RNA id: TCONS_00027910


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00027910
length 5518
RNA type mRNA
GC content 0.33
exon number 3
gene id XLOC_013982
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 18739085 ~ 18751905 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGGGATGCCGCAATCAGGTTGTTTATAAGAGGTGTTGCTGAGCAATTTatgttttttacaaataaaataatcacatatatttaaagctttaaattcTTCTCACGTGTACTTAGCGTATATATGATGCTAATTTCGAGTTCAAAAACTAATATCGAATTAATATTATTTGGAAATATGCGTAATTGCCACCGCGCCCTGGAGTCTCTTGTAACCTCTGTTGGTGTTTCATTGCCTTCCGTCTTCGGAAGACTGCCGGGCGTTCCCTGGGAGTATAAATCTAGCGGATCTAACAGGAGTCTGACAGCAGTGTAACGGTCTTCTACTTGAACTTAGCTCATTTACAGCAGAAACCATGAACAAAATCATTTTCGGCTCCTTTGTGCTCGCTCTTTATCTCGCAGTTGGTCATGGTCTGCAGTGTTATGAGTGTAAATTGGGTTTTTGGGATGTTTGCTTTACAACCAAAAAGACATGTGATGCTGGCCAACTGTGCTTCAGTGGATTAGGGAAAGCAGGTGGTCTTGTGGATGTAAAGACGAAAGGATGTCTAGAACTCTCCAAATGCAACAAAACAGAATCGACGACTTTCCCAGCCAACTCAAGCACTCAGATATATCAGATGACCAAGACATGTTGTGCTACTGACCTGTGTAACTCGGGTCACATTCACATCTCTGCTGTCAACATGGCTTTCACTTGCATCACTACTGTGCTCATGGCCAAATTCCTTATTTGAGGAGGATCATTTCAACTTCCATATATACAGAGGAAATCATGCATAATAATATAACCACTTCCCTGTTGCTTTAATACGGCTTTAAAGAAGGCAATATAAGACATTTATACAATGAATATTTTAGATGGGTCACACACTGGAACTTGAATAGCAGTCAATCCTAAATTAATGTTTTCAATTGTAAAAATATGGCAAAACATACAATCAATTTACCAATATAGGCAGGTTTTCATATAATAATCAGCATCGAGTAACATTCTGAATATGGACATAAAATccttgttaaattaattttttatcacTGGTGAAATGttgttgtctatttttttttttttaatccgaaTAAAAACCATACTTTAACAATAGTTCATGGTCTTCTATTCTGGACCAAGTTATTAATGCATGCATTGTGTTTAGGAAATCGTTTAGTTTAAGTATTGGGGATTTCATGCATGGTATTTTAGGTGTATAGcttttttttcaactttaaataattttttatcctTCACTGGCATAAATCTGTGTAAACTACATCAAGAGGAATGAAGGCTTATGTTTACAACTGTCTGCAAAGCAATGATAAGGTCTTTGCCCTGTTTTAACAAATTATCTGTTTAAGTTGCCATTATAATGTGTGCTGCCATTTCAATATGAGAGCAATAAACtggttttaaaataaacaaaatatttagcatttgTAATTTATGTGAGTGCTGTTTCTTAGCTTCgttgtagtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatagttgaagtcagaattattttccccaatttctgtttaacagagagcagattttttcaacacatttctgaacataatagttttaataactcatctctagtaactgatttattttatctttgccatgatgacagtaaataatatttcactagatatttttcaagacacttctatacagcttaaagtgatatttaaaggcttaggttaattaggttaactaggcaggttagggtaattaggtaagtcattgtataacgagggtttgttctgtagactatcgataaacaaattaacttaaaggggctaataattttgtccttaaaatataaaaattataattattataaaaaattaaaaactgcttttatttaagctgaaataaaacaaataagactttctccagaagaaaaacatattatcagacatactgtgaaaatttcctgaatctgttaaacatcatttagaaaatattttaaaagaaagaaaattcaaagggggggctaataattctgacttcaattgtctatatatatatagtgtttgtAAATTGACCAACAGGGATTCTTCTAATACTTCTAATAATTTTTTGACTCATCAAAGATtcagcttatttttttttataaaccttAAACTTTATGCTGTTAGCTTGATTAATCCAACATATTCTATAACTTAAATTTCTGCCTATGATTTCTcagatattatttaaataaaatttaatgtaCACATTTATCAAGAGTGAAGTTTGAGAGAGCAGAAATAAGTGTGGGGTGAGTATTCAATGAGATGTTTTCCTACATttggtaaataataaataagcttatctaattattatgctttaaaaTTAATTCCTTTATTAAGGCAAAACCATGCAATACTTTCCAgtttgtttttgtaatgtttttcccatgttacatttttaaaaactgtgcAAATAAGCTTTTGTGTACTGCATATTTGCTTCAGACTGATTACTCAACAATTAGGTATTTGTTACATCAATATCATGAGTCACTGACTCCACTTGCCCCAGCATGACATATGTTACATTGTTAGTTTTGATAAACTGTTCCACGCAGTGGTTTAGATAAGTGCGACAATATTGTATTACATACActgacaaaaatttaaataaaactaattgaaaaaaactaaatacattgtTAACAATATACACTTGCTAACTTTGGTACCATGATGAATTTAGCCGGCATTCTGGTTTTTGTTCAAACTCGCTCATATGTTGAAGATTTATTAGTTAATGTGAGATATATAGGTATTTAATAAGTGGTCTTTAGTTTGTGGTTTATGCATGGCAGATACAGGGTGTGGCACATTTTAGGCACTGGTTTGACCATTCTCCTCTACAAGACAAAAGGAATTTCAGCAACTAAGTGAAACAATAATATGCCAGTTTGTTTGATTCAAAATTTGGAAGATTTTGTTTTAACCAGCTGTCCATTGTTTACTGTCTATTTATGTGCTTACATGGTCTTTCTATTTCTAATGTATCATCCTAAGAAAATATTGTGTGTGCTTTTGAGTGTATATGGTGTCAATAGTTTGGTATCTCCCAACTCCCCAAACCAGAATGCTTTGCTCATTCTTCACATTCAGATGCTTCTTTAAACTTGCGCATATTCATTGCTCTCCTTTCTAACAAAAAACCCCACCCTCTTGTGCCTGACCATATATTTGGACAaattccaaaaaaagaaaaaagccatctAGTCTGCTGCGGTACAAGGACCTGTTCATCTTACAAGAATCATTTGAGGACTGCTCTCTGGTTTACATAATCAACATGATGAACAGAATTCTGCTTGGAGTCATTACTGTGATTGGTTTCTTCACTCTAGGTAAGTCCACAGAGAAATAGGTCATTATGAAAAGTCTTgggtcttttttcttttttttttttaattagacgTGGGCATGGAAAAGCTTTGATCCATCATGATTAATAAACAACTTAAACAAAAATGTAAGGAAAATTACTGTAAGTTTAACAGATAGGTTAACCTTGGTTTTGATTTCAATATAGCTTTtgatctatttaaaaaaacattacctgTTTTAAGAAAAGTAGGacaaaaatgacagtaaaaatcATTAAATTCATTCAAATGAAAGTACAAGACTTGAAGTCTGCATTGCTGAAGCATCAGCAACTGCACTAATTCTTTTGCTTGTGCTAAAAGTTCACAAGGGTCCAGTTGCATTTAGATTTTGGAAAGAACAGCAAAACGAGACATATtgataattatattgttatgattgtTGTAGAAACAAAAcattctttaacattttttttttaattcaattaaaaaaatttattcacAATGTGAACATCTTTCATGAAAAGTATTTCAAATGTCTATACAAGATTACTCAAGAATAGCATAGTGTAAGCTCAGTTTGTCCCACTATTAaactaaatgtgtttttataccAACTCGTTGTTATTTGAAATTGAATTGTTAGATTGCTCataattttatgttttctttctgtttttccaGCTGAAGCACTAACGTGTAATTCATGTAAAGTGGGGATCCTAGGCAAATGCTTGTATAGTTCCCAAGTCGCGTGCGCTTCCTCTGAGATCAATTGCTACACTGCTTCAGCAGGTGAgaaagtatacacacacacacacacacacacacacacacacgcacacacacatacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaatgtttcaaagaacttaatttaatacagttttttttataattggatGAAGGGTTAtgtaaactcaaaacataaaccTCACACAAACCAACACTATCTCACaccaattcataactttttgatttagtagctcaTATGAATGTGTACATTTTgctatgatttgctcatcccctaatgacggttgggtttaggggtggggtttggtggcATACCTGCTTTTAAAAATCTTGCATTTTCATTCTTACTAAATGTGTATgaactagccactaaactgacaaagagtaaaatagttatgtttccttgtgagaccATGAACTGTAgatcaaacaaacatttatagTTAAGgactattttaaatacttttaacacATGCCAATATATTTGCAACAATTCTGAGAAGCACAGGTACAACCAAACCAAGCCAATATTACACAGCCAACATGCAATAAGAAAATCCTGATGTATTGTGTTTCACAGTGTTCAATGTGACTGGATTCCTGAGTCTGTCTTCAAGTGGCTGCACATCTAATTGCAACAACACTGTTGGAACCATCCTGGGCGCGGGATACTCAATCACCAaaacttgctgcatcacagatcTGTGCAATGGAGCAAGTGCTGTTCAACTATCCACGACTGCAGCTTTCAGCACTGCCCTGCTGGCCTCCATCTGGAGCAGTTACATGTTATAGAATCTCATTGTTACGTTACCTAAATCAGTAAAGATGTCTTTTAGGATGAATTTATACCATC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Function

