G171979


Basic Information

Item Value
gene id G171979
gene name NA
gene type non-coding
species mexican tetra (Astyanax mexicanus)
category of species ornamental fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035915.1
NCBI id CM008318.1
chromosome length 35429340
location 34471788 ~ 34560383 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome

Sequence

>TU232767
tatatatatatatatatatcgatgTGCGTGTGTAGGGCTGAGATGCCAGGCCGGTGGCGGCTTGTTTTGCAGGGAATCATTCAGGAGGACTGGTGAGCCAAACCCTGTCACCACAGAGACACTGTGGAGCACAGATGTGGTCGCTGTCTCAGGCACTGTGCCTGATCCCCGTCCTCTTTTTTACTTTagtgcccaaaaaaaaaaggagacgCGGCGGTGGCTGGCCAAGCACTTGTGATTTCCACCAGCGTTCGCTCGAGCAGCGTCCGTCGTGCGTGGCGTTAAACATATCGATACTGAATAGTTTCAGAGTGAACATGTGAAcaagtgaataagtgaataagTGAACATGTGAAGATGTGAGAGCTAGCAAGCGCCTCCAGGCCCAGTCTCCAAAGTAAAGTACGAGAGGAATCCGAGttctatttttcttctttacatCTTTACTCTTTTAGTTTAGAGCGCAGGCTCTAGGAACATCTATAGGCCTTGTAGGCCTCCGGTCCCTCGTGCGCCATCTCCTCTCCGAGCTACTACAGCCGGGCTACAGTCTACAGGCTGGTGATCCAGGCGGAAAACAGCCGCCTTAACGTAAAGCAACGTAACGTAACGTAGGATAAATCTGCTCTCAGAGGCAGCGTGTTAAAGTGGCCGGGTACTTTTAAAAGTAGGCGACGTTGACATTGCTGTTGGCTGCATCCTCTTTCCGTTCAGCAAAAAGCATGGGCAAGGTTAGTATTGTGTTCTGTTCTTGCAGTGTGATGCAAAGCGAGAGatggcttattattattatatatgacaAATGTTTTCACTGtatacgataaaaaaaaaaagctttaaaaaaatagatttttaatattGACTAGATACTACAGTTAAATAAGGAGACTTGCTTTCCTAGCTCAGCATGCAGAGTCCAGTACTGCTCATATTGGCCTATGGTGTGCCTGTGATGACCTCTAACCCAGCATGCAAAAACATGTACCCAGTCTGTGCTGGGTTAAAGGTGCCTCATGCCCTCCCCAGAGAAAAcaatttctctttctatctctctctctctctctctgacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagatacaaacacacacagagatacaaacacacagaggtggaaaaagtactgaaaaattgtaattaagtaaaagtacctttactttgctaaaattctacttaaaagtaaaagtatccaTCTAAAAAtatactcgagtaaaagtaaaagtacccatctataaatgtactcgagtaaaagtacccatctaaaactctactcgagtaaaagtaaaagtacccatctaaaattctactcgagtaaaagtaaaaaagtactcaatttaaaatgtactttgagtaaaatttacatagttacttttaattatttgatgtaaaaaagtaaaacataaattaaattgttttaatgaactattattccacataataatttgcaCCTTtgaggcagtatttgttcagacccccCATGAAACATTTTCAAGAGCAAGtgttataggtttctatgattaattttttttctttactgttaaaaagttatggtcatataggtgactatatactgtatttctttagtttaacagacaattgtttttttttccccagcattttattttgtactcagtaattgggagttttctaatgtagcaaagtaaattacttttgTTAacatgtacttgagtaaaagtaaaattacctattttcaAAACTactcaaaaaaatacaaattactcataaaaatctactcaattacagtaacttgagtaaatgtaattcattactttccacctctgcaaacacacacacacacacacacacacacacacacacacatacagatgcaCACAGAGACAAAGATGCACAAACAGTAGCTTATACTTACAATACAATCTAATTCAATtcactaaaacacacaatacaatacaaactaCAGTTCTACACTAATTCTCAGTCCACTCTGAGGTTAATCCTGAATTTTACCAaagttcctctctctctttctctctctctctctctctctctctctatatatatataaatatattctgtATGTCCAAGAATTCAGAACCACCAATTCCAACCAGTTAAGTGCAGTGGGCAGCACTTTAATACAACAAAAGCTCGCTCGTCCACTCCGCCCAGTtcagttttttcagttttgctCACTGTGACTAAAATTCATTCTCATCACTAATCAACAGCACTAATCAACAACCGATGATTGATTTTGCCTTTTTAGTACAGGAACTCCTGGATGGTTGCGACTGCAGTCGTGCAGTCATGATGAGAGTACTGTATATTGTTCTTATAAAACAAagcaaacgaaaaaaaaaaaactttaaaaaaatatataaaaaataaactaacaagGGTACCTATGAATTAATCacctgcatgttttttttttcccttaaggACCAAAGTATGGTATGAGGACAGCATAATGGATATAATGGATGGATCATTAGTCTCTGTTTAGGTCAGCATCATTGAATGGGCATGATAATATAAAGTTCTCTCatactttctctttctatttctatttatcTTACTCTGGATTGGAATCATTgcacttgttttcttttgtttttttggttctgaATCATAATCTAGTCTAATCTCCGCTTTCAATTTGCCAATTGTTATCAaggattattataattattattattatccgaCACTTATCAATCATCCCATCCCATTTGTTATGAAGCCTGTCTTGCTTTTTACCGAATTTCCGTCGTGTTTTTCTGACGAACACGATTTCGAATGTTGTTCTGTAAGCTGAAGCTGGGCTGCTAAATCTACTGCGAATATATATTCGAGGCTTCGTTCGAAGActttctattctattttctgGAGTTTATGGGGATTATGAGCTAGTTTCTTATTAGGACGTGTtaaagcagttaaagcacatTAGTTAGTCTTACATATTTGTCTGTATAAAGCTACTTTAATGCTAGAATGACATGCAGTACAGTACTATTACAGGACAAGGAGCTTAAACCCATTTTGGAATCCAGTTGAGGGCTGGTGTCCcacttttacatatatatatataaaaaaaaaaaaacacttttaatcaTCATTCTCTCCAATGAACTCTACATGCTGGGCTAACTGGCCCTGCGAGAACCAGTTGACTGGTTTATATGAAGgttgaatttatttttgtataagaCTGGTGAGTAAATGTGTACatctttgtttttgtctttctgtcttttagtctgtttgtctgtctgtctgtctgtctttattttatatattattttgttcgTTTTCTCTTGCTGATGTTTCAGAGTCAGTTCTGTTCCATGCAGGTCGTGTGTTGTTGATTTTAATTCTCGATTCTCGATTCTTGATTCCTATTCGTCAACAGGAGCTATCATCGAACAAATAGGTTTCTTTCTGTTGTTTCTGTCGTTTCTATTTATTTcgttttttatatttgaatgtTTCCGTATCATCTTCAGTTGGACCACTGTTTCATCTGTTTCATCTGTTGCATGGGAAGAGGATGGCATTTAAGAACTGCATGTTGTAGGCTATGTGTATCAAGAAATGTTGGTATGTACTGctaattttacatacatatatgcaAAGAGTTTGTCTGCACtgtacagtttgtgttggttgtATACACAGATACAACatattgaataaaatatttatataaaggttgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa
>TU232772
CCAATTCCATCATGTCTGGTGATCACAGCTGATCTGTGAAAGACGGCTCAAACACAGTCATTCATTTTCAGCGCCCTCCTCCCTCCCGTCAATTCTTGTTTCCATCCATGAACGCTGTGTCCTGCGTATTGCATTACTGTGCAATTTACTGCATTGATTAAAGTTTGTTGGCTCCCTCTGTCAATTCATTAACTCCACCACTTCATAAATCCGGGAATCACGACTCTCTCTGTGacacacacacacacacacacacacagatacaaacacacacagagatacaaacacacagaggtggaaaaagtactgaaaaattgtaattaagtaaaagtacctttactttgctaaaattctacttaaaagtaaaagtatccaTCTAAAAAtatactcgagtaaaagtaaaagtacccatctataaatgtactcgagtaaaagtacccatctaaaactctactcgagtaaaagtaaaagtacccatctaaaattctactcgagtaaaagtaaaaaagtactcaatttaaaatgtactttgagtaaaatttacatagttacttttaattatttgatgtaaaaaagtaaaacataaattaaattgttttaatgaactattattccacataataatttgcaCCTTtgaggcagtatttgttcagacccccCATGAAACATTTTCAAGAGCAAGtgttataggtttctatgattaattttttttctttactgttaaaaagttatggtcatataggtgactatatactgtatttctttagtttaacagacaattgtttttttttccccagcattttattttgtactcagtaattgggagttttctaatgtagcaaagtaaattacttttgTTAacatgtacttgagtaaaagtaaaattacctattttcaAAACTactcaaaaaaatacaaattactcataaaaatctactcaattacagtaacttgagtaaatgtaattcattactttccacctctgcaaacacacacacacacacacacatacagatgcaCACAGAGACAAAGATGCACAAACAGTAGCTTATACTTACAATACAATCTAATTCAATtcactaaaacacacaatacaatacaaactaCAGTTCTACACTAATTCTCAGTCCACTCTGAGGTTAATCCTGAATTTTACCAaagttcctctctctctttctctctctctctctctctctctctctatatatatataaatatattctgtATGTCCAAGAATTCAGAACCACCAATTCCAACCAGTTAAGTGCAGTGGGCAGCACTTTAATACAACAAAAGCTCGCTCGTCCACTCCGCCCAGTtcagttttttcagttttgctCACTGTGACTAAAATTCATTCTCATCACTAATCAACAGCACTAATCAACAACCGATGATTGATTTTGCCTTTTTAGTACAGGAACTCCTGGATGGTTGCGACTGCAGTCGTGCAGTCATGATGAGAGTACTGTATATTGTTCTTATAAAACAAagcaaacgaaaaaaaaaaaactttaaaaaaatatataaaaaataaactaacaagGGTACCTATGAATTAATCacctgcatgttttttttttcccttaaggACCAAAGTATGGTATGAGGACAGCATAATGGATATAATGGATGGATCATTAGTCTCTGTTTAGGTCAGCATCATTGAATGGGCATGATAATATAAAGTTCTCTCatactttctctttctatttctatttatcTTACTCTGGATTGGAATCATTgcacttgttttcttttgtttttttggttctgaATCATAATCTAGTCTAATCTCCGCTTTCAATTTGCCAATTGTTATCAaggattattataattattattattatccgaCACTTATCAATCATCCCATCCCATTTGTTATGAAGCCTGTCTTGCTTTTTACCGAATTTCCGTCGTGTTTTTCTGACGAACACGATTTCGAATGTTGTTCTGTAAGCTGAAGCTGGGCTGCTAAATCTACTGCGAATATATATTCGAGGCTTCGTTCGAAGActttctattctattttctgGAGTTTATGGGGATTATGAGCTAGTTTCTTATTAGGACGTGTtaaagcagttaaagcacatTAGTTAGTCTTACATATTTGTCTGTATAAAGCTACTTTAATGCTAGAATGACATGCAGTACAGTACTATTACAGGACAAGGAGCTTAAACCCATTTTGGAATCCAGTTGAGGGCTGGTGTCCcacttttacatatatatatataaaaaaaaaaaaacacttttaatcaTCATTCTCTCCAATGAACTCTACATGCTGGGCTAACTGGCCCTGCGAGAACCAGTTGACTGGTTTATATGAAGgttgaatttatttttgtataagaCTGGTGAGTAAATGTGTACatctttgtttttgtctttctgtcttttagtctgtttgtctgtctgtctgtctgtctttattttatatattattttgttcgTTTTCTCTTGCTGATGTTTCAGAGTCAGTTCTGTTCCATGCAGGTCGTGTGTTGTTGATTTTAATTCTCGATTCTCGATTCTTGATTCCTATTCGTCAACAGGAGCTATCATCGAACAAATAGGTTTCTTTCTGTTGTTTCTGTCGTTTCTATTTATTTcgttttttatatttgaatgtTTCCGTATCATCTTCAGTTGGACCACTGTTTCATCTGTTTCATCTGTTGCATGGGAAGAGGATGGCATTTAAGAACTGCATGTTGTAGGCTATGTGTATCAAGAAATGTTGGTATGTACTGctaattttacatacatatatgcaAAGAGTTTGTCTGCACtgtacagtttgtgttggttgtATACACAGATACAACatattgaataaaatatttatataaaggtGTACTGTAATGTCAGTAAGAAACTTATGCTAAATGCAATACTAAGTGCAGTATATTATTGCACCCCGTCcttttgatggtttctgaggaGCTGAACTGTCATTGGCTGATACCGAACAGCATGGGTTAGCCAACAAAGCAgaacttcatttttattttattattatatatttttttctgtttgtttagtGAAATTCTTTAAATGTGTGAAGGACATCCAAGGACATTTACACATGCACATTTTTTCtcacattaattttttttctctactacAATTATCAACTTACGTAATAATATCACCCATGGATATGGATAAATCATTTTCAAAGTATATTTCCAATGTAtgtcacatatatatatatttttttattgcaaagcATCATACATCTGCAAAAATGCACCACTCCACCTTATTTGAACAGAATTTTTTAAGAGt

