XLOC_006417


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006417
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 6335364 ~ 6338658 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013461
GTGTATCAAGAGTTCAACCAGATAGTGTGGAAGAATCTTAAGCAAGAATTATATTGGTCTCTTGATCATCACTGCCCACAGCTGATTCAGATCTTCAGGTCAAAGAGAGGATTCACTGGACAGATTTTTATCTTCTACAAAATAACAAGGTTTGTGTATGCCATTGTTTGTACATGCCTTTGACATAAATTGATGCCATTGTGTGCTGAATTCTGAAATTTATATAATTACTTTAGAAATCCTCAGTGACAGAGACTAAATTTTAATACATGAAAATGCCCTTTCTCTCATGTTGACAAATGATACAATGTTGTTTCTCTGCAACACCTCAGGCGTCTGACCTCACTGACATGCCATGTGTTGCCATTTGAGTGCTTCCAGTAGTTGTTGGTGATGACCCAACAGTTCTTCAAAGCATGTTTTATGATGGAGACTCAAATCAACATGTGCCCGTTGGAATTCTTAACCAAGAAAATTAAGATGTGGCTCTGCAACCCCTGTCCTTCCACCTCCACCCATTCTCTGGGAATCATCTTGGAGGGAAATGTTGTAATGGACAATATAGACAATATTCCCCAGGCCAAGTGTCTTTTTGGATCAACCTATGCACTGCACCTAGGCTACACAAAATGCATGGACAATACCCttctttttattcaacaagtTTGGGTAAGAAGATGCTGAAGGGTAAGATTCTGGCTGTTAAAAATCAACTTGTCATGTAAACTGGTACAGAAAAGGCATGTTCCTTCAGGCTTGCTGTCCTAACtgtgagataaaaaaaattaaaactatgcTTTAGTGTTTGGCAAGTGTAAATATTCCATAATGTTAAAATGTAATAACATCCTGtggttgtttattttttggatatgtttgtaaaaatgtatttaaaaattttaaacaagtgttttaataagatttataacaataaatattgaCTAATTGTTATACAAGGCATTTTCTAGTTTTGTCACTTGTTTCGGAGTGATAtttctaaatgattttaaataaactgtaaagtaaatttttattctttgtccTTGTTTGTAATTAGGGGTATtttcattaaatcatttattgtGAATAGCtaaggttaaaattatttctGTCATAACATTCAGGTCAagattttatgttttaagtttataCAGGTTGATTGAACTTAAAAAATTTATGGAAACTCGCTGCCCTAAAAAAGCTAATTTCGTCTTGTTgaaaaaacaatactttttagGTTTATTGTACCTAAGATTTAAATATTGTTGTACTAAAAACCTTTATTTCAGtcaactaaatatttaattaaatgcatttgaaaTCTTAAGTACAATAAActtaaaaagtgttgttttttcaACGAGACGAAATTAGCTTTTTTAGGGCAGCGGGTTTCCATAAATTTTTTAAGTTCAATCAACCTGTCCGGGCTTACAGTGtaggtatataaaatatatataaataaaatgaaaaaggcGGTTGTGAGGG
>TCONS_00013745
TTATCCCTAAAGTTGTATTAATTCAAAATACTTAGattcaataaacataaaaaacaacttttttgctTAGTTAtccattttgtttagtttattgtacGATTTGCATGATATTTTTGATTCTACTGGAATGTTTAAATTGAATGTACTTAACAAAGCTTATTTTAGTCTATTGGTAAAGGAGTGATGTGCAAGGGGAAATGTGATTGGCTCTTTGTCTTTGGACTGACGTCACTGGTGAATACAGCGTGAGCGCGCATTTTCTAATGGCTGCTGATCACTGTGAGTACGATTTCATACTTTTGTCTCAAACAGTCCACATTGTTTTCCTTTAATAAACAAAGTATGTAACCGTTAGCAAGAAAACCACATGTAAGATTAAGCTGTGTCTGACGTTAGGATCATGTTATTGTTCCGGTCAATCGCAACCGCCATTGCCACATTTATTAACAGTTCTAAGACGTGAAAAGTGCAAAGACGTGCGTAATAGGATCATGATAGatcatatattatgtaaaaaaaagttaatgtaagtTTTGCCTGTGTTAGCGTATTCATTTATGCCACGTATAACCGATCACGGCCGCTGCATTTCATCTATATAATTCGTTACAGTTACTGTACGTGGAAACATGCTTTATGAGGTCGTCACGTATAAAGTTTAATATTGATGCTGTATTCGATGAGTCATCCGCGTTATCTTTTGTGTAAACTGATTATTTTTTCAGTGGTGGTTATGTGTCGTCAGATGTTTAGCATAACATAAcctgagctgtttttaacattttttttactttttttttcttgtaagtgAAGTATTAACTGACTAGAATACATTGAGATTTGCCCCTTCGGAAATACGAATTCATGTTAGTTGGCAGTTTTTAAAGATATGCAACCTCGTGCTCATCAGTCTTAGCAAGTGAATTTTCAGTTAATTAGAATGAAAGCTAAATAATTAACTGTAGCTCTCTAATTCTTTTGATTAACAATAGCTGTTTGTGGGAAATTTGGAGATAACAGATCAAattatgtaaatgtgttttgtcagctagtaatctaatgtatatttttgtaactGTAGATTGCAGAAAGATCAAAGACAGGCCAACCAGGATGAGATGAAAATGTAAGTATTGCTCATTTGCTTGTGACAAAGATGGTACTTATTAAAACATTGCAGATTTAAACATGGGAGCTATGCAAAAAGCCAGCCATTTCCATGCATATATCAGGAATGTATTTGTAATGAAATGAGTACAGTATTGATAAACatgataacatgctaatttgacagttgtttaattttgacatttctcTGATGTTAATAAACGTTTTTGTGTTTTACTACTACAGGTGTATCAAGAGTTCAACCAGATAGTGTGGAAGAATCTTAAGCAAGAATTATATTGGTCTCTTGATCATCACTGCCCACAGCTGATTCAGATCTTCAGGTCAAAGAGAGGATTCACTGGACAGATTTTTATCTTCTACAAAATAACAAGGTTTGTGTATGCCATTGTTTGTACATGCCTTTGACATAAATTGATGCCATTGTGTGCTGAATTCTGAAATTTATATAATTACTTTAGAAATCCTCAGTGACAGAGACTAAATTTTAATACATGAAAATGCCCTTTCTCTCATGTTGACAAATGATACAATGTTGTTTCTCTGCAACACCTCAGGCGTCTGACCTCACTGACATGCCATGTGTTGCCATTTGAGTGCTTCCAGTAGTTGTTGGTGATGACCCAACAGTTCTTCAAAGCATGTTTTGTAAGTATCCTTAATAAAAGTTTTTGTATATTAATCTAAgtttttttgcattatatttcTTAATGTAAATTTATGTtagcaataacaataaataaatcacccaAGCAATGTCTTATTGTAGTTCATTAATAAATAGAATAATGATCAACATGAAATTTGAATTCATGTTATAACTCCTTTGAAACTCTAAAATGATAAGTAGAATTATATAAAGTCTTTAGTAATTTAATTATATCAAATCTTTTTATGCCGTATGCATTGACTTGTATACaaaaatatttgtagtatttttatatttgatatatCATTGAATACTGGATATGTTTGGGTATACAATTAACAAATTATGCTTGCATACAACTAAAAAACATtacatacaaataatatatattaaaatcaaatgtaCACCTCTAAGatatatttatgttatctatttatTGTTGTCAGGCTTCAGATGATGGAGACTCAAATCAACATGTGCCCGTTGGAATTCTTAACCAAGAAAATTAAGATGTGGCTCTGCAACCCCTGTCCTTCCACCTCCACCCATTCTCTGGGAATCATCTTGGAGGGAAATGTTGTAATGGACAATATAGACAATATTCCCCAGGCCAAGTGTCTTTTTGGATCAACCTATGCACTGCACCTAGGCTACACAAAATGCATGGACAATACCCttctttttattcaacaagtTTGGGTAAGAAGATGCTGAAGGGTAAGATTCTGGCTGTTAAAAATCAACTTGTCATGTAAACTGGTACAGAAAAGGCATGTTCCTTCAGGCTTGCTGTCCTAACtgtgagataaaaaaaattaaaactatgcTTTAGTGTTTGGCAAGTGTAAATATTCCATAATGTTAAAATGTAATAACATCCTGtggttgtttattttttggatatgtttgtaaaaatgtatttaaaaattttaaacaagtgttttaataagatttataacaataaatattgaCTAATTGTTATACAAGGCATTTTCTAGTTTTGTCACTTGTTTCGGAGTGATAtttctaaatgattttaaataaactgtaaagtaaattttta

