RNA id: TCONS_00026871


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00026871
length 442
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 1
gene id XLOC_012632
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 10649872 ~ 10650313 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACAGATTGGGTTGCACTACAGATATTGCATTATTCCCAGCTGTGTGATAATATGGACTAATGTTCAAGCGGCTACTGGTTTTTGGAAACATATGGAGAGTGTTATGAGAGCATATGTGCAAATACTGTAAATTGCTTAAAATAcgatgtttcttttgtttttgtttttgtttctgtttttaaaaggTCATTGCTGATGCATTTTCTATTTTATGGTCAAACCATCCACTATGTCGGCCCAAAATAGAGGCGATTTaagaattaaatgtaaaaaattcaactcaattcaattcaattcaattcatggtTATTTCATGCGCTTTTACAatataaattgtgtcaaagcagcttaacttcAAGAGAAACCAGGCCCAGTTGACCATctctcttctggccaaactttCTTTGTGGAGCTGCAATCTAGACACCGGATGCTGGAGATC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027060 lncRNA upstream 13548 10632783 ~ 10636324 (+) True XLOC_012631
TCONS_00027057 lncRNA upstream 459670 10102941 ~ 10190202 (+) False XLOC_012630
TCONS_00027059 lncRNA upstream 459670 10106275 ~ 10190202 (+) False XLOC_012630
TCONS_00025270 lncRNA upstream 462320 10106306 ~ 10187552 (+) True XLOC_012630
TCONS_00025269 lncRNA upstream 492347 10106275 ~ 10157525 (+) False XLOC_012630
TCONS_00026872 lncRNA downstream 63219 10713532 ~ 10717535 (+) False XLOC_012635
TCONS_00027061 lncRNA downstream 66538 10716851 ~ 10742054 (+) False XLOC_012635
TCONS_00026873 lncRNA downstream 614022 11264335 ~ 11269349 (+) True XLOC_012638
TCONS_00027062 lncRNA downstream 1011264 11661577 ~ 11694268 (+) True XLOC_012641
TCONS_00027063 lncRNA downstream 1380095 12030408 ~ 12033392 (+) False XLOC_012645
TCONS_00025266 mRNA upstream 587242 9996813 ~ 10062630 (+) True XLOC_012627
TCONS_00025262 mRNA upstream 701268 9749375 ~ 9948604 (+) False XLOC_012624
TCONS_00025263 mRNA upstream 829573 9810642 ~ 9820299 (+) True XLOC_012624
TCONS_00025259 mRNA upstream 927581 9637744 ~ 9722291 (+) False XLOC_012623
TCONS_00025272 mRNA downstream 39459 10689772 ~ 10690365 (+) True XLOC_012634
TCONS_00025274 mRNA downstream 134417 10784730 ~ 10879626 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025275 mRNA downstream 170117 10820430 ~ 10921383 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025276 mRNA downstream 189758 10840071 ~ 10847449 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025277 mRNA downstream 234683 10884996 ~ 10921940 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025267 other upstream 633246 10016508 ~ 10016626 (+) True XLOC_012628
TCONS_00025264 other upstream 838720 9811020 ~ 9811152 (+) True XLOC_012625
TCONS_00025261 other upstream 934104 9708575 ~ 9715768 (+) True XLOC_012623
TCONS_00025256 other upstream 1041830 9607916 ~ 9608042 (+) True XLOC_012622
TCONS_00025251 other upstream 1425344 9224413 ~ 9224528 (+) True XLOC_012619
TCONS_00025271 other downstream 20348 10670661 ~ 10670738 (+) True XLOC_012633
TCONS_00025273 other downstream 91736 10742049 ~ 10742163 (+) True XLOC_012635
TCONS_00025282 other downstream 806900 11457213 ~ 11457330 (+) True XLOC_012639
TCONS_00025284 other downstream 1180592 11830905 ~ 11831020 (+) True XLOC_012642
TCONS_00025309 other downstream 3298497 13948810 ~ 13948924 (+) True XLOC_012664