G185706 (LOC108270801)


Basic Information

Item Value
gene id G185706
gene name LOC108270801
gene type misc
species striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047605.1
NCBI id CM018551.1
chromosome length 26640196
location 21290449 ~ 21324977 (-)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome

Sequence

>TU219833
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>TU219834
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>TU219835
GTGCTTTTTGCATGTATCTATTGTAATCCTCTGAATTTTGTATTCAATAATAAAGAAGAGAGATTTAACACTATAAAAATACTCTcaagaaaatgaatatttagTTCTGAAAACAAAGGTACAGATAATACTAAAGTAAGTACATGGTGTGtacaagttttcttttttctttcgcCGTCTCGTTGCTGTACACATTGCCAGACACTTTGAGGTTCACtgcttcttttttccattttgcttAACGCAAGGGCAAAGAGCACTGCTGATAAAGGGAGGGTGAACAAACTCCAGACTTCTTTTAAAGGCTAAACTTTGCTTTtccactcagtgtttttgtgatGACCTGGTTTCCTGGCAACAGTCTCTCAGCTTTAAAAAGGGGGCTTTGGAGAGGGAGCTGTAGGAGTGTGTCAACTGCCAACTCAAATGTGTTGTAATGGTGGCAAAGTGGACAAGGCTGTGCCATACACCAACTTGGTACATGTGAGCAGAATTGTTGATTAACACACTGACTCTACATTCcaagtttatttttatctggTGTCTGGAGCATCTAAACCAGAGAGTTTTAGTTGTTCTTTGAAGATTTCATTAATAATATCTCAACGATACACAGCTTTCAGACTGAGGGTGCTGTCCTGtatcattttatattgtgtgtgtttatgtctatGAGTGCAATCTAAAAGAGTCAGACCAGAACAGTAGTAAATTTGCCAGCAGCTTTATTTCCGGAGACAGGTTTTGCTCACACACAACAACAAGGAAGTGGATTTAATCTTTATCAAATTCAAACAGTTATTTCCTGGGTTTTACGACTATGATTGACAATTGTTAACTGTCATACCATAAGCAATGACCCACTGAAACaatgttttagtgtgtgtgtgtgtttctcagaacGCAGTGCTCTGCTTAGCTGACTGTGcgcgtggtggtggtggtagtgatCGTGCTGGATCCACCTGAAAAAGAatacatatttctgtttataatttGTTCGGATTATTTGAATAAGCTTGAGAATTCAAATAATATATCTACAATAAAGGGAAGTGATCATTACCTGTGCCAGGAGGCCTAAGgatacaagacaaaaaaaagatgctttAGTTAGCTTCATAACACACTACTCAAGGATCAGATACACTGTATGTTATAATGACCAgtcatatatttatatgcttgagaatgtgtgtacatgtaggTATGTGACCCTACCTGGACTCCTCCTTCTCCAGGAGGCTTCTGTAGGTGGCGATCTCCTGCTCTAGGCGGCTCTTGATATCCAGCAACATGGAGTATTCGCGGCCCTGCTGCTCAATGCTGGCACGTACCTGTGCCAAATCTGACTCTAGCATGTTAATCTGGTTCTGGAAGCCTGCTAGCATAGCACTGTAGCGAGCTTCTGTCTCGGCTAGCGTGTTCTCGAGGGCTGCTTTCTGTATGACAGAGAGATCATGGAAAAAGTTAAGTGAAAGTACACTGTTTAACAGTGCTTATGGTTCTTTGACAGTGCACAGAAATCCTGGATGTTTATGCAAAGAAAATGCACTTTCCATTTTTATGATCTCTGCCATCCTCATACCAAAAGGATTGCTCATAATTTAAGCAAGGTTTTGAAATAACCTCTAACTTTCAGAAGTGAAAATCAACACACATATGACAGACTATTTCCAAAGttccattttgaaatatttggaaGGATTCTCTATGGCGACAGTTACACCAAGGTGCTGCAAGTCCACACCCAAGTGCCAGAAACCTTTAGCAGTTTTGGCTGCTTTTACCTCAAAATGTCTCCACATTCCTTACTCCCTGGATCATTCTGTTTCTCTGGGATATGGACACAAGTTACCCTTGGCAGCCTTCCCCACTAATATGCCTGGTTCTAGTCAGTCTCCTCCCATCCATTTCTACAGCCTCCCCTCTTACCCTCCTTATTATCCTCATTTGACCTCTTATGTAACTTTTTATAACTATTTCCATGAATTCTATAACACATCCTCCCCTTAATCTCTCCCCATTTCTGCCTCTTTCAATTGGTTCCACTCTTTTATCTTTTCTGAGTCTCACCATGCTTAGTTGTGATTGTAGTTCAATTTCTAAGCCCTGCAGGGTTCGCCTCAAGTCTGTGATCTCTGTCTTGGAGGTCTGAATGGTCTCTGTGCTGATGGCAACCTCCTTGGTTAGTGCTGCCGACTTAAAGAGAGTATACAAATATATTAGAAAGGTACGCCACAACCAAtgataacaataacaatgattatatgtcattaataataaaacacctACTCACCTTGTCATTGAACCAAGCCTCTTGGTCTCTGCGGTGTTTTTCTGTGATGGCCTCGTACTGTGAGCGGATCTCCTCCAAAACCTTGTTCAGGTCCTGCTGAGGAGGAGCGTCTACCTCCACGTTCACATTTCCAGACAGCTGAGATCTCAGAGCTGCCAGTTCCTACAAAGATGAAGTTATAAATACTTTGGGGTTAAttctgctgttttcttttgcaAAAGTCCTGAGAGAAAATGTGAAGGCGATTGCAACCAAAAATGGAGATGTTTAAGAATGGCATCTTTTTTCAGCAAACAGATTCTTGGCATAAGACTGCACTTGGCTTTTTCTACAAGAGCATCCATCCCAAGCAGAATCACTGTGCTTTCcaagttgaatattttaaatgcagtaaaaaCGATTATTGATGAAATATCATACCTTGCTAGTTTCATACATTCCATAATTTTCCAATTCCTTTGGATTAGTTAATGTGGTCTAGTTTCATAAAAATGTGGTAAGTCACAGTGGTGATAACATTACTAACCTCCTGATGGTTCTTCTTCAGGTAGGCCAACTCATCCTGCAGACCTTCGATCTGCATCTCAAGGTCAGCCTTAGTCAAGGTGGTCTGGTCCAGCAGGCGTCGCAAGTTGGCAATGTCAGCCTCCACGGACTGTCGCATTATCAACTCATGCTCATATCTAATCAGTGGAGAAAGAGGGTCAGTACCAAGTTGGTTTTTCTAATCAcagttattatataataaaataaagtcattcTATCATCTACCTTTTTAGGTTCATGGtacattatgtatatatgtttttcatAACTTAGGTACACCTACTTTGTTTTGAAGTCATCTGCAGCCAGTTTTGAATTGTCAATCTGCAGGAGGATGTTGGCGTTGCTGATAGTGGCATTCTTGATCTGAAACAAGGGCAGTTATTATTGGACATTATTGACTGAGTAGAccttataaaatacaataagtgcACAACAATAATTCTACAAGCCATAATTTCCAAAGTTAAATTTACCACACAAACTTCCATCATTACCTTATCCTTCAGGTCATTGATGGTGGCCCAGTATGCACTGTAATCTCTCTCAGCAATTGGTCCTTTCTTCTCATAGTACTCACGGATCTTCAGCTCCAGTTTTGCATTGGCAGCTTCCAGGGAGCGGACCTTTTCCAGGTAGGAGGCCAGACGATCATTCAGGTTCTGCATGGTGGCCTTCTCATTCATTTGAACACTCTCACTGTCCAGGGCAGAAGCCAGGCTGAAGCCACCATCTCCAGCCAGGCCCAGTCCACCACCATAGCCAGAAGACACAGTCCTTGAGAATCCTGAGGAGATTCGGGTTCTGCATGGTGGCCTTCTCATTGGCTGTCACAATGCCCAGATCTTCACCACCAAAACCCCCACCCAAGCCAAACCCGGCTCCTCCACCAGCTCCTCCACCAGCTCCAAAGCCAAAGCCTGCTCCACTACCAAAACCTAGGCCTGCAGCACCTCCACCACCACGTATGGAGCTGGAGACAGTGGAGATGCGCACACCAGATCCTCCAGAACCACCATACATACTGGGGGCACGTCCAACCATCAAGCGGTGGCTACCACCACTGCTTATCGTGGAAAGCCGAGATGATCCACCTATACCGGGACCCCGAAAGGAGCCCCCGCTGAAGGAACCACCTGAGGAGGTAAAACTGCTGAAGCTGGTCATGGTTGTGCTGTAGAGCAAGGAGTGGCTCTTtcctgag

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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TU219834 False 3758 lncRNA 0.42 2 21321072 21324977
TU219835 True 4049 TUCP 0.43 2 21290449 21324977

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC117598433 NA coding downstream 23392 21266242 ~ 21267057 (-)
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G185637 npepps,LOC102793525,LOC101475000 non-coding downstream 187450 21102019 ~ 21102999 (-)
G185596 LOC108270818 non-coding downstream 323129 20946935 ~ 20967320 (-)
G185730 NA non-coding upstream 133853 21458830 ~ 21459164 (-)
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G185738 NA non-coding upstream 201337 21526314 ~ 21526607 (-)
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mob3c mob3c,LOC108270829,LOC103027889,LOC108438648,LOC106613547,LOC106574029,LOC107572948 other downstream 360494 20923295 ~ 20929955 (-)
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G184716 rps15,LOC107685215,LOC107578086 other downstream 1592740 19695262 ~ 19697709 (-)
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Expression


Co-expression Network