RNA id: TCONS_00003135


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003135
length 7387
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_000591
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 46719096 ~ 46726957 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGCGCGCGCGGTTTCTATCCAATAAAAGAGCGCGTGATGTGTTCGCAGTTATGCGGTGGAACTGTTTTTCCCAACATCCATACTTTTCATGggattattgcattattatagaAACTATTTATTTTGACTTACCTCACGTTCTTGACCTTTGGGTGACTAGTAAGCAGATGTCGAGGTAAATGGACCAAATGAAGGTACAGTAGGCACATCATGGTCTTCCTATTTGATTTTTAATAGCTATATATTCTGATTTAGCTCTAGATTGTTTAATTTGTCATGGAATATATATCTAGTAATCACTAGGGAACATGTTTGTAGTGTGAATGCACTTCTAATAACTTTGCCGTTTTCGCCATACTATGATTTCGGGACGCAGGTGATGCCATTTAGTGAGGTGATCATATATGATTTCGCGGTATGTCATAAATGAGCTTAAAACAGCAAACAGATGCTAAACAGGAGCGCACTTGCCTGCGTGCCTTTAGTATTTTGAACAACAACAAAACCGTTATTTTCAGGGCTGCCCAATCAGATTTCAGGATAACCCTGCGCGCTGCTCAGCTGTGACACTCCACATGAGGTTTCTGTGGAAATTACCCGGTAGGATCTCGCCTTACCTGCCAAGAATAGCTCATTCAGAACAGAAGGGGAAAAAGTTGTGCAGACCTTTAGGGTGCACTATGAATTTCCGCTTCAGAAAGTGGTCAGTGCGTATTCTAATGTACTGTATTTATGCTCTTGTTCAGTCTAGGGATAGAGTAACCTCAATGACATGAGAAAGAGAGTGACGTAAGAGCATGAAGAAAGTGACGTGGTCTCTGCCCTATTTTCTCTTAATATTTTTTGGTTCGCTTGTGGTATCCGTCATGAATGTCATTCGACAATTTTATTGATTTCACTTGTAcctgctttttattattataacgcGATGTGCAATTGATGTGGAtattttttaaaggattttttatactatagaaataataaatatattttaattaatataaaggCAAAACATTTTGCTGTGCTAGAGgcaccaattattattattattattttcaaaagttattggcgttaaataaagaaaaaagaaaacaatcgaTTACATAACCATAAGTGACCAATCAAAACGACAGAAGGAATATAAaccattatatatatttattcatgctGACCTAAAACAATAAGATTTACAATGCATGGCTACCCACCAATAACTGGCCCACGTCGTGTAGCAACTGTCATTCAGCATCTAAAGAGTATTAATACGTGCAGTAAGCGTCGTTAATACACACAATTATAATTAACAGGATTCTGTGGTGCTCTTTTAGAGTTTAAGTAATGTCACTTACATGCATAAAAATAACATACAGTAGGGTTTGTCTTTAAATCTTGCACGTTATATGTAATATTACCAGCTGAAGCGTTTGGTCAAGATTTCCATGAATGCTGGGTGCCACAGATGAACTTACATTAACGCTAGTTGATTGGCAGCTGGAGATCTAAGTTAGTTATTTTATAGTTTAACCGCGTTTACTGTAATGCTGGATTTTGAGCAGGATCGCTCACCTTCTGTCAGAAATGTGAGATTCAAGACCTGCGCTTCGTCGTTTAAGATAATCAGGGggtttatttgaataaatgtttcagtttttaaattatgatATTGCATTTAAGTCATTTAAATCTTGTTTGTACTGAACAacctataattattttattttgacatatgATTTAAAAACCAGTACAATAAATAAGATGGCCTTAACTGGCGAGCGTGCGTGACCGTACATCGAATAAACGGTATTCTCATCTCCACATATGaacaaaatgaaatgaagttgaatCTTAGCTAAAGATTTGTTTAGGGTTGGCACATTTCTTTGATTTTTGCCCTTTCGTGTACCTAACAAGGTTCGTGTTTAAAGCTGAAGTGGCCCTAAAAGTTTTagataaattagcatttttacagtacattttccATCTTTCACTTGCTTATTTGACACATTTCTGTATAATTAATCCAGACGAAGGCAAACTTTTCTTAATCTTGGCCTGGTGGTGGACACGAATTTGAAGAATGGTTTCCTCAGTATCGCCTGAGGAGAAAAACGAGCATTTCAACGGAGGGAGTGTAAATATACTTATTATTAACGGCCCTTACCAAGGGAAAGAAACGCGAAATATCAAAACAAACACCTAAAAGTACCAAAAGGGGCCTGTCTACCGATTAATTCTGTCTGCACCCCTCCCCTAAATAATAGCTTAAAAGAAACGGGGGGATCTAAATAAAACTTGAAGCCATTTGAAGTTTCCCAGAAGATGGCGATGCTGCGTtatacaaaatgtgaaaataaagacGGAGAGTACATTACTGATGTGATGATGCCACAACACTGTAATACGACACATTTTATCACTCTTCATCGGTGTGCCTCGACCAAAAAGTTAGCAGGTAGAGCTCCGTAACGTCTAGAAATGGTAAACATTTCTTCTGAGAAATTATGAATTTGATATACAGCCCATAATTCAGTACATTAAATAGTCTGTCAAaaaatgatggtgattttaatatttttatctttattttttatttcattttcaagtacATTTCATCAACGAGCTCAAAGCACTTATGCAGAAGCATCTGACCCATCTAAAAATCGAATTACAAACAATTATACAGCGCATTGGATGTAATATCAGATTTCATGTCATCTGTTCTCCCAGAATAAAAGCATCTAAAAACACAGTCATTAGGCCAGCATGTCATTAGAAAGTCGTTGGTCTTCAAGTGACGAGATGAGGGATCCCGAGGCCCCCGCAGACGGTAAACGGCCCGCCTAACTCCAGCAGCACGGTCAATACTGGAGGATTCGCAAGTGCTTTGACTCCAATATTTACGTGCTGCTACAGCCAGGCAGCCAGTCTGTCACACGGCCAAGTTCAGGAGACTCGCAGGCACACGTAGTCTTGCTGCTGCCGCTGTTGTTTTAGTCTACTTCATCTTTCTTCTCGGTGTTTCACCCGTTTGAATGGGAAGTGCGCGTCTGTCCTGTCGTTGTTGCCGCAGCACAGTACGGCCTGCACCCCCGTTATAACTCACAAACCATTCTGTGCTGCTACAGTACCGACAGGCCCCGCACagagcgcgcgcacacacgcactcacGCGAGGCGCGCGCCCACacatccgcacacacacacacacacgcacggtTCTCGTTTCGCAACCTGAAAACACAGGATCAACACAAAGGGAGAAAGAAGTGTCAATACGGATGCATCTTGTAATTTAATAACCAAAATGACATCGAAAAAAGGATCCAAGCTTGCTCAGAACATCTGaaactaacattaaaaataggaATAAAATACTAAGAGGCAATTTTAATTGAAATGTGTGACTTCTCCTGGCTTGTGGGCTGTTATGGCTCATGTTTGGTTGTGCTATGCAAATGCAACATGACATAGATTACTAAGATAAGGATGTATGGAAAAACATACAAAGtgtaacatattttatttatttttttaggtttcAAGTGAACATCTTTAGTTCGCTCTAAATGGAAACCTGGAAAATTGGCAGACGTCTGTCCAATTTCAAGGTCATGCATTGTTTTTCATGCTTAAAAGTTTGTTGTGAAATGTGAGGATGCCTTTGACAGAGATGACAGTTCAAATATCACATAACTAcagaaaagcaaactgaaattaaatttttcaattaagttaatcagatttagtaaaaaagttttaaattaggGCTTGGTGATAtaacaaaaatgcaatctcgataattattttccatattgaatgataacgaTATACATTTTGATATAAGATGTTAATGCCTCCAGATTCAAAAGACAATCCCAACGATGACTGAAACCACAAAAAtaagagggtccattaaatggcataccATATTTTCAGCCAATACATTTTTAGTGGccaaaatataattatatcttGAATGTATTAAATTTGATACATCTCAAAAATTCAATACATCTCTAATCTCTACATCTCGGTGGCCAAAATTTGATTTCAACACACTTTTTAGATTCCCACTGTTGCACATTTctactgtgtgattggctctcAGATCAATATAGACTAAAAAAAAGTTCGGAGCTTATAATTTTTATTGACATCAATTTGATTgccattaaatataatataacttatcagcccagccctagttaaaatataaatatggttCCTTGACGGACAGTAGACAatgcattgaactccattgtggtataaatgggattgtttgtttttactgtaagaaGTTCattgttaaatgtaaatatatatatatagttgtatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacgaagccagaattactagccccctttgtattttttccttctttttaaaatatttcccagatgatgtttaacagagtaaggacattttcagttttttgtctgataatattttttcttctggagaaagtcttatttgttttatttcatctagaataaagcagttttaaattttcaaaattattagcccctttaagctatattttttctctgtagtctacagaactaaccatcgctatacaataacttgcctaattaccctaacctgcctagttaactaaattaaactagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaaatatctagtaaaatattatttactgtcatcatgacaaagacaatataaatcagttattagaaatgagttattaaaactattatgtttagaaatgtgctgaaacaatctgctctccgttaaacagaaattgtggaaaaagtaaacaagcagtctaataatttaggggggctaataattctgacttcaactttatgtatGATTATACAACagattaaaaaatattcatattttaggAAATTACCTCAGCAACTTTATTTTAATACCTTTGGCCCACCACCC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Function

