RNA id: TCONS_00028964


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00028964
length 136
RNA type snoRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_014660
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007130.7
NCBI id CM002903.2
chromosome length 48449771
location 16029308 ~ 16029443 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAAGGCCCTGATCGAAGCTGTCCTGTTCATCTATAGCAGGTACTGGTCAAACAGGAGCCAATAGCAACACTTTTACCGACGGTCGCTGTACAGTTTGCTTGTAGCTGTCCCAGCAACATTAAGGAAAAGGACAACT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000118384

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00028947 lncRNA downstream 1839222 14188120 ~ 14190086 (-) True XLOC_014648
TCONS_00030177 lncRNA downstream 1962758 14062042 ~ 14066550 (-) True XLOC_014646
TCONS_00028942 lncRNA downstream 2096122 13928251 ~ 13933186 (-) True XLOC_014643
TCONS_00028940 lncRNA downstream 2106204 13919007 ~ 13923104 (-) True XLOC_014642
TCONS_00029759 lncRNA downstream 2572661 13454968 ~ 13456647 (-) True XLOC_014639
TCONS_00030188 lncRNA upstream 6569 16036012 ~ 16044582 (-) True XLOC_014661
TCONS_00028965 lncRNA upstream 400195 16429638 ~ 16433880 (-) False XLOC_014662
TCONS_00028966 lncRNA upstream 402297 16431740 ~ 16433484 (-) False XLOC_014662
TCONS_00028967 lncRNA upstream 402523 16431966 ~ 16432672 (-) False XLOC_014662
TCONS_00028968 lncRNA upstream 402523 16431966 ~ 16432907 (-) False XLOC_014662
TCONS_00028961 mRNA downstream 173881 15851226 ~ 15855427 (-) True XLOC_014656
TCONS_00028960 mRNA downstream 594495 15423057 ~ 15434813 (-) True XLOC_014655
TCONS_00028958 mRNA downstream 608590 15408363 ~ 15420718 (-) False XLOC_014654
TCONS_00028959 mRNA downstream 608630 15417372 ~ 15420678 (-) True XLOC_014654
TCONS_00028957 mRNA downstream 693521 15307902 ~ 15335787 (-) True XLOC_014653
TCONS_00028973 mRNA upstream 1175700 17205143 ~ 17210928 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028974 mRNA upstream 1178572 17208015 ~ 17210760 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028975 mRNA upstream 1178770 17208213 ~ 17208728 (-) False XLOC_014667
TCONS_00028977 mRNA upstream 1259086 17288529 ~ 17304866 (-) False XLOC_014670
TCONS_00028978 mRNA upstream 1263071 17292514 ~ 17303500 (-) False XLOC_014670
TCONS_00028963 other downstream 718 16028456 ~ 16028590 (-) True XLOC_014659
TCONS_00028962 other downstream 1818 16027419 ~ 16027490 (-) True XLOC_014658
TCONS_00028954 other downstream 836662 15174843 ~ 15192646 (-) True XLOC_014651
TCONS_00028935 other downstream 2254839 13733168 ~ 13774469 (-) True XLOC_014640
TCONS_00028926 other downstream 3396045 12633149 ~ 12633263 (-) True XLOC_014634
TCONS_00028972 other upstream 970184 16999627 ~ 16999742 (-) True XLOC_014664
TCONS_00028976 other upstream 1178802 17208245 ~ 17210735 (-) True XLOC_014667
TCONS_00028989 other upstream 1488618 17518061 ~ 17658173 (-) False XLOC_014675
TCONS_00028991 other upstream 1489290 17518733 ~ 17526735 (-) True XLOC_014675
TCONS_00029018 other upstream 2387738 18417181 ~ 18418763 (-) False XLOC_014685

Expression Profile

//