GO:

id name namespace
GO:0007286 spermatid development biological_process

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-101011-2 Predicted to enable transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity. Acts upstream of or within spermatid development. Predicted to be located in membrane. Is expressed in testis. Orthologous to human SPACA4 (sperm acrosome associated 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000188868

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00027909 lncRNA upstream 102295 18627302 ~ 18636790 (+) True XLOC_013981
TCONS_00027906 lncRNA upstream 357401 18368869 ~ 18381684 (+) False XLOC_013979
TCONS_00027905 lncRNA upstream 357401 18368869 ~ 18381684 (+) True XLOC_013979
TCONS_00029701 lncRNA upstream 441174 18293860 ~ 18297911 (+) False XLOC_013978
TCONS_00029705 lncRNA downstream 6305 18758210 ~ 18763451 (+) True XLOC_013983
TCONS_00029706 lncRNA downstream 46060 18797965 ~ 18799840 (+) False XLOC_013984
TCONS_00029707 lncRNA downstream 68772 18820677 ~ 18824454 (+) True XLOC_013985
TCONS_00029886 lncRNA downstream 81104 18833009 ~ 18834609 (+) True XLOC_013986
TCONS_00027915 lncRNA downstream 129983 18881888 ~ 18883535 (+) True XLOC_013987
TCONS_00027908 mRNA upstream 90140 18627100 ~ 18648945 (+) False XLOC_013981
TCONS_00027907 mRNA upstream 141517 18493782 ~ 18597568 (+) True XLOC_013980
TCONS_00027904 mRNA upstream 1094969 17642356 ~ 17644116 (+) True XLOC_013975
TCONS_00027903 mRNA upstream 1095199 17640090 ~ 17643886 (+) False XLOC_013975
TCONS_00027900 mRNA upstream 1331970 17400283 ~ 17407115 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027911 mRNA downstream 6109 18758014 ~ 18766405 (+) False XLOC_013983
TCONS_00027912 mRNA downstream 45718 18797623 ~ 18808021 (+) False XLOC_013984
TCONS_00027913 mRNA downstream 47414 18799319 ~ 18808288 (+) True XLOC_013984
TCONS_00027914 mRNA downstream 60900 18812805 ~ 18826746 (+) False XLOC_013985
TCONS_00027916 mRNA downstream 151628 18903533 ~ 18912552 (+) False XLOC_013988
TCONS_00027899 other upstream 1335190 17400263 ~ 17403895 (+) False XLOC_013974
TCONS_00027893 other upstream 1365399 17373632 ~ 17373686 (+) True XLOC_013972
TCONS_00027881 other upstream 2654984 16064463 ~ 16084101 (+) False XLOC_013964
TCONS_00027883 other upstream 2669982 16068970 ~ 16069103 (+) True XLOC_013965
TCONS_00027879 other upstream 2677124 16061826 ~ 16061961 (+) True XLOC_013963
TCONS_00027924 other downstream 512854 19264759 ~ 19264881 (+) True XLOC_013994
TCONS_00027938 other downstream 995714 19747619 ~ 19747694 (+) True XLOC_014003
TCONS_00027941 other downstream 1003045 19754950 ~ 19768673 (+) False XLOC_014002
TCONS_00027942 other downstream 1004272 19756177 ~ 19760904 (+) False XLOC_014002
TCONS_00027953 other downstream 1030508 19782413 ~ 19783624 (+) True XLOC_014004

Expression Profile

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