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU232767 True 3761 lncRNA 0.37 4 34471788 34550370
TU232772 False 3297 lncRNA 0.33 3 34545371 34560383

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
nalcn nalcn coding downstream 26549 34323173 ~ 34445239 (-)
zic5 zic5 coding downstream 444950 34021969 ~ 34026838 (-)
LOC103047371 LOC103047371 coding downstream 596483 33870988 ~ 33875305 (-)
gpr183 LOC103047691,LOC108426030,LOC107740920,LOC107668870,LOC107569509,LOC107600423,LOC107681323,LOC107748620 coding downstream 630173 33838702 ~ 33841615 (-)
gpr18 gpr18,LOC107748622,LOC107681324,LOC107600424,LOC107570094 coding downstream 648734 33820164 ~ 33823054 (-)
LOC111194948 NA coding upstream 253044 34813427 ~ 34815919 (-)
LOC111194949 NA coding upstream 258713 34819096 ~ 34821789 (-)
ankrd44 ankrd44,LOC107719801,LOC107595853,LOC107659898 coding upstream 279992 34840375 ~ 34878649 (-)
sf3b1 sf3b1,LOC107731751,LOC100380860,LOC107690614 coding upstream 320122 34880505 ~ 34896212 (-)
hspd1 hspd1,LOC107690611,LOC107569661 coding upstream 349778 34910161 ~ 34920697 (-)
G171768 NA non-coding downstream 304142 34167387 ~ 34167646 (-)
G171732 NA non-coding downstream 408293 34063152 ~ 34063495 (-)
G171716 NA non-coding downstream 466916 34002667 ~ 34004872 (-)
LOC111194945 NA non-coding downstream 565752 33901546 ~ 33906036 (-)
G171659 NA non-coding downstream 637702 33833826 ~ 33834086 (-)
G171992 NA non-coding upstream 53325 34613708 ~ 34614549 (-)
G171994 NA non-coding upstream 82334 34642717 ~ 34666830 (-)
G172007 NA non-coding upstream 225256 34785639 ~ 34785893 (-)
G172019 NA non-coding upstream 252883 34813266 ~ 34819641 (-)
G172027 NA non-coding upstream 273340 34833723 ~ 34834376 (-)
tmtc4 tmtc4,LOC107600375,LOC107748611,LOC107681320,LOC107569561 other downstream 197999 34255377 ~ 34273789 (-)
LOC103024438 LOC108426008 other downstream 1153437 33307993 ~ 33318351 (-)
LOC103028031 LOC108426040 other downstream 1235910 33214322 ~ 33235878 (-)
G171553 NA other downstream 1295504 33174053 ~ 33176284 (-)
ndp ndp,LOC107748154,LOC107756747,LOC107695497 other downstream 1695770 32758507 ~ 32776018 (-)
rftn2 rftn2,LOC107595849,LOC107719806,LOC107659885,LOC107690607 other upstream 372629 34933012 ~ 34959753 (-)
G172060 NA other upstream 661332 35221715 ~ 35222225 (-)
dnajb11 dnajb11,LOC107731764,LOC107690604,LOC107659888,LOC107595843,LOC107719809 other upstream 673824 35234207 ~ 35299796 (-)
olig2 olig2,olig3,LOC107731746,LOC107719825,LOC107659900,LOC107690629,LOC107569749 other upstream 809000 35369383 ~ 35371404 (-)

Expression


Co-expression Network