RNA id: TCONS_00025273


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00025273
length 115
RNA type rRNA
GC content 0.52
exon number 1
gene id XLOC_012635
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 10713532 ~ 10742163 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gctggcagctagctctctgcaactctcacatggttacacactgaaactaagcagggctgtgcttggtcagtacctggatgggagatgacatgggaaagcttggttgctgctggaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000190627

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00026872 lncRNA upstream 24514 10713532 ~ 10717535 (+) False XLOC_012635
TCONS_00026871 lncRNA upstream 91736 10649872 ~ 10650313 (+) True XLOC_012632
TCONS_00027060 lncRNA upstream 105725 10632783 ~ 10636324 (+) True XLOC_012631
TCONS_00027059 lncRNA upstream 551847 10106275 ~ 10190202 (+) False XLOC_012630
TCONS_00026873 lncRNA downstream 522172 11264335 ~ 11269349 (+) True XLOC_012638
TCONS_00027062 lncRNA downstream 919414 11661577 ~ 11694268 (+) True XLOC_012641
TCONS_00027063 lncRNA downstream 1288245 12030408 ~ 12033392 (+) False XLOC_012645
TCONS_00027064 lncRNA downstream 1288500 12030663 ~ 12033392 (+) False XLOC_012645
TCONS_00026874 lncRNA downstream 1290289 12032452 ~ 12033482 (+) True XLOC_012645
TCONS_00025272 mRNA upstream 51684 10689772 ~ 10690365 (+) True XLOC_012634
TCONS_00025266 mRNA upstream 679419 9996813 ~ 10062630 (+) True XLOC_012627
TCONS_00025262 mRNA upstream 793445 9749375 ~ 9948604 (+) False XLOC_012624
TCONS_00025263 mRNA upstream 921750 9810642 ~ 9820299 (+) True XLOC_012624
TCONS_00025259 mRNA upstream 1019758 9637744 ~ 9722291 (+) False XLOC_012623
TCONS_00025274 mRNA downstream 42567 10784730 ~ 10879626 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025275 mRNA downstream 78267 10820430 ~ 10921383 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025276 mRNA downstream 97908 10840071 ~ 10847449 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025277 mRNA downstream 142833 10884996 ~ 10921940 (+) False XLOC_012636
TCONS_00025278 mRNA downstream 165836 10907999 ~ 10921446 (+) True XLOC_012636
TCONS_00025271 other upstream 71311 10670661 ~ 10670738 (+) True XLOC_012633
TCONS_00025267 other upstream 725423 10016508 ~ 10016626 (+) True XLOC_012628
TCONS_00025264 other upstream 930897 9811020 ~ 9811152 (+) True XLOC_012625
TCONS_00025261 other upstream 1026281 9708575 ~ 9715768 (+) True XLOC_012623
TCONS_00025256 other upstream 1134007 9607916 ~ 9608042 (+) True XLOC_012622
TCONS_00025282 other downstream 715050 11457213 ~ 11457330 (+) True XLOC_012639
TCONS_00025284 other downstream 1088742 11830905 ~ 11831020 (+) True XLOC_012642
TCONS_00025309 other downstream 3206647 13948810 ~ 13948924 (+) True XLOC_012664
TCONS_00025324 other downstream 3900708 14642871 ~ 14649295 (+) False XLOC_012672
TCONS_00025333 other downstream 4246916 14989079 ~ 14996705 (+) True XLOC_012675