RNA id: TCONS_00025282


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00025282
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.47
exon number 1
gene id XLOC_012639
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 11457213 ~ 11457330 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTTGGCCTCAGACatttcaccctgcagcccaaaactggttactcactgaagctaagcagggctgagcctgcaGTACCTGTATAGAAGACTacatggaaaaactaggttgctgctgaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000115540

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00026873 lncRNA upstream 187864 11264335 ~ 11269349 (+) True XLOC_012638
TCONS_00027061 lncRNA upstream 715159 10716851 ~ 10742054 (+) False XLOC_012635
TCONS_00026872 lncRNA upstream 739678 10713532 ~ 10717535 (+) False XLOC_012635
TCONS_00026871 lncRNA upstream 806900 10649872 ~ 10650313 (+) True XLOC_012632
TCONS_00027060 lncRNA upstream 820889 10632783 ~ 10636324 (+) True XLOC_012631
TCONS_00027062 lncRNA downstream 204247 11661577 ~ 11694268 (+) True XLOC_012641
TCONS_00027063 lncRNA downstream 573078 12030408 ~ 12033392 (+) False XLOC_012645
TCONS_00027064 lncRNA downstream 573333 12030663 ~ 12033392 (+) False XLOC_012645
TCONS_00026874 lncRNA downstream 575122 12032452 ~ 12033482 (+) True XLOC_012645
TCONS_00027065 lncRNA downstream 903149 12360479 ~ 12362826 (+) True XLOC_012648
TCONS_00025280 mRNA upstream 497784 10929661 ~ 10959429 (+) False XLOC_012637
TCONS_00025281 mRNA upstream 497784 10929689 ~ 10959429 (+) True XLOC_012637
TCONS_00025279 mRNA upstream 525635 10926197 ~ 10931578 (+) False XLOC_012637
TCONS_00025277 mRNA upstream 535273 10884996 ~ 10921940 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025278 mRNA upstream 535767 10907999 ~ 10921446 (+) True XLOC_012636
TCONS_00025283 mRNA downstream 49231 11506561 ~ 11549906 (+) True XLOC_012640
TCONS_00025285 mRNA downstream 401067 11858397 ~ 11909472 (+) True XLOC_012643
TCONS_00025286 mRNA downstream 513657 11970987 ~ 11973259 (+) True XLOC_012644
TCONS_00025287 mRNA downstream 601073 12058403 ~ 12113544 (+) False XLOC_012646
TCONS_00025288 mRNA downstream 601073 12058403 ~ 12116211 (+) False XLOC_012646
TCONS_00025273 other upstream 715050 10742049 ~ 10742163 (+) True XLOC_012635
TCONS_00025271 other upstream 786475 10670661 ~ 10670738 (+) True XLOC_012633
TCONS_00025267 other upstream 1440587 10016508 ~ 10016626 (+) True XLOC_012628
TCONS_00025264 other upstream 1646061 9811020 ~ 9811152 (+) True XLOC_012625
TCONS_00025261 other upstream 1741445 9708575 ~ 9715768 (+) True XLOC_012623
TCONS_00025284 other downstream 373575 11830905 ~ 11831020 (+) True XLOC_012642
TCONS_00025309 other downstream 2491480 13948810 ~ 13948924 (+) True XLOC_012664
TCONS_00025324 other downstream 3185541 14642871 ~ 14649295 (+) False XLOC_012672
TCONS_00025333 other downstream 3531749 14989079 ~ 14996705 (+) True XLOC_012675
TCONS_00025343 other downstream 4255099 15712429 ~ 15712545 (+) True XLOC_012689