RNA id: TCONS_00002812


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00002812
length 407
lncRNA type intronic
GC content 0.39
exon number 1
gene id XLOC_000136
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 10617524 ~ 10617930 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

taaccgCTGACCCTTGTAGTTgtttttccaacccaggctcattctgaaaatatatcactatatacatttctgtagagtgacaaatacgtcccaggagactttttttttttgcagtttttgtttttgcgaatccaccagaagctgctgtttacactttttaagatctcaaatttctcttgcgagtgccattcgtgcctgctgttcttgtgtaaatccaccagagggcactgttgactgactgacttaacgattgactgacccaccctcctccttcactaaactcaaccaatagtgtcttcaaaagcacagattgaccttcCCACCAGCTTCCCaaaacccaatcgacagttttCAAAATCAATCTAAAAGAAGAAAagcttttgcctttttttttttttttttacatt

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003034 lncRNA upstream 154642 10462044 ~ 10462882 (+) True XLOC_000135
TCONS_00000233 lncRNA upstream 562221 10054408 ~ 10055303 (+) True XLOC_000126
TCONS_00002811 lncRNA upstream 665651 9946664 ~ 9951873 (+) True XLOC_000121
TCONS_00000220 lncRNA upstream 702894 9886955 ~ 9914630 (+) False XLOC_000120
TCONS_00000214 lncRNA upstream 1332173 9277846 ~ 9285351 (+) True XLOC_000116
TCONS_00003035 lncRNA downstream 27334 10645264 ~ 10668028 (+) True XLOC_000137
TCONS_00003036 lncRNA downstream 27434 10645364 ~ 10680841 (+) True XLOC_000138
TCONS_00000251 lncRNA downstream 44382 10662312 ~ 10663525 (+) True XLOC_000139
TCONS_00002813 lncRNA downstream 162998 10780928 ~ 10787317 (+) True XLOC_000143
TCONS_00002814 lncRNA downstream 1315387 11933317 ~ 11933676 (+) True XLOC_000152
TCONS_00000250 mRNA upstream 120715 10378706 ~ 10496809 (+) True XLOC_000134
TCONS_00000249 mRNA upstream 120725 10378706 ~ 10496799 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000248 mRNA upstream 169000 10378706 ~ 10448524 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000246 mRNA upstream 292499 10318089 ~ 10325025 (+) True XLOC_000132
TCONS_00000244 mRNA upstream 302318 10305611 ~ 10315206 (+) True XLOC_000131
TCONS_00000252 mRNA downstream 65913 10683843 ~ 10696603 (+) False XLOC_000140
TCONS_00000254 mRNA downstream 102364 10720294 ~ 10739221 (+) True XLOC_000141
TCONS_00000255 mRNA downstream 153527 10771457 ~ 10776547 (+) False XLOC_000142
TCONS_00000256 mRNA downstream 153544 10771474 ~ 10776547 (+) True XLOC_000142
TCONS_00000257 mRNA downstream 489758 11107688 ~ 11117930 (+) True XLOC_000144
TCONS_00000247 other upstream 253673 10363720 ~ 10363851 (+) True XLOC_000133
TCONS_00000245 other upstream 294252 10318077 ~ 10323272 (+) False XLOC_000132
TCONS_00000236 other upstream 529999 10082478 ~ 10087525 (+) False XLOC_000127
TCONS_00000231 other upstream 559467 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000253 other downstream 66065 10683995 ~ 10696328 (+) True XLOC_000140
TCONS_00000258 other downstream 762567 11380497 ~ 11380611 (+) True XLOC_000145
TCONS_00000259 other downstream 851606 11469536 ~ 11469650 (+) True XLOC_000146
TCONS_00000263 other downstream 1073818 11691748 ~ 11695168 (+) True XLOC_000148
TCONS_00000271 other downstream 1397186 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154

Expression Profile

//