RNA id: TCONS_00000253


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00000253
length 352
RNA type processed_transcript
GC content 0.50
exon number 3
gene id XLOC_000140
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007112.7
NCBI id CM002885.2
chromosome length 59578282
location 10683843 ~ 10696603 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACCGAGTAAAACAAACATCCACCTCGTGCTTCGACCACCGCAGTGAATGAACATGAATAGCGGCAGACTTTATTCACGACTGCGGTTATGTCGGTTTTATTCCGGCGGCGTGAGAGCGACGTATCACCGAACGCTGGACAGGATCGAATTAATGCTGCCGCCTAAATTAAGACCTGTCTACAATCATCCTGCTGGATTGATCTGGTCAAGGTACTGCCTGGTGATTATCCCCAAGAACTGGGCTCTGTTTGCTGTAAACTTTTTCCTGGGCATGTGTGGAAGCATCCAGCTCTTCAGGATATGGAGgtaCAACCAAGAGCTCAAGCAGAAGGAAGCGGAAGTGCAGCAGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko05415 Diabetic cardiomyopathy
ko03029 Mitochondrial biogenesis
ko02000 Transporters

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000152438

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00003036 lncRNA upstream 3154 10645364 ~ 10680841 (+) True XLOC_000138
TCONS_00003035 lncRNA upstream 15967 10645264 ~ 10668028 (+) True XLOC_000137
TCONS_00000251 lncRNA upstream 20470 10662312 ~ 10663525 (+) True XLOC_000139
TCONS_00002812 lncRNA upstream 66065 10617524 ~ 10617930 (+) True XLOC_000136
TCONS_00003034 lncRNA upstream 221113 10462044 ~ 10462882 (+) True XLOC_000135
TCONS_00002813 lncRNA downstream 84600 10780928 ~ 10787317 (+) True XLOC_000143
TCONS_00002814 lncRNA downstream 1236989 11933317 ~ 11933676 (+) True XLOC_000152
TCONS_00003037 lncRNA downstream 1350164 12046492 ~ 12048509 (+) False XLOC_000155
TCONS_00000280 lncRNA downstream 1475994 12172322 ~ 12181039 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000284 lncRNA downstream 1488169 12184497 ~ 12187708 (+) False XLOC_000159
TCONS_00000250 mRNA upstream 187186 10378706 ~ 10496809 (+) True XLOC_000134
TCONS_00000249 mRNA upstream 187196 10378706 ~ 10496799 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000248 mRNA upstream 235471 10378706 ~ 10448524 (+) False XLOC_000134
TCONS_00000246 mRNA upstream 358970 10318089 ~ 10325025 (+) True XLOC_000132
TCONS_00000244 mRNA upstream 368789 10305611 ~ 10315206 (+) True XLOC_000131
TCONS_00000254 mRNA downstream 23966 10720294 ~ 10739221 (+) True XLOC_000141
TCONS_00000255 mRNA downstream 75129 10771457 ~ 10776547 (+) False XLOC_000142
TCONS_00000256 mRNA downstream 75146 10771474 ~ 10776547 (+) True XLOC_000142
TCONS_00000257 mRNA downstream 411360 11107688 ~ 11117930 (+) True XLOC_000144
TCONS_00000260 mRNA downstream 963533 11659861 ~ 11668782 (+) True XLOC_000147
TCONS_00000247 other upstream 320144 10363720 ~ 10363851 (+) True XLOC_000133
TCONS_00000245 other upstream 360723 10318077 ~ 10323272 (+) False XLOC_000132
TCONS_00000236 other upstream 596470 10082478 ~ 10087525 (+) False XLOC_000127
TCONS_00000231 other upstream 625938 10051784 ~ 10058057 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000232 other upstream 626187 10054019 ~ 10057808 (+) False XLOC_000126
TCONS_00000258 other downstream 684169 11380497 ~ 11380611 (+) True XLOC_000145
TCONS_00000259 other downstream 773208 11469536 ~ 11469650 (+) True XLOC_000146
TCONS_00000263 other downstream 995420 11691748 ~ 11695168 (+) True XLOC_000148
TCONS_00000271 other downstream 1318788 12015116 ~ 12033278 (+) False XLOC_000154
TCONS_00000272 other downstream 1318828 12015156 ~ 12031300 (+) True XLOC_000154

Expression Profile

//