G1649314


Basic Information

Item Value
gene id G1649314
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 65587884 ~ 65604291 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1887762
ttgtgttgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtatgtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgttaTAATtttaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggttgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtcgatggtggtgattgtaggtgatggtggtgattgtagacaGTGGCGGTGATGGTTATTGTAGGTGGTGATGGTGATTGtcgatggtggtggtggtggtgattgtagatggtgatggtggtgattgtacatggtggtggtgatgattgttggtggtgatgattgtaggtggtggtgattgtagatggtggtggtggtgattgtag
>TU1887764
ttgtgttgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtatgtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgttaTAATtttaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggttgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtcgatggtggtgattgtaggtgatggtggtgattgtagacaGTGGCGGTGATGGTTATTGTAGGTGGTGATGGTGATTGtcgatggtggtggtgatggttattgtaggtggtgatggtgattgtcgatggtggtggtgatggttattgtaggtggtgatggtgattgtcgatggtggtggtgattgtaagtggtggtggtggtgattttaggtttg
>TU1887765
tgtaggttggtggtggtgattgtaggttggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtgctgttggtgattgtaggtttgtgctgttggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtatgtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattctaggtttgtggtggtggtgattttacatttgtggtgattgtaggttggtggtggtggtgattgtaggttggtggtggtgattgtaggttggtggtggtgattgtaggttggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtatgtttgtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgtgctggtggtgattgtaggtttgtggtggtggtggtgattgtaggtttgtggtggtggtgattgtaggtttgtggtgattgtaggtttgtggtggtggggattgtagatggtggtggtgatggtgttgattgtaggtggtggtggtgattgtaggtggtggtgatggtggtgattgtagacagtggtggtgatggtgattgtcgatggtggtggtgattgtaagtggtggtggtggtgattgtaggtggtggtgatggtggtggtggtggtgattgtaggtggtggtgatggtggtggtggtgattgtagatggcgATGGTGGTGATTGtacatggtggtggtgatgattg

Function

NR:

description
PREDICTED: uncharacterized protein LOC106592043

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1887762 False 448 lncRNA 0.45 3 65587884 65588393
TU1887764 False 459 lncRNA 0.45 3 65587884 65604291
TU1887765 True 867 lncRNA 0.47 4 65591377 65601685

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110498317 LOC106600683 coding upstream 60926 65515808 ~ 65526958 (+)
LOC110498315 LOC106606645 coding upstream 296793 65250079 ~ 65291091 (+)
LOC118941380 NA coding upstream 343591 65241682 ~ 65244293 (+)
nat8 LOC106607815 coding upstream 348447 65229684 ~ 65239437 (+)
manba manba coding upstream 445064 65108685 ~ 65142820 (+)
LOC110498312 LOC106560777 coding downstream 741441 66345732 ~ 66347001 (+)
LOC110498313 LOC106611434 coding downstream 766735 66370807 ~ 66379174 (+)
cfd LOC101448046 coding downstream 1114143 66718434 ~ 66723596 (+)
LOC110498318 LOC106560213 coding downstream 1338422 66942713 ~ 66975247 (+)
LOC110498319 pgrmc2 coding downstream 1382540 66986831 ~ 66995509 (+)
G1649308 NA non-coding upstream 3882 65575722 ~ 65584002 (+)
G1649306 NA non-coding upstream 16501 65570775 ~ 65571383 (+)
G1649295 NA non-coding upstream 39842 65547787 ~ 65548042 (+)
G1649293 NA non-coding upstream 41229 65546308 ~ 65546655 (+)
G1649292 NA non-coding upstream 42548 65545072 ~ 65545336 (+)
G1649321 NA non-coding downstream 3175 65607466 ~ 65609228 (+)
G1649326 NA non-coding downstream 12975 65617266 ~ 65618570 (+)
G1649362 NA non-coding downstream 72556 65676847 ~ 65677922 (+)
G1649366 NA non-coding downstream 79620 65683911 ~ 65685588 (+)
G1649300 NA non-coding downstream 124713 65729004 ~ 65731122 (+)
G1649309 NA other upstream 5302 65578439 ~ 65582582 (+)
G1649291 NA other upstream 42829 65544377 ~ 65545055 (+)
G1649268 NA other upstream 124430 65461773 ~ 65463454 (+)
G1648608 NA other upstream 606941 64980364 ~ 64980943 (+)
G1648296 NA other upstream 1458816 64128208 ~ 64129068 (+)
LOC110498653 atrn other downstream 130323 65549526 ~ 65812816 (+)
G1649614 NA other downstream 367164 65970505 ~ 65976240 (+)

Expression


Co-expression Network