RNA id: TCONS_00033530


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00033530
length 405
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 4
gene id XLOC_015419
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 23414883 ~ 23421047 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACAGGGAAGAACTTATGGGAGCAAGAGATAACGTAAACTCTTACTAAATCGACATTTATTTCTCAATTATGGCCGTGTAACGTAAAGTGTCACTAGTTaacagttttgtatttttgtaagtaattttagaaataaatgtTCTGTAAGTTAGGTTAAAATGCACAAAACTCCCTGAAGCAGTTTGAGTGATACAGGATCAAGCGATTGGCCATCACAAAAGTTTGCTTTATGGCGACTGGCCTCTCTGTTGTCCTGGATGTGATGAAATGCTGGGACTTCCTTTGTCTTTATTGAATGATTTGTGAGCAGTATCCAGCCGTACGGGCAGCACTAAGAGTCAGtttccaCTCTGGAGGAATCTGGAGTCTTTACCTCTGCACTATAGGAACGCTGAAGAAGATGAAA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033526 lncRNA upstream 4035 23406453 ~ 23410848 (+) False XLOC_015418
TCONS_00033524 lncRNA upstream 230079 23156012 ~ 23184804 (+) False XLOC_015414
TCONS_00033525 lncRNA upstream 230079 23156014 ~ 23184804 (+) False XLOC_015414
TCONS_00030853 lncRNA upstream 230079 23156047 ~ 23184804 (+) True XLOC_015414
TCONS_00033523 lncRNA upstream 387905 23025321 ~ 23026978 (+) True XLOC_015410
TCONS_00033531 lncRNA downstream 19030 23440077 ~ 23479246 (+) True XLOC_015418
TCONS_00033532 lncRNA downstream 29725 23450772 ~ 23451401 (+) True XLOC_015420
TCONS_00033262 lncRNA downstream 120680 23541727 ~ 23545091 (+) False XLOC_015422
TCONS_00033533 lncRNA downstream 120680 23541727 ~ 23609276 (+) False XLOC_015422
TCONS_00033534 lncRNA downstream 123226 23544273 ~ 23609276 (+) False XLOC_015422
TCONS_00030857 mRNA upstream 52950 23351454 ~ 23361933 (+) False XLOC_015417
TCONS_00030859 mRNA upstream 53874 23352302 ~ 23361009 (+) True XLOC_015417
TCONS_00030858 mRNA upstream 59178 23351533 ~ 23355705 (+) False XLOC_015417
TCONS_00030854 mRNA upstream 121382 23222939 ~ 23293501 (+) False XLOC_015415
TCONS_00030852 mRNA upstream 282749 23130389 ~ 23132134 (+) True XLOC_015413
TCONS_00030860 mRNA downstream 61751 23482798 ~ 23484348 (+) True XLOC_015421
TCONS_00030861 mRNA downstream 191993 23613040 ~ 23620219 (+) False XLOC_015424
TCONS_00030863 mRNA downstream 256132 23677179 ~ 23713760 (+) False XLOC_015425
TCONS_00030865 mRNA downstream 280566 23701613 ~ 23726605 (+) True XLOC_015425
TCONS_00030866 mRNA downstream 310147 23731194 ~ 23745290 (+) True XLOC_015427
TCONS_00030856 other upstream 140102 23274332 ~ 23274781 (+) True XLOC_015415
TCONS_00030855 other upstream 156986 23257777 ~ 23257897 (+) True XLOC_015416
TCONS_00030841 other upstream 423362 22986282 ~ 22991521 (+) True XLOC_015408
TCONS_00030832 other upstream 748183 22660071 ~ 22666700 (+) True XLOC_015401
TCONS_00030805 other upstream 2039289 21375467 ~ 21375594 (+) True XLOC_015384
TCONS_00030864 other downstream 258826 23679873 ~ 23679989 (+) True XLOC_015426
TCONS_00030870 other downstream 592203 24013250 ~ 24014943 (+) True XLOC_015433
TCONS_00030885 other downstream 927542 24348589 ~ 24351040 (+) True XLOC_015440
TCONS_00030891 other downstream 1063242 24484289 ~ 24497841 (+) True XLOC_015443
TCONS_00030897 other downstream 1119000 24540047 ~ 24540765 (+) False XLOC_015445

Expression Profile

//