G116273


Basic Information

Item Value
gene id G116273
gene name NA
gene type non-coding
species grasscarp (Ctenopharyngodon idella)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id CI01000021
NCBI id null
chromosome length 7014339
location 2558740 ~ 2566648 (+)
genome version v1_2015/06_NatureGenetics_grasscarp_Genome

Sequence

>TU132089
GTTCGGTTTCTCACACAAACCGATCGTTTCGTGTCTTACGACATCAATGTGTTGTCACGAGCCGCAGGGTTTCATTTGGATTTGTCTGTGCTTTTTTTTTTACTCTTATAGATGATACGGTTGGAGTTAAAAATCATCATTTGTGTTCTACTGAAGAAGCAAAGTCACCTACATCTTAGATGCCCTGGGGGTAAGCAGATAAACATCAAAGTTTCATTTTTGGGTGAACTATCCCTTTAACTAAAACTACAACTGTTAAAATGTTTTAGTTGAAATAGAACTAAAATAAATTAAAATATAAATATTAGATGACAGAATTAGAAATATTGCTTTGGCAACTAAGTGAAATAAAATAAGTTGAAGTACTAAAATTACTATAACTGAAATAAAATAAAAAAAAAACATAAAAATGACAAAAGCACAATACAAAATTACTAATACTAAAACTAAAATGAAAACTAAAAGTATAAAAATAAAAGCTAATTAAAAATATGAATAAATACTATATAAATGCTATAATAATGTTTCATTAAGGTTTCATTAATTAACATTAGTTAACTACATTAGTTAACAAACTGACAATGAACAATACTTGTAGAGCATTTATTAATCTTAGTTCATGTTAATTGTGTAACACTTTACTTAAAGCCTTTATATATAATGCATTATAAAAGTATTTTTAATGCATTAATTATGCATTGTAATGCACCTTATGATGCATTGTATGATCTCGTGAATAATTGTAACCACAGTTATATAATACTTATGTTACACCTTATAATGTTAATGCATTATACACAGAAAGTATAATACATTAAAAACACATGACAAACAACCAATTTGAGATGTAGCAAGGAATCTGCAAATATTATAATGCATTTTAATCTTGGTTACAATTATGGAAAGATATAATGCATTATAACATGCATTATGAATACCTTTATAATGCATTATACATAAAGGCTTCATGTAAAGTGTTACAGGTAACATGAACAAACAATGAACAACTATATTTTTACTAACCTTAACAAAAATTCATAAATGCTTTAAAAAACATATTGCTCGTTTCTAGTTTACATTTACATTTAATCATTTAGCAGACGCTTTTATCCAAAGTGACTTACAAATGAGGAGAACAATAGAAGCAATCAAACCAACAATAGGGCAACAATATGTAAGTGCTGTGACAAGTCCCAGTCTAGCACAGTAATAGCTAATGCATTTACTAATGTTAACAAATGTGTCCTTATTGTAAAGTGTTACCATAATAATATATGAATATTACTAAAATAACACTGCTTGATGGTGGGCTTTTTTGACTTCAGTCAGGAAGCACACCAAACACATTAGCATCCGCATATTAATGGCCTGACTGTGAGATTTGCAAGCACCTCACATTTTGTTCAGAAAAAATTAAGAGATTTATTAAATTTGAACTAAAGCGTTTTAGTGTAATATTGTCGTGGTTAAAGAATCAAACTGATTAAGACACTTTTTTATGAGACTTATTCAGACAGAGATGGAAAATCTGTCTCTCAATGTGTTAGTGTGGACAGGTGTGTTTGTTTGAAACCAAAAAAACTAATTTGCATAACCCTAATGAGTCTGTCTGGCTATACTCTCATTACAAAGTCCATTTGATCTCACAGTCTAGCAATACATCTCAGCCATTGCTGAGACCGTTGAGTCGGCGAGGGAAGTGGAAAGGATGTATTGATAAGTGAATAAGGCTGGCCAAAAGAAAGGCTCAATCATTCGTGAATTGAGTTGGCTACATTGACTGCCATTTTAAGAAATTAGTTTAATCAGTAAATGAGCATTTCGTTACTCCAGGCTTTCTGCCATTTCGCCTTGCTGGGACTGACAAGGACTAATCTATGAGCTTTCATTGTACACTCGGTCTAAGAAGCAGACGCCCTCAGATTGCAGCTTATTTACTTCAAACCCTTCATACTTTCAAAATCATAGGCTTATATGTAGATTTTCAGAGTTAGCTATAGTAAATGCTTTGAAATTCATCCCACTGTGGCTATTTTAAGTTCCTTGGCATAAGAATTTACCATCTTCTGTGGTAAAAAGCTGCAATGCTGCACAGTTGTTTAGTTCACATTGCTTATATGATTCCCTTGATGAGCTCATCAAGTTACAAGCAATTCTAATATTTGAAGCTTGGTTTACTTCATTTTGAGAATTAAAAAAAACGAACCAACTTATTAACCTTTAATGTCAGTTGTCAAGAGGATACCCACTGGCTAAATTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAATGAAATGGTGACTTTCTCCATAGACAGTTCATGTTTGTGTCACCATGGCAACAGAACTTTACAAAGAGCACCCTTCTTTGCAGAAAATCTCTTTACCTCAACATTGCTTAGCTTTTTTCTGTCATTTTCCTGTCTTTAGAGATGGGTTCATAAAACAGGCCTCAATCAATGTGTCAGACTGAGAGTCTGTCATTGTGTCACTGTGAATGTTTTAAAGGAGCTTTGTGACAGTGACAGTTGTGGAGGTAGTAAACACATTTTGGTTGCTGTAGCACGATGCGACTACATAGGAATGACGACAATGCGTAAGGAATAACTGGCTCAACAGCCCTGTTGGTATAAGTAAACTGCATCAACCTGCAGCCCAGAGATACACAACTTCAGAAGCCAAAAGGGCCACATTTTTATAATATATTTTTTAATTTGGAAGTAGGTTAGCGAGTACCAACTTATTGCTTTCAAATGCTCCCATTCGTATTTGCATTTGCACTCTGTGGAATGTCAAAGGTTAATAATTACAAGATGTTTTTTTCAGCGTTGAGCAATGTAGCCGATCACAGACATGTCTATTGAGATCATGGCTGCAATATCCAATCAGAGGTGTTTATGTTAAAGGGTTGGTTCACCCAAAAATGTAAATTCTGTCGTTAATTACTCACCCTTGTGTTGTTCCAAACCCATAAGACTTTCGTTTCATCTTCTGAACACAAATTAAGATATTTTTTAATGAAATCTGAGAGCTTTCTGTCCCTCTATTGACATTCTACACAACTACTACATTCAAGGTCCAGAACAGTAGTATAGACATCATTAAAGTACTCTATGTGACTATAGTGGTTTAACCTCAATTTTATGAAGCGATGCGAGCGCTGTGTTTGCACAAAAAAAAACATAATTTACCACTTTATTTAGGAAAATATTGACCTGCAATCCAGTAGGGAGAGCACCACAATGCATACATGTTGTGTTTACTCAAGACCGGACGTTGGTCCGTGAACATGCTTTGAATAATAATTTTGTAAAAAAAAAATTGTTTTCTTTTTTTGCGCAAACAAAGCATTGAGGTTAAAATAAAGGGTTAGTTCACCCAAAAATGAAAATTCTGTCATTAATTATTCACCCTCGTGCCGTTTTACACCCGTAAGACCTTCGTTGATCTTCGGAACACAAATTAAGATATTTTTGTTTAAATCCGATGGCTCCGTGAGGCTTACATAGGGAGCAATGACATTTCCTCTCTCAAGATCCATAAAGGTACTAAAAACATATTTAAATCAGTTCATGTGAGTACAGTGGTTCAATATTAATATTATAAAGTGACGAGAATATTTTTTGGTGCGCCAAAAAAAATCTAAATAATGACTTACTTAGTGATGGCCGATTTCAAAACACTGCTTCAGGAAGATTCGGAGCGTAATGAATCAGCGTGTCTAATCATGATTCGGATCGCGTGTCAAACCGCCAAACTGCTGAAATCGTGTAATTTTTGCGCTCCAAAATGCGGATTCGACACGCTGAATCATTATGCTCCGAAGCTTCCTGAAGCAGTGTTTAGAAATCGGCCATCACTAAATAATTCGTTATTTTGTTTTTTTTTGGCGCACCAAAAATATTCTCGTCACTTTATAATATTAATATTGAACTACTGTACTCACATGAACTGATTTAAATATGTTTTTAGTACCTTTATGGATCTTGAGTGAGGAAATGTCATTGCTCCTTATGGAGGCCTCACGGAGCCAACGGATTTAAACAAAAATATCTCAATTTGCGTTCCGAAGATTAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACAGGAGCGTGAGTAATAAATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATGAGTAATGATGTCTTTACTACCTTTCTGGACCTTGAATGTGGTAGTTGCGTTGCTCCTAATGGAGGGACAGAAATATCTCAGATTTCATCAAAAATAACTTCATTTATATTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAATGACATGAGGGTGAGTAATTAATGACAGAAGTTTCATTTTTGGGTGATATATCCCTTTAAAGTGCCCCTATTATGCTTTTTCGAATATTACCTTTCATGCAATGTGTATTGTAGCTGTATGTGAATGTAAACGACCTGCAAAGTTGTGAAGCCGAAAGTGCACGATAAATAAAGTTATTGTCTCTCAAAAAAAAAAACCCGACTCTGAATAGCCTAAACGAATTGTTAGGAATTCGAATCTCACTTCCGTGACGGCCACACGTCACTGGGTAACATATTTGCCTAATGCCCACCTATTGTCTTCATTGGCTGCCTGCGAACAACGTCTATTTTGACCCGCCCTCAAACGCTGTATCTGATTTTGTGTTGTTTCGTGATGTCAAGAAGATGCTGTTTTCTGCTCTGCAAAATCAAATTCTCTTAGTAAACACTTCCAAAGGATGAGGATGTGAAGAGTCAGTGGTTAAAATTACCACAGCGATACAACAGCAGAATAACATTTTCACGATTGCTTCTCAAATCTCCGTGAGGTCTAAATGGGATTTACTAAATGCTTATCCATTAAAGTTGGGACCGTACCAACTTTATTTGGACCAACTTGCTCCTCAGAATCACAGCCTGTAAGTACGATTAATTATTGATGTATATATTTTCTATCGGGTGTTCAAAATACGTAGTTTTGTGTTTTATATTAGATCTCCGGCT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>TU132090
CCGCCAAACTGCTGAAATCGTGTAATTTTTGCGCTCCAAAATGCGGATTCGACACGCTGAATCATTATGCTCCGAAGCTTCCTGAAGCAGTGTTTAGAAATCGGCCATCACTAAATAATTCGTTATTTTGTTTTTTTTTGGCGCACCAAAAATATTCTCGTCACTTTATAATATTAATATTGAACTACTGTACTCACATGAACTGATTTAAATATGTTTTTAGTACCTTTATGGATCTTGAGTGAGGAAATGTCATTGCTCCTTATGGAGGCCTCACGGAGCCAACGGATTTAAACAAAAATATCTCAATTTGCGTTCCGAAGATTAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAACGACAGGAGCGTGAGTAATAAATGACAGAATTTTCATTTTTGGGTGAACTAACCCTTTAATGAGTAATGATGTCTTTACTACCTTTCTGGACCTTGAATGTGGTAGTTGCGTTGCTCCTAATGGAGGGACAGAAATATCTCAGATTTCATCAAAAATAACTTCATTTATATTCCGAAGATGAACGAAGGTCTTACGGGTGTGGAATGACATGAGGGTGAGTAATTAATGACAGAAGTTTCATTTTTGGGTGATATATCCCTTTAAAGTGCCCCTATTATGCTTTTTCGAATATTACCTTTCATGCAATGTGTATTGTAGCTGTATGTGAATGTAAACGACCTGCAAAGTTGTGAAGCCGAAAGTGCACGATAAATAAAGTTATTGTCTCTCAAAAAAAAAAACCCGACTCTGAATAGCCTAAACGAATTGTTAGGAATTCGAATCTCACTTCCGTGACGGCCACACGTCACTGGGTAACATATTTGCCTAATGCCCACCTATTGTCTTCATTGGCTGCCTGCGAACAACGTCTATTTTGACCCGCCCTCAAACGCTGTATCTGATTTTGTGTTGTTTCGTGATGTCAAGAAGATGCTGTTTTCTGCTCTGCAAAATCAAATTCTCTTAGTAAACACTTCCAAAGGATGAGGATGTGAAGAGTCAGTGGTTAAAATTACCACAGCGATACAACAGCAGAATAACATTTTCACGATTGCTTCTCAAATCTCCGTGAGGTCTAAATGGGATTTACTAAATGCTTATCCATTAAAGTTGGGACCGTACCAACTTTATTTGGACCAACTTGCTCCTCAGAATCACAGCCTGTAAGTACGATTAATTATTGATGTATATATTTTCTATCGGGTGTTCAAAATACGTAGTTTTGTGTTTTATATTAGATCTCCGGCTAACTGGCTAACTCCAGTCCATTAATACAGACTGTCTGTCATTCGTACAACTCTAAATAATGATAAAGGATGGAGCAAGATCAGTCAGTCAGTCATTCACGTTAGTGCTCGGCTAATGTTAGCACTATTACTGATACAGTTAAATGATAGTTCCCACATGTGCACTGCAATAAATTAGAAATATACACATCAGTTTCTTGATGGACATACACTTGTTAATGCTGATGATGAGGAATTACAGTTGCGACATCTCATATTGTACATCAAACTGAGTAGCGTATCACTTTGGGTCGAATAACTAGTTCTCCCAATATTTCATCATTGGACTTGCGGTCGGATTGATATGGTAAAATATCGACGCCATCGTTACTGTCTTTACAGTGTGAACAATTGCTGAGCTCCGGAAGCCTCCGGACCGGAACTGAAGTTCTGTTGTGGTAAAGGGAGTTTCGCTTCCAACCGGTGCTGTAAGTGGCAGACAAATCACAACAGAATGTGCCACTTGACCAATCGGTCACCGTGATTTTGCCAAGTAAGACATGTTCCTGGATCAACATCTTTGTTGATCCTGGAACAACATTCCAATCAACCAATCAGATTTGAGGGACAAGTTTACTGTTTATGTCAAGTTTAGGCTTGCAACCAGGGTTAGGTGCTTCTGATTTTAGGGATAAGTTATGGGTAGGATTAGGTTCAGGGGTAGGAATAGGGTTAAGACTAAATTTTTCAGAAAGGAATGTTGTTCCAGGATCAACAAAATATGTTGATCCAGGAACATGTCTTACTTGGCAAAATCACGGTGACCCTGGCGAATCAGACCCTGGTGATCAAGAAATGCTCAGTCACGCTAAACTGAAGTGATTGACAGCTTCAGTGATTATAAAAGGAGTGTTCTTTGGTCGCTTTCTGTATGTAACCCATTCACGATTGAATAACATTTTTCTTTTCCATGCTAATAGGACCAACAGCCACGAACACACTGCAAAGTGTCAGGAGTGGCAAAAATGGCGCAAAATTAAAATCACACTGCCTAATATTCACGCTTCTTTTGGGCGCAAATTGTAATAAATACATATTCATATTTAGCATGATGCGGGCAGCAAAATAATTTGCTGACAGGTCAGATGCCTGTAATTTGTTATATGGCTAAATTATATGACAAAATTCTCACTTTCAAATTATTTGTATCCTTATCTGTTTGTGAGTCCCATAGAGAGTCTCATTTCATTAGGAATTTATGGCGTGTCATTGAAAGAGAATCTATGTCTAATTCAATATGCAGTTATCTGCATGCCCTTGAACTGCTCAGTGATGCGAGATGGCACGTTCTTAAAGGATGATGTCTGCATCTGTGGATGCTCACTTTTTCCCTGCGGAATTCTCCAATAGGAAATGTCTACAGTCCTCCTTCCGTTAATGTATTTATCTACGGTATGGATAAAGGCAGATGTTGTAACACAACAAAGGCTGTTTGACAGGATTTTTCAGGGATGGTCTTTCCCCAAATTGGTGTGATGTTCCTTTGGCTAGAGATGTTTGTTCACACTTTCACCGAACTGCGTTTTTATCGCAACCAAGCAATAAAAGGCCTCTCTGGTATGAGGTTTTACACTCTCACTGAGAACCCTACATGCTTGGCCGCCTTTCAATTTAACTCCTGTTGCTTCATAGGATGCCTTTCAGAAATTTGGGCAACATCCCCCCCAGTCAATTTGAATGGGTTTTAGCTTTAAACCATGGCCAGAAAAGTCTCATTCTTAGGACAAGGACGTTTCCGTGCTGGACTGCACGCCGCTCCATTGCATCAGCCAAATTTCGGTCAGGACAGATTGATGGATTGGAGGTAAACAGCATTAATATGAATGCTCCAATTAATTTGAGAGGGGCCGTGTATGATGTGCATGCTAACTAGGGGCCCTGAAGAAAACATGCTTTCCTTTCTTTCTTCGTGCTCCTCCTCTCTGTCTGTACGCCGCTCTCAGAGACTGATTGCACCGGTGACGTCATCACTTTCTTCTGTATGCCACCATTTGAAGACTCAAGGGTTTGGGGCTACAAATGTATCTGAGGTTGATATGTTTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTGCACATGAGCGCCTATGTTGTTGTATTTGTTTATTTGAAGGTTGTTCTGCATTATGACATTATGGCACTGCTGTTTGAATGGATTTTTCTGAGATGGTAAGTAGATTTTGCAAAACTGAGCTGTCAGATTCTTAAACTCACTCAGTTGATATAAGACCTGGCTGACGTTTGGTTGTGTTTTCTTTTTTACAGTGGAGCGCTTTCTTGTATTGAACAAGGAGGGTTTTGTGCCTTCTGAAAGGGCAACACAGCTCCCTCAAAAAGAACTCCAGCCATCACCGTTTCAAAATGTAGTGAGCTGCCTCTGTAGGCTACATTTTAAAGCATTATATATGCTCCTGATGCAAAGGCTGTTCCAAAATGTAGTCCCCCTGTAGTCAATCATTTTATCGCTTAAAACTCATCTTTGATCACCAAAATGACATATTTAAATGTTTTTTTTTCCTGTGAAAAATTTCTTCATGCCTTAAAATAGCTTGAATGTAACTCTACACCCTTGGTTCATTTAGTATACGTGGACTTATAAATATGCTTATTAGCCCCGCCTCCACTCACTCGAACAAGCTCAGAGATCCACTCGGTCAACTTACTAAGGTAAACGCTGCAAATCGCTCTTTACAAAGTCGGACACATAACGGTAATTAATATGATTAGCCTTTTGCTTGACTACGTTATCAAACAGCTAATAATGTGTTGCTAATGTTACATGACTCCCTTGCTTCAGAGCGGTCATAGTTAATTATATGCTAAAGACTGTCGGCTCGTTGACATGATTGGT

