 ~ 44914922 (+)
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Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000158_01886986_01905003 SCARB1 coding CI01000158 null 1886735 ~ 1905240 (+)