Function

GO:

id name namespace
GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly biological_process
GO:0071013 catalytic step 2 spliceosome cellular_component
GO:1990904 ribonucleoprotein complex cellular_component
GO:0030532 small nuclear ribonucleoprotein complex cellular_component
GO:0120114 Sm-like protein family complex cellular_component
GO:0005681 spliceosomal complex cellular_component
GO:0005685 U1 snRNP cellular_component
GO:0097525 spliceosomal snRNP complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013461 False 1488 lncRNA 0.33 2 6335364 6337305
TCONS_00013745 True 2840 lncRNA 0.32 1 6335819 6338658

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006416 mcph1 coding downstream 11353 6286594 ~ 6324011 (-)
XLOC_006415 agpat5 coding downstream 55680 6259392 ~ 6279684 (-)
XLOC_006414 tuba4l coding downstream 82850 6245219 ~ 6252514 (-)
XLOC_006413 si:zfos-1056e6.1 coding downstream 117116 6208365 ~ 6218248 (-)
XLOC_006411 NA coding downstream 147620 6150221 ~ 6187744 (-)
XLOC_006418 CABZ01061524.1 coding upstream 622124 6960782 ~ 7031033 (-)
XLOC_006419 NA coding upstream 815664 7154322 ~ 7154837 (-)
XLOC_006420 ninl coding upstream 832408 7171066 ~ 7233811 (-)
XLOC_006421 NA coding upstream 930554 7269212 ~ 7322676 (-)
XLOC_006422 NA coding upstream 966757 7305415 ~ 7316939 (-)
XLOC_006338 rn7sk misc downstream 5509139 825904 ~ 826225 (-)
XLOC_006471 BX537274.2 misc upstream 3926083 10264741 ~ 10264905 (-)
XLOC_006412 CU984583.1 non-coding downstream 173800 6160581 ~ 6161564 (-)
XLOC_006406 NA non-coding downstream 602867 5730915 ~ 5732497 (-)
XLOC_006405 CR926469.1 non-coding downstream 710949 5579097 ~ 5624415 (-)
XLOC_006403 NA non-coding downstream 847751 5480987 ~ 5487613 (-)
XLOC_006426 NA non-coding upstream 1408453 7747111 ~ 7749201 (-)
XLOC_006428 NA non-coding upstream 1830055 8168713 ~ 8230165 (-)

Expression


Co-expression Network