XLOC_006836


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_006836
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007124.7
NCBI id CM002897.2
chromosome length 52186027
location 37632626 ~ 37636598 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00013876
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>TCONS_00013875
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>TCONS_00013151
ATTTAATCTAGCGTTCACAAATCTGAATTCATTCCGAGTTTCTCCGCTTAGACTTGACTGAAGATGGGTCTAGTTACAATTCTCGCTGGTGCAGGAGCAGTCGCAGTAGGCCTATTTGCAGCTGCTCCTGCAGCAGTATCAGCTATGGGTTTCACAGCAGGTGGAATATCTGCAGGTTCGTTTGCCTCCTGGATGATGTCAGTAACTGCCAAGGCAAATGGAGGAGGAGTCGCGGCTGGGTCGCTggtgtcattagcccctttcacacatacagacctttccggaaaattgccggcaattttccggaaaggttgtatgtgtgaacaggtcctttttgaaaataccggtaaattcgttctggctattttccggaaagagaagttgtaacattaccggcaatttgccggaatgctgcgctgtgtgaatgcagaaggaagattaccgtaataagcgcgtgcacgtctagaacgtgctgacgtgagacgtctgctttagccaatcacaacattcagacgcgtttacgtccgcgcggttcatgagaataaaagcctttgaatatttttccagacacatttagctgctagaagttagtcagatcacgtttatatgttcttcttaatgccaactgtataaataatcatcgatgagatgcttatgataagccgttgtttgtttaccttcaagctttgcgtgtgcctgtgaaaacagcctgtgagcgactgcacacgcacatattatgaatctcgacatgcgaaagtgatcctgcgaaagttgttcacaatattgatcatccacagagtttgtaatttatagtcaaatgtttacaaatacaagcgcagccgtttaaagct

Function

GO:

id name namespace
GO:0042133 neurotransmitter metabolic process biological_process
GO:0046113 nucleobase catabolic process biological_process
GO:0099513 polymeric cytoskeletal fiber cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000092725

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00013876 False 1592 lncRNA 0.36 4 37632626 37636598
TCONS_00013875 False 2464 lncRNA 0.38 4 37632626 37636598
TCONS_00013151 True 851 mRNA 0.44 3 37633904 37636147

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_006835 ifi46 coding downstream 1534 37623276 ~ 37631092 (-)
XLOC_006834 zgc:152791 coding downstream 12336 37617518 ~ 37620290 (-)
XLOC_006833 si:dkey-188i13.6 coding downstream 17597 37609458 ~ 37615029 (-)
XLOC_006832 ifi45 coding downstream 24185 37605896 ~ 37608441 (-)
XLOC_006831 snapc1b coding downstream 32026 37586491 ~ 37600600 (-)
XLOC_006837 si:dkey-188i13.9 coding upstream 2160 37638758 ~ 37642901 (-)
XLOC_006838 si:dkey-188i13.10 coding upstream 8974 37645572 ~ 37649595 (-)
XLOC_006839 si:dkey-188i13.11 coding upstream 14075 37650673 ~ 37656690 (-)
XLOC_006840 eys coding upstream 355560 37992158 ~ 38039871 (-)
XLOC_006841 CT027676.1 coding upstream 447479 38084077 ~ 38088627 (-)
XLOC_006471 BX537274.2 misc downstream 27367721 10264741 ~ 10264905 (-)
XLOC_006338 rn7sk misc downstream 36806401 825904 ~ 826225 (-)
XLOC_006829 NA non-coding downstream 96841 37528161 ~ 37535785 (-)
XLOC_006819 AL845493.1 non-coding downstream 453910 37178602 ~ 37178716 (-)
XLOC_006817 NA non-coding downstream 522090 37110212 ~ 37110536 (-)
XLOC_006815 NA non-coding downstream 620390 37009812 ~ 37012236 (-)
XLOC_006814 NA non-coding downstream 634866 36995633 ~ 36997760 (-)
XLOC_006842 NA non-coding upstream 553923 38190521 ~ 38195214 (-)
XLOC_006843 NA non-coding upstream 976627 38613225 ~ 38619719 (-)
XLOC_006846 BX323574.1 non-coding upstream 1216539 38853137 ~ 38853252 (-)
XLOC_006848 BX324188.2 non-coding upstream 1605957 39242555 ~ 39242672 (-)
XLOC_006850 NA non-coding upstream 1862994 39499592 ~ 39504493 (-)

Expression


Co-expression Network