RNA id: TCONS_00029699


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029699
length 266
lncRNA type intronic
GC content 0.24
exon number 1
gene id XLOC_013976
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 17846668 ~ 17846933 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ttaaataaatatggctgtcaagccaggatcttgatggtttattgtgggtatgttgtttacatgaagaaatctgtgttacaagttaaacaaaaattctattaaacaattatattttgaattttaattctaacaaacaattatattttgaatttaaatagtttttgtcttgcgtttacattaattttacatttgaatagccaaaattacaaatttcagtattttaaatgcgattaatcgcgaataatttttttaaaaaggtgcgatta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027901 lncRNA upstream 442568 17401992 ~ 17404100 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027902 lncRNA upstream 442568 17403238 ~ 17404100 (+) True XLOC_013974
TCONS_00027896 lncRNA upstream 459778 17385587 ~ 17386890 (+) False XLOC_013973
TCONS_00029884 lncRNA upstream 492000 17353640 ~ 17354668 (+) True XLOC_013970
TCONS_00027890 lncRNA upstream 937181 16907709 ~ 16909487 (+) True XLOC_013968
TCONS_00029885 lncRNA downstream 315909 18162842 ~ 18173519 (+) True XLOC_013977
TCONS_00029700 lncRNA downstream 446435 18293368 ~ 18297911 (+) False XLOC_013978
TCONS_00029702 lncRNA downstream 446927 18293860 ~ 18297911 (+) False XLOC_013978
TCONS_00029701 lncRNA downstream 446927 18293860 ~ 18297911 (+) False XLOC_013978
TCONS_00029703 lncRNA downstream 446929 18293862 ~ 18297911 (+) False XLOC_013978
TCONS_00027904 mRNA upstream 202552 17642356 ~ 17644116 (+) True XLOC_013975
TCONS_00027903 mRNA upstream 202782 17640090 ~ 17643886 (+) False XLOC_013975
TCONS_00027900 mRNA upstream 439553 17400283 ~ 17407115 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027898 mRNA upstream 451081 17386393 ~ 17395587 (+) True XLOC_013973
TCONS_00027894 mRNA upstream 453284 17385561 ~ 17393384 (+) False XLOC_013973
TCONS_00027907 mRNA downstream 646849 18493782 ~ 18597568 (+) True XLOC_013980
TCONS_00027908 mRNA downstream 780167 18627100 ~ 18648945 (+) False XLOC_013981
TCONS_00027910 mRNA downstream 892152 18739085 ~ 18751905 (+) True XLOC_013982
TCONS_00027911 mRNA downstream 911081 18758014 ~ 18766405 (+) False XLOC_013983
TCONS_00027912 mRNA downstream 950690 18797623 ~ 18808021 (+) False XLOC_013984
TCONS_00027899 other upstream 442773 17400263 ~ 17403895 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027893 other upstream 472982 17373632 ~ 17373686 (+) True XLOC_013972
TCONS_00027881 other upstream 1762567 16064463 ~ 16084101 (+) False XLOC_013964
TCONS_00027883 other upstream 1777565 16068970 ~ 16069103 (+) True XLOC_013965
TCONS_00027879 other upstream 1784707 16061826 ~ 16061961 (+) True XLOC_013963
TCONS_00027924 other downstream 1417826 19264759 ~ 19264881 (+) True XLOC_013994
TCONS_00027938 other downstream 1900686 19747619 ~ 19747694 (+) True XLOC_014003
TCONS_00027941 other downstream 1908017 19754950 ~ 19768673 (+) False XLOC_014002
TCONS_00027942 other downstream 1909244 19756177 ~ 19760904 (+) False XLOC_014002
TCONS_00027953 other downstream 1935480 19782413 ~ 19783624 (+) True XLOC_014004

Expression Profile

//