RNA id: TCONS_00031679


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00031679
length 4450
RNA type mRNA
GC content 0.33
exon number 6
gene id XLOC_016005
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007113.7
NCBI id CM002886.2
chromosome length 59640629
location 57848844 ~ 57909018 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATCAGATCAGACTCAGAGGAGCTGCTGAACAGACCGATGAGGAGTGTGGATGAAAGCCTCTGTATAAAGTGTTAAAAATGCGCTTTTATGAGGCGAGTGAGCCGTCGAGGAGCTGAAGATGAGGTTTAACGAGAAGGAGCTGGTGTTTCTCAGCCGCCAGCCCACACAGAGAGCGGCCGAGCTCGGCATGAGAGGCCCGAAGAAAGGCGACGTTGTAAAGAAGCGTTTGGTGAAACTTATTGTTAATTTCCTGTTTTACTTCCGGACCGATGAGGACGAGCCCATCGGCGCTCTGCTGCTGGAACAGTGTCGTGTGGAGAGAGAAGATCCTCAGGTTTTCTCTATCGTGTTTTTAGACGAGGCGGAGCGAAAATATCTGTTTGAATGTGATTCTCAGGAACAGTGTGCCGAGTGGATCGACGCCATCATTAAAGCCAGTTATGAATTCATGCGCAAAAACCTGGTCTACTACCGCACAGAAATCCATCGGCTGACGGGCAAGGATCCACTGGAGCAGTATGGGATATCAGACGAAACCCGCTTTCAGGTCAACAGCGCTCTTCCTCctctccctcctcctcctcctcccacATAAACCACACGAACATCAGCATTTATATAGCTGTTTTTCCTTTCAGAGAGTCTTCTATTCATATCCACCACTGTTCACTCTGCAGTCTTTAACGTGGTGAATGTGTTCTGTTATTACTGTAATGAATGTCCGCTGAGTTTGAGCCAATTAAGCGTTATTCCTGATATTAAGATCACTGTTAATGTAAACAAACGTCGGGTTTTACAACTCATTTCAGCACCTTTATTGCCTTTAATAACTGATGTTATAAAGGTTTTATGCATGCACACATTAGGACGCTTCACCTTAAGTGCACTCAACAGGGTTTGTAGCATgcagatttgatttattttatgcactgtgGCCTTACTAgaggttttacagtaaaacagTTTGTGTATTTGCGTTTATTTAATGTCTCTGAAGCTGTGTAGTGTTTTTATTTCATGTCAAAATCaaaggagaaaaaatatttatattctgcAAAATAAGTCTGTATCTGGACTATTAAATATTTGATGGCATAAATAATAGTGTTTGTATAAAGGTATACGCTATTATAAGTTTGGGCTCGGtaagatttttataaaataagcttttttttcactgtgactgcatttatttgatcaaaaacactgtaaaattagtaaatgctttgacaatgaaactttttttttaattaaatgtagaataatttttatttatttctgtgattttaaAGCTAATTTTCCAGCAATATtaatccagtcttcagtgtcacatgattctttagaaatcattataatatgatgGTTTAATAATcagaaaaaacatttataattattatcagtgttaaaaTCTGTTGAgctgtgttgtaaaaaaaaaaataaaatgagtgtaaagaagagaacccagtccaggagactcgaaacaagcagaattcctttattgagacgtgttggttaatctgcagtcatacagcgtctttaagatgtccatgtgtctgcaagagcctactagaggtccgcagtctgcaagttctttcacaagtctcacacaagtctgatttaagacaaagatttcatggctatattgtgttcttaggaggaggggacatggctaaacaaagcatgcaaattaagagttgtggtcggcagggtaaactgctttttcAGGTCTAATCTAACCacgttctggagacagaaaccgcctgaccatttaatcgaaaagagaaaaacaatagacaccccatgctgtgaaactgacaatttgcattactttggcttagcctgtaatcagaaagacaaaaggttaatatccctcctagctggcatgttaatgaaatgatataattaaaaaccaaagaatataacttttcagttatttgtagattattgttcatttggaattagatgatatcaatttatatttccacagctgcttcatatttttgtgtaATCTATGGTTTTTAATAGGGAAGAAATAGATGTTAATTGCGGGATAAATATTAATTCGTACAACAAAACCCtctcaaaattaaaaattaaatagaaaaatattaaacagtaatgtaataatattaaacaacaataaatgaaCGATTCAactttgtttgattaaaaatacagtaattttaaaaatggtattacaattttaaataactttattaaatgtagattttttttttttggtgattttgTGACTGATTTTCCAGCACTAATATTCCAGTCTTTCGTGTcgcttcagaaatcattataatatgatgatttaataatcagaaaaaaacatttatgataattattatcagtgttgaatTCTGTTatgctgcttcatatttttgtgtaATTATGGTTTTTATTCGGGAAGAAATAGATGTTAATTGCAGGATAAATATTATTTCGTACAATAAAAccctcttaaaataaaaaaattaaatagaaaaaatattaaacagtaatgtaataatattaaacaacaataaatgaatgattcaactttatttgattaaaaatgctgtaatttaaaagaagttattaaaattttaattaactttttaaattaaatatagattcatttttgtttatttctgtgatttaaagctAATTTTCCAGCATTAATATTCCAGTCTTTCATGTCAcaggatccttcagaaatcagtaTAATCTGATGATTTAATAATcagtaaaaaacatttataattatcatcatcagtGTTGAAATCTGTTGagctgcttcatatttttgtgtaATCTATTGTTTTTAATAAGCAAAAAATGGAGGTTAATTATGACATAAATATCAAATTTTACAACAAAACCCtctcaaaattaaaaattaaataaagaaatattataaaacaacaatcaaaataaaaaaaataaggattcaactttatttaatttaacatagtatttttaaaaatgttattacaattttaaatatttgttttatttttgtgattttccAGCTTAAATATttcagtctttagtgtcacatgatccttcagagaGCAGtataatatgatttaataatcagaattttttaaataataattatcatcagtgttgtatatatatgtatatattaatactaaaaatatacAGATTTCTGAAATATGTGATACTGAAAAAGCTGCATTACATCACAGCTActcaattttaatatatttatcataataaaagttaaacagtaataggcaacacagtggctcagtggttagcactgtggcctcacagcaagaacgtcgctggtttgagtcccggctgggtcagttggtgtttctgtgtgaagtttgcatgttcccccagtgttggcatgggtttcctctgggtgcacagtccaaacacgtgcgctataggggaactgatgaactaaattggccgtagtgtgtgtttgtgtgtgggtgttttccagtactgggttgcagctggaagggcatccgctgtgtaaaacatatgctggataagttggcggttcattccgctgtggcaatccctgataaatgaagggactaagccaaaggaaaatgagtggatggataaataaactGCAATAATAGTTCacagttttaaatatatttaaactatttttgatcaaataaatgctttGGTGTGCAGAATtgccttttttttattaaaacataaaaaaaatatagtgATCACAAGCTTTTGACTGGAacagagagaaagtgtgtgtgtgtgtttgtatgtttaatTGATATtggtattattaattattattattattattaacataagcAAAAGCATTAGATATTTGAATGCAGAATTAAAACACCATTATTTTTGACTTTTGATTTTGTGGTGACATGACATCTGTGCATTTCATACATTCTGACCTCACCTTGTGAAAATATCAGCTTTAAATAATTCAGTCAAGTGTTTCGTCATAAGAGGACTTCCGTTCAACTGTTACTCAGACTAGTTGTTACAGTCGATGCTCAAACAAAAGGGCATTGAACGGCAGAACATCAGACAGAATGAGATGACAATAACTCGAGCAGCTTTCCTGTAAGCATGGAGACCGATTGATTATGCCTGAAAGTGTCTGCATCTTATAAATGTGAGATTCTTTATAgtttttaaagagacagtacacctGAAAATGAACATAACCGCATTATTATTTAAGTGCTTGTCAacttccattgaacacaaactaAGATATTCAGAAGAAGGCTAAAAATGACACTGTATTCTTCAGCTTTGtgtttaaacaagtaaatgatgacagaatttacatttgtgtgtgtgtgtgtggactgtccctttaagctTACCGTCATGCACTAGAAATTATtccaaatattttagattttataattGATGTATGTTGCTCGTTTCCAATCTTATTTTTGCTAATAAATCTCTTTTAAAAGACTGC

