RNA id: TCONS_00026911


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00026911
length 466
lncRNA type inter_gene
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_012869
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007129.7
NCBI id CM002902.2
chromosome length 51023478
location 31872021 ~ 31872676 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGAGAGGTTGTCCATGTGCACAACAGAGAGTTCCAGTTCAGCCTCAAGGACCTCAACACCGACACCTATACAACCAGCTTAATCAGCTTAAAATTAACCTCATCGTGTGCCATTTGGCAAGAGGAAGAAAGGACAGCAGGATGTTGATGCAGCTCTGGCACAGTTACAAGCATCTGATGAAAGGCATCAGGAATGGCTGGAGAGGGTGGAGGACCAGCGGTTTGAAATGATGCTGGAGGATGATCGTGAGGCAAGACGGCATGAGGCTGAAATAATCCGTCAACACATGGAGCAGACGTCGAGCTACAATCAGGCCTTCCTCAGCACACTCGGCCAGCTGGTGCAGGTGCTAAGTAGTAGCTGTAACCCAGCCTAATCATCCAAAAACTGGACTTTTGAGCACTGACTTGAAACTGtcgacactttttttttaatgattgattGCACCACTCTCTTAGTTTTGCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00026910 lncRNA upstream 350330 31519578 ~ 31521691 (+) True XLOC_012866
TCONS_00027121 lncRNA upstream 542871 31280850 ~ 31329150 (+) False XLOC_012865
TCONS_00027122 lncRNA upstream 560855 31281011 ~ 31311166 (+) False XLOC_012865
TCONS_00026909 lncRNA upstream 665548 31188957 ~ 31206473 (+) True XLOC_012864
TCONS_00026908 lncRNA upstream 719414 31151805 ~ 31152607 (+) False XLOC_012864
TCONS_00025680 lncRNA downstream 126532 31999208 ~ 32002709 (+) False XLOC_012870
TCONS_00025681 lncRNA downstream 126658 31999334 ~ 32002084 (+) False XLOC_012870
TCONS_00025682 lncRNA downstream 126677 31999353 ~ 32002709 (+) False XLOC_012870
TCONS_00025683 lncRNA downstream 127315 31999991 ~ 32002211 (+) False XLOC_012870
TCONS_00025684 lncRNA downstream 127459 32000135 ~ 32002709 (+) False XLOC_012870
TCONS_00025678 mRNA upstream 34261 31610744 ~ 31837760 (+) True XLOC_012867
TCONS_00025674 mRNA upstream 412534 31280984 ~ 31459487 (+) False XLOC_012865
TCONS_00025676 mRNA upstream 412534 31281016 ~ 31459487 (+) False XLOC_012865
TCONS_00025677 mRNA upstream 460965 31410652 ~ 31411056 (+) True XLOC_012865
TCONS_00025675 mRNA upstream 555712 31281016 ~ 31316309 (+) False XLOC_012865
TCONS_00025688 mRNA downstream 571960 32444636 ~ 32449308 (+) True XLOC_012876
TCONS_00025690 mRNA downstream 690878 32563554 ~ 32567412 (+) True XLOC_012879
TCONS_00025691 mRNA downstream 742399 32615075 ~ 32621477 (+) True XLOC_012880
TCONS_00025692 mRNA downstream 907774 32780450 ~ 32784279 (+) True XLOC_012881
TCONS_00025693 mRNA downstream 928927 32801603 ~ 32804805 (+) True XLOC_012882
TCONS_00025679 other upstream 25465 31845504 ~ 31846556 (+) True XLOC_012868
TCONS_00025666 other upstream 865963 30998626 ~ 31006058 (+) False XLOC_012861
TCONS_00025649 other upstream 1740190 30129799 ~ 30131831 (+) True XLOC_012854
TCONS_00025648 other upstream 1741469 30129799 ~ 30130552 (+) False XLOC_012854
TCONS_00025637 other upstream 2696813 29175093 ~ 29175208 (+) True XLOC_012849
TCONS_00025687 other downstream 212263 32084939 ~ 32088944 (+) True XLOC_012873
TCONS_00025732 other downstream 1570588 33443264 ~ 33444257 (+) True XLOC_012909
TCONS_00025746 other downstream 1750241 33622917 ~ 33626850 (+) False XLOC_012918
TCONS_00025772 other downstream 3200300 35072976 ~ 35074623 (+) False XLOC_012936
TCONS_00025779 other downstream 3301196 35173872 ~ 35176134 (+) True XLOC_012939

Expression Profile

//