G1648608


Basic Information

Item Value
gene id G1648608
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 64980364 ~ 64980943 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1886551
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtctaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886552
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886553
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886554
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtctaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatactggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886555
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886556
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886557
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886558
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca
>TU1886560
gacatggactctacaaggtgtctaaagcgtcccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggcccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgtctaaagcgttccacagggatgctggtccatgttgactctacaaggtgttgaaagcgttccacagggatgcaggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcgtaaaaaacccagcagcattgca

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1886551 False 538 TUCP 0.51 2 64980364 64980943
TU1886552 False 310 lncRNA 0.51 2 64980364 64980943
TU1886553 False 358 lncRNA 0.51 3 64980364 64980943
TU1886554 False 448 lncRNA 0.51 2 64980364 64980943
TU1886555 False 298 lncRNA 0.51 3 64980364 64980943
TU1886556 False 346 lncRNA 0.51 2 64980364 64980943
TU1886557 False 262 lncRNA 0.50 3 64980364 64980943
TU1886558 False 298 lncRNA 0.51 3 64980364 64980943
TU1886560 True 406 lncRNA 0.50 3 64980364 64980943

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118941527 ERH coding upstream 427450 64540285 ~ 64552914 (+)
LOC118941371 NA coding upstream 498101 64481427 ~ 64482263 (+)
LOC118941526 NA coding upstream 759795 64215286 ~ 64220569 (+)
LOC118941525 NA coding upstream 764747 64202220 ~ 64215617 (+)
ccdc177 LOC106586969 coding upstream 778630 64193509 ~ 64201734 (+)
wdr32 dcaf10 coding downstream 64468 65045411 ~ 65070228 (+)
LOC110498306 LOC106563190 coding downstream 96437 65077380 ~ 65103465 (+)
manba manba coding downstream 127742 65108685 ~ 65142820 (+)
nat8 LOC106607815 coding downstream 248741 65229684 ~ 65239437 (+)
LOC118941380 NA coding downstream 260739 65241682 ~ 65244293 (+)
G1648600 NA non-coding upstream 16424 64957920 ~ 64963940 (+)
G1648570 NA non-coding upstream 61255 64917374 ~ 64919109 (+)
G1648573 NA non-coding upstream 64740 64915139 ~ 64915624 (+)
G1648583 NA non-coding upstream 65559 64914482 ~ 64914805 (+)
G1648576 NA non-coding upstream 78857 64898001 ~ 64901507 (+)
G1648620 NA non-coding downstream 30291 65011234 ~ 65012750 (+)
G1648605 NA non-coding downstream 41128 65022071 ~ 65023620 (+)
G1648623 NA non-coding downstream 43309 65024252 ~ 65027253 (+)
G1648626 NA non-coding downstream 59150 65040093 ~ 65040335 (+)
G1648627 NA non-coding downstream 60807 65041750 ~ 65042048 (+)
G1648296 NA other upstream 851296 64128208 ~ 64129068 (+)
LOC110498409 LOC106592792 other upstream 1588532 63380908 ~ 63414582 (+)
G1647477 NA other upstream 1776307 63202756 ~ 63204057 (+)
G1647411 NA other upstream 1903221 63075149 ~ 63077143 (+)
G1647342 NA other upstream 1961676 63016955 ~ 63018688 (+)
G1649268 NA other downstream 480830 65461773 ~ 65463454 (+)
G1649291 NA other downstream 563434 65544377 ~ 65545055 (+)
G1649309 NA other downstream 597496 65578439 ~ 65582582 (+)
G1649319 NA other downstream 620017 65600960 ~ 65602416 (+)
LOC110498653 atrn other downstream 753671 65549526 ~ 65812816 (+)

Expression


Co-expression Network