RNA id: TU175255


Basic Information

Item Value
RNA id TU175255
length 5084
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id G129574
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_035911.1
NCBI id CM008314.1
chromosome length 35718434
location 5344780 ~ 5350103 (-)
genome version Astyanax_mexicanus-2.0_2017_mexican_tetra_Genome
species mexican tetra
(Astyanax mexicanus)

Sequence

AGCCTAATCTAAGACCTCGGTTATACCTGGGTTGCTTCATGCATCTTAAGCATCAAAATTATATCTGGATCATATAAAAATGTAAGGGTATCCAGAGGGTATCTAATCCAGACCGACTTAAAAGGTTTCTATTACATATGTGGgctaatgtagtgttaggagtccagcccaaggactcttactgGTGTATCACAGTATAGTCCCAGGGCTTCTCAACTacgaattgaaccccagtctcccacaagATGTGGAGGCTTACAagcaggcggtggtgttatccactgcgccacaccaaccacactcaaaaatatttaaaacagatacaaaatcAGTAGCAGCTTGcataaaggagaactctggtgtgaaatggacttgtagtgaaacatgataacaaggaCTGTATCCTAAGATTTTAGATATATGCATTTAAAACGTGGTAATTTTAGAGAAAAGTGGCATTGCAGTATTTCATTCAAAAAGTCATTCTGTGAGatataatgcaatataaaaaaatattttcgagacatatttttttctgattaaaggagaaataaagcgtaaaattgacttaaattgaaacatgataacgagtacaaacttttgttgaatagctcacctccttTCACCTCCAGCATTatgaaatacagagcttttatctgatgctcccaacagattTACAATGATAGCGATAGGGGCAGAGCATTAACTGTACAAAGAAATCGCTAGTTTGGAAATTTCTATTAATTTAATGTTGCAATCTCTCCCCCCTATTGAACCTATTCCTTTGCGCTCATTAGTCAACTTATGATGATTTTATTACAAGGTGGTGCACCCAGAGACCTaactgaaggtactgtgtgtataaacagtgttttttttaactatctGTGCATTTTCAAGGctctcagtgcctcattttaaatatcagagccctcagaattctatcaatgaagtgtggagctactttgagcttgttaatggtgtaaaaatagatatgcccctatcactagcactgTAAGCATGTTGGGAGGatcagctaaaagctctgtattttggaatgctggggtTGAGTGGAGGTGGGATTTTCAACTAAAGTTCATAtttgttatcatgttttactgtaacCCAAgtccttttttttccattttggaTTTCTCCTTTTAATCAGAAAAAATATGTCTCTTAAATACTTTTGAATTGCAATATATCTCGcagaattaaatattaaatgaaatattGCATTGCTACTTTTCTCCAATATTACCACGTTTTAAATGCATACAGTCCAGAAGCGAatcacatgaagtgaccagaTGTAAATGGGGTTTAATTGACGATGCCACCACCACCACGTTTCACTGTTCCATctgccattattttttttattttgtattattattattttttagctcTACTGTATCTACTGGGTTATTTGAGGGGCACTGAAGCTCTAAAGAGctcagatctctctctctctctctctctctctctctatctttctctctgtttcttttgtttttaatcatttatcctttaatttctctttctttctaaatGACGGGATACAATCTTCCCctgttgctgctgctttctaAGCTACCACTTGCGATTCTACTAAAAGCCATGTTAAAGCCTttaaaaattcttttttttttttaacagttcagaagagaaaaaaaaataccaaaaaaaaacttgctgcCTCTACTTTACCCCTGAGTGCCCTCTTGCAGGCAGTCAGCAGTTATGCAACGACTGTCTGCCGAACTACTTGTGTTTATACACACTGTccctcatgcacacacacacacacgctcacgcTCACAAATGCATCggaaaaaaacacaccctgCAGTGCGCGATgtttgatgaaaaataaaacaccaaCAAGAGACGAGAAGAACAGATTCTGCCTTAATCGACTCACAACAGTGCCTCTCTGATGCCCCGAGAAGCCAGCCAGGTTCATCAGGCAGGCTGCCcaggttttggtttgttttttgccCATGAGATCCGAGACTTTGTTGGCTGAAAAATATCGCCAAAAAATAAAGGAATCTATCAGGAGAAGTTAAGAGCTTTATATTTGTACAGAGAGCCGTGGAGGAATTATTACTGATGCCTTTTTTACTGCTTTAACACTGCAGTGGGAGCGTAAAAGGATAATTACAGTGTGTTCTTGGGGCTGTTTTTGCTTCCACCTAGCCCTGCTAGAGCGTTACTACaccacaatacaatacagagagacttttttttaaaggggaaAACTTGTACCAGCTGATGCTCTTTGTATTGAATTACTTTGTATTGATTGTGCGTGTGGATGTGTTTGATCAGGCAATAATATATCATATCAAATGGTTGGATTTGTACTGTTTGTCTGTTACTTGAATCCTTTATCCTgtcggttttttttttttttttttttttttttttttgcagagtacAGGgctgcaaaagagagaaaggcatCAGTACACAACATAAGGGCCTGTTTAAATGCACTAAAAACGTCATAATGTCATAACGAAAAatctcaaatattttttttacttttcatttttgtcattGTTCTGCAGCTGCTGGGTTTGTCCTgatctcaccacacacacacacacatatatattcatCAGTGATGTGATTTAGTGTAGTGATTCTCTCAGTCTTGGTTCTGGAGGCCCACTGCTCTGCACATCTTTTGGATTTTAAGTTTTACTGCTTTTCCTGCTTTTATTACCCCTTTTTTCAACTATAATCTATCAGCATATGCTAATTTTAAGCTGGATTCTCAACaggtcttttatattttatcttttaaatcTTCAGCCAGCTAAGTTAGAAAGCTACTATCTATTTAAAAGAGActggataattttttttaggttttgtcAGTTTATGAGCTAAACTGATTGTTGGATCAAGTGTGTTGAAAGCATGGAAAAtactacaaacaaaaacatttcagGGCATTGGACCACCAGGACAAGGATTCAGAAACATTTCATGAAGTGCATTTACATGgacttcataatctgattataatcagattactgcagtCATATATCTGATTATTCATGTAGAAATGTGTAAGAGCTGGATTTAAGCTTAGTAAGCTTAGTACTCTTAACTGGAGTGTTTTTGGATTTCTCAGTCTGTGCATGTGCAAGAACAGACCTTGGGTTTAACCcttctattattttaatttttaaacgctatttaattagttaacaaacaaatatagcatGTGAAATAAACTTGGGTACAATTTCTAATTGTTATCTAATAATCTTTTGGAGGGTAAAATTGCTGGGGTACAATCCCTGACCCCCAAGATAAAAGTTGTTAGTCATTTTAAAGGTACATGGcatttatgtaaaatgtaatgctgtaaatttttaattattgatgTACTTAAGTAAACCCTTGAAAagttaatgtaaatgtgttgatCAAATAATTGATAAACTCCAAGgttctgcagtaatcagattttgaAGTGCATGTATACATACTGAATGAGCGCATATGTAcgtgtgtatatacagctctggaaaaaaaaaataataagtgaccacttaaaaactatgagtttctttgattttaccaaattaaaatataattaagaggaagatggatgatcacaagccatcaaaccaagctgaactgctggaatttttgcaccaggagtaaaggcatacagttatccaaaagcagtgtgcaagactggtggaggagaacatgataccaagatACAGGAAAAAtgagattaaaaaacagggttattccaccaaatattgatttctgaactcttaaaactttatgaatatgaacttgttttctttgcattatttgaagtctgaaagctctgcatctttttttgttatttcagccatttctcactttctgcaaataaatgctctaaatgacaatatttttattagaaatttgggagaaatgttgtctgtagtttatagaataaaacaagaatattaattttactcaaacataaacctataaatagcaaaatcagagaaactgaatcagattcagaaactgaagtggtcagagctgtatatatgtttgtgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatcgagGCTTTATGGGCTGTTTTATAGGTCGACACATATCTCACAGCTACTGTCCCGGTGGTGACCTTGTAGCTCTGCGTTCTGCATTGTACTCTTTGCGCTGGTTCTGCACGGGTTCTGCTGTATCCACCTTACAGAACCAGATAAACAAAGGGGAATATATGGAAAAAGGGGGAGATGAGGGAGAAGAATGTTGATCTTTCAATATTagcgttttttattattattattattattattattactggcACTTTTTTCTAGGTTTGTTCTTCATGTTCATGTTGTGCAGCGAGGACTACACAAAACGTCGTAATCTGTCGTGATAAAGGCTTCTTTAaccctttttgtttgtttgtttgtttgtttttgtaatacTGAAATGTAGATCATTTTTAGATGTTctgtaattactttaatttacttttttgtttctctctgtttttgtctctTCTTGATAAACATGTAATCAGATTTATTTTGCAGATGTTTTATCttcatgttaatttttttttttttttttttggaaaagtaGTGAGAATGCCTTAAAAGAGATTTTGTTTTAACGTGTTTTACTGTTTCCCTCTCCCACTGATGCTGGCAGCAAACCTGTAACCAGAAGTGTGTCCTTACTGGATTTCAGCTCCAAAAATTCAGTGTAATATtccattaatttattaagggaTTAGTTAATAAGAGTCCATTTGAATATAATCCCTCTGGTATCACTAGTAAAGGCGAAAGACGATGGTGATCAACACGGTAACGTAGTTGTATGTAGAGAGTTCTGATTGTTGTAAGGGTAAGAACGCACTCCCGGTCGGACTGATTAGTTGTAGACGTCATCCtcttactgtatatatgtgtactatataaatgtatttacttttaCATGCATGTTGAAGTGGAATAATATGAACACTTGCCGTGCTGCAGTTTTGAttaaagaaaaagcaattaaaCAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU175169 lncRNA downstream 115988 5228045 ~ 5228792 (-) True G129503
TU175101 lncRNA downstream 234743 5109631 ~ 5110037 (-) True G129451
TU175087 lncRNA downstream 265925 5065010 ~ 5078855 (-) True G129439
TU175077 lncRNA downstream 359565 4985010 ~ 4985215 (-) True G129432
XR_002650856.1 lncRNA downstream 441375 4744420 ~ 4903405 (-) True LOC111194056
TU175272 lncRNA upstream 77489 5427352 ~ 5461752 (-) True G129581
TU175463 lncRNA upstream 330947 5680810 ~ 5682002 (-) True G129738
TU175475 lncRNA upstream 374297 5724160 ~ 5724624 (-) True G129749
TU175458 lncRNA upstream 394130 5743993 ~ 5746520 (-) False LOC103042879
TU175494 lncRNA upstream 456226 5806089 ~ 5806914 (-) True G129762
XM_022676876.1 mRNA downstream 4287 5243018 ~ 5340493 (-) True LOC103043672
XM_022676738.1 mRNA downstream 120129 5121999 ~ 5224651 (-) True LOC103039653
XM_007257874.3 mRNA downstream 320990 4989760 ~ 5023790 (-) True LOC103038301
XM_022676873.1 mRNA downstream 370809 4909232 ~ 4973971 (-) True LOC103043059
XM_007257871.3 mRNA downstream 458896 4873143 ~ 4885884 (-) True dtx3
XM_022676878.1 mRNA upstream 1743 5351606 ~ 5410774 (-) False atf7
XM_022676877.1 mRNA upstream 1743 5351606 ~ 5387810 (-) True atf7
XM_007243376.3 mRNA upstream 66990 5416853 ~ 5425221 (-) True asb8
XM_015604347.2 mRNA upstream 66990 5416853 ~ 5425216 (-) False asb8
XM_007243377.3 mRNA upstream 66990 5416853 ~ 5425078 (-) False asb8
TU175180 other downstream 16083 5322696 ~ 5328697 (-) True G129514
TU175013 other downstream 751016 4553615 ~ 4593764 (-) True G129376
TU174844 other downstream 1449364 3864883 ~ 3895416 (-) True G129260
TU174772 other downstream 1641805 3668863 ~ 3702975 (-) False LOC103029128
TU174756 other downstream 1755865 3583509 ~ 3588915 (-) False LOC103031137
TU175443 other upstream 249410 5599273 ~ 5601455 (-) True G129723
XR_002650859.1 other upstream 844811 6194674 ~ 6201901 (-) True LOC103044130
TU175898 other upstream 1689067 7038930 ~ 7056722 (-) False LOC111194060
TU175928 other upstream 2045076 7394939 ~ 7395791 (-) True G130093
TU176099 other upstream 2385876 7735739 ~ 7790762 (-) True ctnnbip1

Expression Profile