Function

GO:

id name namespace
GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi biological_process
GO:0007032 endosome organization biological_process
GO:0001881 receptor recycling biological_process
GO:0005769 early endosome cellular_component
GO:0005802 trans-Golgi network cellular_component
GO:0055037 recycling endosome cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040426-2480 Predicted to be involved in endosome organization; receptor recycling; and retrograde transport, endosome to Golgi. Predicted to be active in early endosome; recycling endosome; and trans-Golgi network. Orthologous to human PLEKHJ1 (pleckstrin homology domain containing J1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000037279

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00033733 lncRNA upstream 228409 57619231 ~ 57620435 (+) True XLOC_016003
TCONS_00033333 lncRNA upstream 620551 57226376 ~ 57228293 (+) True XLOC_016001
TCONS_00033732 lncRNA upstream 636357 57204631 ~ 57212487 (+) True XLOC_016000
TCONS_00033730 lncRNA upstream 727031 57117646 ~ 57121813 (+) False XLOC_015998
TCONS_00033734 lncRNA downstream 21526 57892779 ~ 57909018 (+) False XLOC_016005
TCONS_00033334 lncRNA downstream 34296 57905549 ~ 57906787 (+) True XLOC_016005
TCONS_00033735 lncRNA downstream 48198 57919451 ~ 57922716 (+) True XLOC_016006
TCONS_00033335 lncRNA downstream 127043 57998296 ~ 57998583 (+) True XLOC_016007
TCONS_00033736 lncRNA downstream 152421 58023674 ~ 58024300 (+) True XLOC_016009
TCONS_00031678 mRNA upstream 29705 57801960 ~ 57819139 (+) True XLOC_016004
TCONS_00031677 mRNA upstream 284956 57504073 ~ 57563888 (+) True XLOC_016002
TCONS_00031676 mRNA upstream 673890 57149002 ~ 57174954 (+) True XLOC_015999
TCONS_00031675 mRNA upstream 872557 56937548 ~ 56976287 (+) False XLOC_015994
TCONS_00031674 mRNA upstream 937839 56891858 ~ 56911005 (+) True XLOC_015993
TCONS_00031682 mRNA downstream 137727 58008980 ~ 58014652 (+) True XLOC_016008
TCONS_00031683 mRNA downstream 349910 58221163 ~ 58242865 (+) True XLOC_016012
TCONS_00031684 mRNA downstream 506142 58377395 ~ 58431350 (+) False XLOC_016013
TCONS_00031685 mRNA downstream 867858 58739111 ~ 58742863 (+) True XLOC_016014
TCONS_00031686 mRNA downstream 969928 58841181 ~ 58848884 (+) True XLOC_016015
TCONS_00031673 other upstream 1000985 56847743 ~ 56847859 (+) True XLOC_015992
TCONS_00031672 other upstream 1010045 56838681 ~ 56838799 (+) True XLOC_015991
TCONS_00031670 other upstream 1341455 56497894 ~ 56507389 (+) True XLOC_015987
TCONS_00031669 other upstream 1355183 56487668 ~ 56493661 (+) True XLOC_015986
TCONS_00031668 other upstream 1371960 56463211 ~ 56476884 (+) True XLOC_015985
TCONS_00031695 other downstream 1300015 59171268 ~ 59171938 (+) True XLOC_016025
TCONS_00031696 other downstream 1450877 59322130 ~ 59324650 (+) False XLOC_016028
TCONS_00031697 other downstream 1450981 59322234 ~ 59324688 (+) False XLOC_016028
TCONS_00031698 other downstream 1450988 59322241 ~ 59324584 (+) False XLOC_016028
TCONS_00031699 other downstream 1451005 59322258 ~ 59324621 (+) False XLOC_016028

Expression Profile

//

Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000077_00324371_00327790.mRNA True 315 mRNA 0.49 5 CI01000077 324371 ~ 327790 (+)