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU132089 False 7877 lncRNA 0.37 2 2558740 2566648
TU132090 True 4137 lncRNA 0.40 2 2562480 2566648

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
CI01000021_02495559_02501217 FAM217B coding upstream 57013 2495559 ~ 2501727 (+)
CI01000021_02402058_02447882 PHACTR3A coding upstream 110858 2401679 ~ 2447882 (+)
CI01000021_02378299_02383589 NA coding upstream 174980 2378044 ~ 2383760 (+)
CI01000021_02346223_02369457 NA coding upstream 187651 2346005 ~ 2371089 (+)
CI01000021_02331361_02334546 NA coding upstream 224118 2331150 ~ 2334622 (+)
CI01000021_02581650_02610697 NA coding downstream 15002 2581650 ~ 2611607 (+)
CI01000021_02877008_02877864 NA coding downstream 309869 2876517 ~ 2878823 (+)
CI01000021_02930718_02985342 CNTN3A.2 coding downstream 364070 2930718 ~ 2985342 (+)
CI01000021_03044076_03086657 NA coding downstream 477428 3044076 ~ 3086657 (+)
CI01000021_03101146_03115161 RYBPA coding downstream 534305 3100953 ~ 3115468 (+)
G116324 NA non-coding upstream 18412 2540114 ~ 2540328 (+)
G116320 NA non-coding upstream 23176 2535088 ~ 2535564 (+)
G116243 NA non-coding upstream 150346 2405257 ~ 2408394 (+)
G116253 NA non-coding upstream 206960 2351521 ~ 2351780 (+)
G116246 NA non-coding upstream 252101 2306400 ~ 2306639 (+)
G117073 NA non-coding downstream 245835 2812483 ~ 2816693 (+)
G117031 NA non-coding downstream 251813 2818461 ~ 2839917 (+)
G117075 NA non-coding downstream 253941 2820589 ~ 2865155 (+)
G117137 NA non-coding downstream 301163 2867811 ~ 2868128 (+)
G117138 NA non-coding downstream 303307 2869955 ~ 2870327 (+)
G116236 NA other upstream 261545 2289817 ~ 2297195 (+)
CI01000021_01332646_01333910 NA other upstream 1224331 1331665 ~ 1333951 (+)
G115519 NA other upstream 2074776 480530 ~ 483964 (+)
G117237 NA other downstream 671206 3237854 ~ 3243364 (+)
G117202 NA other downstream 702496 3269144 ~ 3328233 (+)
G117484 NA other downstream 1389498 3956146 ~ 3957752 (+)
G117493 NA other downstream 1466352 4033000 ~ 4035676 (+)
CI01000021_04886787_04893309 PLAGL2 other downstream 2276085 4886337 ~ 4893474 (+)

Expression


Co-expression Network