GO:

id name namespace
GO:0140058 neuron projection arborization biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00002870 lncRNA upstream 412021 46307015 ~ 46307550 (+) True XLOC_000585
TCONS_00003131 lncRNA upstream 447245 46263451 ~ 46272326 (+) True XLOC_000584
TCONS_00001012 lncRNA upstream 467747 46249979 ~ 46251824 (+) True XLOC_000583
TCONS_00002869 lncRNA upstream 470980 46247618 ~ 46248591 (+) True XLOC_000582
TCONS_00002868 lncRNA upstream 500410 46217503 ~ 46219161 (+) True XLOC_000581
TCONS_00003139 lncRNA downstream 8771 46735728 ~ 46736116 (+) True XLOC_000592
TCONS_00001023 lncRNA downstream 100934 46827891 ~ 46845676 (+) True XLOC_000593
TCONS_00003140 lncRNA downstream 232945 46959902 ~ 46964228 (+) False XLOC_000595
TCONS_00003141 lncRNA downstream 233276 46960233 ~ 46964228 (+) True XLOC_000595
TCONS_00003142 lncRNA downstream 362544 47089501 ~ 47101796 (+) False XLOC_000596
TCONS_00001022 mRNA upstream 65043 46652615 ~ 46654528 (+) True XLOC_000590
TCONS_00001021 mRNA upstream 102288 46598764 ~ 46617283 (+) True XLOC_000589
TCONS_00001020 mRNA upstream 107522 46598502 ~ 46612049 (+) False XLOC_000589
TCONS_00001017 mRNA upstream 125672 46509176 ~ 46593899 (+) False XLOC_000588
TCONS_00001024 mRNA downstream 221053 46948010 ~ 46957351 (+) True XLOC_000594
TCONS_00001026 mRNA downstream 364511 47091468 ~ 47105214 (+) False XLOC_000596
TCONS_00001028 mRNA downstream 438885 47165842 ~ 47173177 (+) False XLOC_000598
TCONS_00001029 mRNA downstream 439031 47165988 ~ 47173403 (+) True XLOC_000598
TCONS_00001030 mRNA downstream 451572 47178529 ~ 47187878 (+) False XLOC_000599
TCONS_00001019 other upstream 132969 46582467 ~ 46586602 (+) True XLOC_000588
TCONS_00001013 other upstream 317935 46400612 ~ 46401636 (+) True XLOC_000586
TCONS_00000997 other upstream 951041 45768416 ~ 45768530 (+) True XLOC_000573
TCONS_00000982 other upstream 1548919 45170046 ~ 45170652 (+) True XLOC_000563
TCONS_00000975 other upstream 1709955 45007403 ~ 45009616 (+) True XLOC_000559
TCONS_00001025 other downstream 362544 47089501 ~ 47095865 (+) False XLOC_000596
TCONS_00001027 other downstream 368868 47095825 ~ 47101796 (+) True XLOC_000596
TCONS_00001046 other downstream 1170312 47897269 ~ 47897385 (+) True XLOC_000608
TCONS_00001047 other downstream 1187138 47914095 ~ 47914209 (+) True XLOC_000609
TCONS_00001054 other downstream 2737784 49464741 ~ 49472325 (+) True XLOC_000620

Expression Profile

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