RNA id: TCONS_00003143


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00003143
length 2647
lncRNA type antisense_over
GC content 0.32
exon number 2
gene id XLOC_000597
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 47153190 ~ 47155997 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TAACATTAAACTTTTTAACGATGTGTTAAAATCACCAAAGCTAGCAGCTTACGAAGCATCTAGCTTTCTGTTATGTCTATGCAGTGGACGGCGAGATGAAGCAGCTACTTGCTCCTTTGCTTCAGTTGATCCTGCCTAGTCAGCTGACTCCTGGCTGCCTATAAATTCTTCCTTTGTCACTTCCTGTTTAGCTGTTTGAGCTCACTTGTGGTTGGTAGCAGTGTGTTGATGATCATAGAAAGAAACTGTGTTTGTTATAGCGATTTATTGAATTGGAGTTTGTGTATGTATCTGAGGAAAATCTGTGACAGTGCGTTAGTTCTTGTTTTGTTGTCCTTAAAAATCTGACCTCTGCCTGTTAACAGACTAATCTGCTGTTTTGCTTTCGTTGGATTTTTTTTCGCTGATTGGaaatatttttacttattaaatGGGGAATTTGACTCCTTTTTCTTTTGTACTTTCTTTTCTGATTGATTGTTTTGTGGACAAGGGAGTTTGGTAATAAagtgtattttcttttatttcctttAGTTGAAAATAGGGAATTTAGAGGGCATTTGAATTTAGtttggtttgtttattattttctattattttgacattattataatgttttaatttaattttaaatatgtgatttttgattattatgTCAAGGATTGCTCTTTAAAATatgctggttttattataaactttgttttattattatgtacatttcACATACATAAATCCAAGTTTGCCAAATGCAAACCTCTCTTCGTGGTGCTAGAAATAGAGATTCAAATATATGTAAAAGTGATTTCTAAATCtaaaaatagtcataaaaacaGTTAATATAAGCTAGTCAACATTAATTTAGATAGATCTATAATTACAATTTCTactatttaaaacttatttttagatatctgcaaatattttttaatagaagAATATGACTAGTCACAATAGGGTTGTAGATATCTCTAATGTATaatatgactagtcaaaattgcAATATAGATATCTTCAATGCATATTATGTCTAGTCAAAATTGTAATATAGTAATCTGGAGTTGGATTCATGACTAGTTTAGCAAGGGGTTTTTattgctaaaacggcttgccatactaACGTGTCCTGTCTGATAACTGACCAGTAGCTGACGAATATGCCCAAACATGGCTTTTGGACCAATAACCAATACTAAAACAGATAGCGCAGCATCACTAGTGACTAGGAGAAAGCTTGAGGGTCGTTTTGTTGTTGACACGGATAAGAGGATAGCGGATGCAATGTTAGATTTACACGATTAAATAAACGTTATTAACTGGTTCTGTGGCAGATAGTTGTGCCTCAGGGAGCGCGAAGCTATCAGGTAGCATACTATGAACACACAGCAGCgattttcatttgatttttacTTGATTTTGTACAGGGAAGAGGTTTGGGAATAAATCTCTGACGATCAGGAGTCGCTATTTTTGACATGACAAAAGTTAGGGTTTGGCCCTATCAGAATCGCACAGTTGAATAAGATAAACTCTTTGAGagtttaaaataatttgtcaTATGGAGAcattaaaaaaatggaaaaaaaaaactttattttattacaggACTCAAAGGGTGAATATTCCCGTTTAACCACATTAATAGTATTGCCTACACAAGCTCTTGAACTGAAATGAGACTGTTAACTAAAAGTCATCACTGCAACACAGCAGATAACCCATGTCCTGCTTTAAATaggcataaataaaataataaagccaGATACTGTATCAAAGGTTATTACGGTTGGAATATAGAACTGACGACAGGTGTAGGCATGTGATTTTATCAGGTTCTAGCATGTAAACAAGTTACCATGAGTCACAAAAAATGTTTAAGTGAAATAAGAGTTTAAGTACTTGCagtaatatacatatacatgaatGTTAATTAAGTCCTACCTAAAACAGCTTTAACTCTCCCTTAGAAACTCTTGAGTGCTAtgctacatttaaaaatgaaaactgaagtTAAACACAACAGTGAATGAATGCagtcaacaataaaaataataatcacactAACCATTTTCCACCCTTTTTTAAACcacttttattgttaataaaaaagaaagtgcAAAATTCACGAGATGCTCAGTTTTTAACAAAGCCAGAAATATATATTGacttaaagttggttttatatttacgcattcgttcagtgacaacttttgACATGCTCACTATAAATATTGGActtgaaatcacatgcaagtatgacttcaaaacaacattagcactattccATTGACTGTGAGCTAtcttgtactttgatagtcattggctgctaatatcaTTTCACCATttggaatttgcaaagaatacttttctgaaactatattattaaggagaaactcTGAATGTGCcgacataaaaccaactttacctaaataaaacatattaggaCAAATTAGTGTACAGATTAACAGACTTAAACAGAAACAACAGAAATAATATGTACAGTCATAACAGTGAAAACAGTGATATTTATCAGATATTGTAAAGGCactttaaatgacagcaatacaATCAACCACTAACCACATTTAGGAAATAGCTTAATTAAGGCCCCTAAGGAACAGCATGAAAATATCCATATAACACTGATGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003142 lncRNA upstream 51394 47089501 ~ 47101796 (+) False XLOC_000596
TCONS_00003140 lncRNA upstream 188962 46959902 ~ 46964228 (+) False XLOC_000595
TCONS_00003141 lncRNA upstream 188962 46960233 ~ 46964228 (+) True XLOC_000595
TCONS_00001023 lncRNA upstream 307514 46827891 ~ 46845676 (+) True XLOC_000593
TCONS_00003139 lncRNA upstream 417074 46735728 ~ 46736116 (+) True XLOC_000592
TCONS_00003144 lncRNA downstream 297596 47453593 ~ 47459506 (+) False XLOC_000602
TCONS_00003145 lncRNA downstream 297668 47453665 ~ 47459506 (+) False XLOC_000602
TCONS_00003146 lncRNA downstream 297778 47453775 ~ 47459506 (+) False XLOC_000602
TCONS_00003147 lncRNA downstream 297812 47453809 ~ 47459506 (+) True XLOC_000602
TCONS_00001040 lncRNA downstream 330126 47486123 ~ 47490094 (+) True XLOC_000604
TCONS_00001026 mRNA upstream 47976 47091468 ~ 47105214 (+) False XLOC_000596
TCONS_00001024 mRNA upstream 195839 46948010 ~ 46957351 (+) True XLOC_000594
TCONS_00001022 mRNA upstream 498662 46652615 ~ 46654528 (+) True XLOC_000590
TCONS_00001021 mRNA upstream 535907 46598764 ~ 46617283 (+) True XLOC_000589
TCONS_00001020 mRNA upstream 541141 46598502 ~ 46612049 (+) False XLOC_000589
TCONS_00001028 mRNA downstream 9845 47165842 ~ 47173177 (+) False XLOC_000598
TCONS_00001029 mRNA downstream 9991 47165988 ~ 47173403 (+) True XLOC_000598
TCONS_00001030 mRNA downstream 22532 47178529 ~ 47187878 (+) False XLOC_000599
TCONS_00001031 mRNA downstream 22532 47178529 ~ 47202163 (+) False XLOC_000599
TCONS_00001032 mRNA downstream 22555 47178552 ~ 47184966 (+) True XLOC_000599
TCONS_00001027 other upstream 51394 47095825 ~ 47101796 (+) True XLOC_000596
TCONS_00001025 other upstream 57325 47089501 ~ 47095865 (+) False XLOC_000596
TCONS_00001019 other upstream 566588 46582467 ~ 46586602 (+) True XLOC_000588
TCONS_00001013 other upstream 751554 46400612 ~ 46401636 (+) True XLOC_000586
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TCONS_00001047 other downstream 758098 47914095 ~ 47914209 (+) True XLOC_000609
TCONS_00001054 other downstream 2308744 49464741 ~ 49472325 (+) True XLOC_000620
TCONS_00001057 other downstream 2434704 49590701 ~ 49590823 (+) True XLOC_000623
TCONS_00001068 other downstream 2543906 49699903 ~ 49715822 (+) False XLOC_000626

Expression Profile

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