RNA id: TCONS_00029770


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00029770
length 301
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 2
gene id XLOC_014666
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 17200675 ~ 17201052 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGTCAAACTCTGAAATTGATTTTCCCAGAATTCTGTGTGTATTGCATTCTCTCAGCTTCTGTCTCTCAAGCTCTTTGTGTGTGCAGACCCTGATgaaagaagaaggaaaaaaagcaAGCAGAGGTCTGTCTTCTGTGTGCAGACAACGGAGATCTGAAAGTCAACTAAAGAAACAACCAGGCTATGTTCAGAATACTAGTTCTTAGTGAATCACTTTTCAGTATACAGTAAAGTACAAATAATGCACATATATCCAACACAATATTTTATGGTACGTAATTATGGTCATTCTTGTCTTTG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00029769 lncRNA downstream 87072 17109593 ~ 17113603 (-) True XLOC_014665
TCONS_00029768 lncRNA downstream 434858 16759374 ~ 16765817 (-) True XLOC_014663
TCONS_00028971 lncRNA downstream 766632 16431966 ~ 16434043 (-) True XLOC_014662
TCONS_00028970 lncRNA downstream 766791 16431966 ~ 16433884 (-) False XLOC_014662
TCONS_00028969 lncRNA downstream 767118 16431966 ~ 16433557 (-) False XLOC_014662
TCONS_00029771 lncRNA upstream 23594 17224646 ~ 17231020 (-) True XLOC_014668
TCONS_00030189 lncRNA upstream 74406 17275458 ~ 17277807 (-) True XLOC_014669
TCONS_00030190 lncRNA upstream 120490 17321542 ~ 17321880 (-) True XLOC_014671
TCONS_00030191 lncRNA upstream 120948 17322000 ~ 17329053 (-) True XLOC_014672
TCONS_00030192 lncRNA upstream 152592 17353644 ~ 17354733 (-) True XLOC_014673
TCONS_00028961 mRNA downstream 1345248 15851226 ~ 15855427 (-) True XLOC_014656
TCONS_00028960 mRNA downstream 1765862 15423057 ~ 15434813 (-) True XLOC_014655
TCONS_00028958 mRNA downstream 1779957 15408363 ~ 15420718 (-) False XLOC_014654
TCONS_00028959 mRNA downstream 1779997 15417372 ~ 15420678 (-) True XLOC_014654
TCONS_00028957 mRNA downstream 1864888 15307902 ~ 15335787 (-) True XLOC_014653
TCONS_00028973 mRNA upstream 4091 17205143 ~ 17210928 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028974 mRNA upstream 6963 17208015 ~ 17210760 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028975 mRNA upstream 7161 17208213 ~ 17208728 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028977 mRNA upstream 87477 17288529 ~ 17304866 (-) False XLOC_014670
TCONS_00028978 mRNA upstream 91462 17292514 ~ 17303500 (-) False XLOC_014670
TCONS_00028972 other downstream 200933 16999627 ~ 16999742 (-) True XLOC_014664
TCONS_00028964 other downstream 1171232 16029308 ~ 16029443 (-) True XLOC_014660
TCONS_00028963 other downstream 1172085 16028456 ~ 16028590 (-) True XLOC_014659
TCONS_00028962 other downstream 1173185 16027419 ~ 16027490 (-) True XLOC_014658
TCONS_00028954 other downstream 2008029 15174843 ~ 15192646 (-) True XLOC_014651
TCONS_00028976 other upstream 7193 17208245 ~ 17210735 (-) True XLOC_014667
TCONS_00028989 other upstream 317009 17518061 ~ 17658173 (-) False XLOC_014675
TCONS_00028991 other upstream 317681 17518733 ~ 17526735 (-) True XLOC_014675
TCONS_00029018 other upstream 1216129 18417181 ~ 18418763 (-) False XLOC_014685
TCONS_00029036 other upstream 1633675 18834727 ~ 18834857 (-) True XLOC_014693

Expression Profile

//