G76239


Basic Information

Item Value
gene id G76239
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000012
NCBI id null
chromosome length 13770000
location 12517066 ~ 12523981 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU86988
TCTGATGACAGCAGACAGCTTGTTTGCAGATTACACAGGCAAAAAGTTCAACAGAGCACACAGATTCTGTTATGTGAACATCTGCAGTTATATACAGCAGGGACGTAAAGGAAACATCCATGCAAATCAATCCCAAACTATGTTTGTGGATCTCTTTCCCATCTTCAGTCATCCTATGAGAAAAGAAGTGAATGTAGGGTGGAAAACACAATAAACATGCCAATTACCTGGTATAAAAAGACATTTTTATTTACAGAACGTTTTAAATGTTTTTCAGTCGGTTTGATTACCATGTGGTTTTCATTGCATTTCAAACTCCTCCCTCATTAATCTTCCAAGAGTCATTTAAACAACATAAAAGAAAGAAACCCTTCAGACAGTCATGTTAGTCTGAATAGAAACAGATGCACTGGGATAGTAATCAAGGCTATCCCTTACGTCTGAACTCTGTCACTGGAACTGTACCATCAGATTTTTATGAATTTGCTGTGCAGCGTCACGCCTTGAGTTTTGTTTGTTTTCACTGTGTGCAAAACAAAACAACACTATTGTCATGTCGTTTTACACTTCTTTACTTGACCTGATGATCTCAACCTTCCAAATGTTGATAAATTGTCATAATGAATGCTTGGGTTGAATGTCTCGGCAGTTCAACCACAGGGGTGAAGACTTTCAGTTTGAGAATTACAGGAACTTTTAGTGGTAGGATTACAGGCCTACCATTATCTTTTTATTTTTTAAAGTAAAAAAGGAGGTAAAAGTTGAAATGAATTTTTGTGGTAATCAGCATTATGCCACAATTGCTGTCGATTGAGCCCAACGTGTACCGAACCCGGAACCCACTGCCAAACCTGACATAGATTCTAAAACTAGTTGTGAAAAAACTGAAGTGTAAGCACTAAACATGCTCACCTGAAGCTGACCGTAGTGGAAAAGTAAGCCCTTTAATTTGAACAATCCTGGAAAAGCCCTCTGAAGGGGAGTATCTGCAGTACTTTAGTTTACTTTTCCTCTATTGGATTTGACTCTTTTATACTCTGTCCTTTTGTAAATGGTCTTAAAAATGAGACATAGACTATAGAGAGTATCACACTCATTCTCTCTTTATGGGAACAACTCCCGTTCCAGACGTTCTCACAGTGTGCCTCATATGCAGTTTGTATGCTGAGGGGTTCAGGCATGCTTTTGACTGTAATTCAGTGTGACTCAGAGAGCTTTAATGCTGCTTTACCACCCAAAGATCCATCCCCCAAATTCCACCGGACTCTCTCTGAGAGCTCAGCTTGAGTCACCAGGGAGCTCTGAGAACTTTATGGCTCAGAGTATCAGCTTCTTTTATTTATTTCCATATGAAACATATCTTTTTCAGGATACATCCAGCAATATTCACTCAATTATAAGAAATTATTTGTAATTTATAATAATCTCTTACATATAGAAAGAGAAAGCTTTTTTCCACTCTCAACTTTGCTGCAGAACTGTTTACATTTGGTCTGAAGTTTCCACATGGGGTTGATGTTAGTATAAACACATGCCTCATGAGAGAGACACAAAGTGATTGCAAATACTGTTCTAAAAAGTCTTTGTGAACTCCTTGAGCCAAAAAGAGCAGAGAGAGGATGAGCGGCTGCAACCAAATCTGCATTTTTGAAGGAAACCCTTAAATTACAGGTCTCCCGTCTGATGACTTTATGATAAAGAATAGCCTGTGGTGAAAAGAGGGAGCTGTTGATGGCCCCCCAGGAAAAGAGAGAATGTGATGTGTTGATACTTTTGCATACACTGGATAGACTCATGCAGGAAGATGATCAACAACTGTTTATACCTGAATGGACAAATGTGGCATGCTGACGAGCCTTCTTCAATCGACTTTTCACAGCCTATAATGCCACTTCACATGCATTGTCAATAATAACAATAATAATAATAAACACACATACATACACATATCTTGCATACAGTTCATTTACATAAACCACATTCAGATCTTCATGGTTAAATGTTAGATAGCAAATAACACATGCTAATATAACTATCAAAGAGACTGTCATTATATACTTGCATGTATATAATCAAACAACATACAGTATATGTAGTCTTAAAGGGTTAGTTCACCCTCACTGTATTCAACAAATTCATCTGTCCCCTGTCATACTGCTACGCTATTTTCGTTGCAGAGCTTCAGTGTTTATGTCCGAACGGCGGCTCAGTGTTGGCCGCTTCTGGTCACGTGAGAAGCACGACGCATGCGTGTGATGCTGACGCAGGAGCCGGCCAATGCTGAGCCCGCGTTCGGACGTAAACACTGAAGCTCTGCAACAAAAATAGTGCAGCAGACAGGGGACAGATGAATTTGTTGAATAAAGTCGCTATTTTGGTTTTGTTTTTGCGCACAAAAAGTATTCTTGTTGCTTCATAATATTAAGGTTGAACCACTGCAGTCATGTCGCCGGTTTTAACGATGTCTTTAGTACCTATCTGGACCTCAAAAGGTGCAATGTCATTTCTGTCTATGTGTGGATCAGATACCCTCGGATTTCATCAAAAATGTCTTAATTTGTGTTCTGAGGACAAATGAAGGTCTTACGGGTTTGGGACAACATGAGGGTGAGTACTTAATGACAGAAATTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAAAGTTTTGCAGCCCATCCTCAATCTAACCACATATACTCATTACCACAATGGAAACCCTATAAAACTAACTTAAGAGAACATTTTTAAGGAAAGAAGATATGAAACTTGATCATAAAAATACTTTTATTTCCTGTACATGTCTGCATGTGATATATTCTAGTGTCTTTGCAAGCATAACATTTGTTGTTATGTTTGCATAAGAATGTTGGTCCAATCAGTCAGTTTCCATACTTGCATCAAAATGAAATCCATTTGAATACAAATACTTTAATTTCAACATCTAACATCAGCCACAAACATGGCAGACCAGGATACTGGTTTCATGACATGACAACTAATAATATTATGAAGTCTTATAAACAATGTAGAATGATCAACAAAATCACAAAATAACTTAAAAAACAGACAAAAACAGAATCAACTGGGTACTGTGGAAAATCATTTTGAAAATCACAGAACTATAACATCAAAGTGACTATGTTAAATATAATGTTCAATAAATCCACATAAAATAAAACCATTATCACTGCAGTTACTGTTGAGAGTAAACTCAGTAAGATTATCACAATCAACACTGATGGAAGTCTGTTCTTAAATAGTTGGTGAAAAAAAGAAAGGGAAAAAAAAAACAGTCTCTAAAAAAATACAATGTAAATTCTAAAAATAAAATGTTGCTGAGACTGGTGAATCATTCATAAGCAGAAGCATAAACTGCTGAAGATGGTCTCTGCTAATGCAATATGCAAGTTAAAGAAATTGCTGTCAGTGTTTCTGATGCTAGCAATCACAGGTTAGGAAACAGGTGTGGAAAAAGAGATGTTTTCACATGGACAACACACCAGCTTTTTCTAACAGTTTACTAAGAGTCTTAAGTATGAATATAGAATGCACTTCCAGAAATACAATTCCTGATAGTGGCAATGTAATGAAATAATGAGATCATGAGTTGCTTGCCTTATATTGCTCTAAGTACTTTGTCAAGTCCTCAATGCGTAGGTCCTTAAGATGCACAAGGTGCTCCAATCTGTTTACTTTAATCTGTAAAATCTGGAGGAACGTAGAACATTTAGGCGATATTCAACAGTGGTTGTTGATTTATGATATAATATCTGCAAACCAAAGGCTTCGCAATGGCACAAAAGAACAGACAAAAAGGTTAATGTCACAATCATTCTGTAGCAGTGTCATTTCCATCCATATAAGCTTTCATGAGTATTTAGTGCAGAAGTTGATCAGACTTTCATAAGGTGGACAGTTACTGAATTTCTTTTTCTTTCAATTGAAATGCAAACAGTTGCAATTATCAAACTTCAAGCAGTTGAATGTGTTGCTGAAACAGTACAAATTATTATACTAATTATTATACTAATTGTCGGATGACAAATATCACAGCTGCTGAACTAACAGTGACTCATTTAACAATCTTGCAAACAGTGACAGGAAACATGTCAGCGTATATGTGACTTGCAGCCCTTGACCACATGCAGGGAGAATAGCACAGGAAGGGCAAATTTCCTATAGCGACACAAGCATCTCTCACCAGCTGGCATTGTATGCTAAAGGTGCTGAAACTAACTTGTTAGTTAGGTTTTGCAAGTCATAAGACTGAACATTTTTAAAGAATATCTGAAGGTCTCGTGCAAGAAATAAAGATTTAAAATTAATTTATACTAATTCTTATGCACGTTAAATTTGTGTTGAAACAGAAGTACTGATAGATTTTTTTGTTCTGTATTGTGACACATCCAAGCGTAGCAGATTATCAGAAAATTAAAAATGTAGGCCGGTGACATAGTTCTATTCATTGGTTGTTGATTGAATTTTGAGATGTGAGCATTGCATTCAAAAACAGAGGCAGATGAATGGAAGATTGCAGGGGATTTAAGCAGACTAAATTATGATATAAAGTGATATATAATAAAATTTAAAATTATTTTAATATCAAAACCTTACCTCAACAGTCTGCTGTAAAGCCAAAATGGCTTGCTCCTTTTCCTCCAAGAGTAAACGGACAGATGGATCCACATTTGTTCCCAAGGCTGCAGCAGCACTATGTAAGATTTACAACAAGTCCATTATAAATGTATATTTTTTTTTCACAGGCTTACATGAAAGACCTCAGAAAGTTATTTTTAAACAAAATCACAGTTCATCACTCAATACCTGACTTTGTCTGTTATCTTCACGGTGGCTTGATTGGTGGCTGGAGTGGTCTCAAAAACCATCAGATGATTCACTGTAGAAATTTGAGAAAACAGAGAAAAGGACAAGGTGATATTTAAAAAAAAAAAAAAAAACATTTTCATTTAAACATTTTGGTTTTGAAACTAACAAAGGCTTTAG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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU86988 True 6916 lncRNA 0.37 1 12517066 12523981

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000012_12505469_12509093 ERLIN1, ERLIN2 coding upstream 7750 12505469 ~ 12509316 (+)
CI01000012_12489485_12490402 NA coding upstream 26635 12489287 ~ 12490431 (+)
CI01000012_12440074_12465741 SLKA, SLKB, SLK coding upstream 51034 12440074 ~ 12466032 (+)
CI01000012_12381049_12417489 KAT6B coding upstream 98369 12380192 ~ 12418697 (+)
CI01000012_12378120_12378419 NA coding upstream 138404 12378120 ~ 12378662 (+)
CI01000012_12536242_12538668 NA coding downstream 12095 12536076 ~ 12538728 (+)
CI01000012_12585843_12587149 NA coding downstream 61862 12585843 ~ 12587209 (+)
CI01000012_12621489_12646263 NA coding downstream 97357 12621338 ~ 12646399 (+)
CI01000012_12653960_12664480 SLC1A4 coding downstream 129850 12653831 ~ 12665121 (+)
CI01000012_12667656_12672197 NA coding downstream 143675 12667656 ~ 12672247 (+)
G76341 NA non-coding upstream 13536 12503212 ~ 12503530 (+)
G76340 NA non-coding upstream 15736 12501120 ~ 12501330 (+)
G76335 NA non-coding upstream 17409 12496835 ~ 12499657 (+)
G76332 NA non-coding upstream 24217 12492649 ~ 12492849 (+)
G76232 NA non-coding upstream 30818 12479640 ~ 12486248 (+)
G76201 NA non-coding downstream 1507 12525488 ~ 12534730 (+)
G76235 NA non-coding downstream 15662 12539643 ~ 12541080 (+)
G76234 NA non-coding downstream 17608 12541589 ~ 12542061 (+)
G76249 NA non-coding downstream 66726 12590707 ~ 12591506 (+)
G76225 NA non-coding downstream 71053 12595034 ~ 12599097 (+)
G75533 NA other upstream 1371327 11144817 ~ 11145739 (+)
CI01000012_10223957_10235955 NA other upstream 2292779 10223697 ~ 10236276 (+)
G73578 NA other upstream 4149439 8366806 ~ 8367627 (+)
CI01000012_07806089_07811902 BEND3 other upstream 4709211 7805248 ~ 7811902 (+)
CI01000012_05923216_05928055 SRD5A2B other upstream 6592761 5922385 ~ 5929186 (+)
G76385 NA other downstream 106774 12630755 ~ 12675666 (+)
G76374 NA other downstream 221550 12745531 ~ 12749169 (+)
CI01000012_13029637_13033226 RGS17 other downstream 491525 13029435 ~ 13038899 (+)
G76645 NA other downstream 1127878 13651859 ~ 13652234 (+)
G76656 NA other downstream 1179506 13703487 ~ 13739731 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location