RNA id: TCONS_00045548


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045548
length 9397
RNA type mRNA
GC content 0.43
exon number 7
gene id XLOC_022911
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 21187027 ~ 21203876 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTCACGTCTCCTGCGTTGTGTGCGTTTTCCTAGACCTCATCATCAATAACGCCCATCAGCGCAGAATCGTGATCTGATTTGATACAATTTCCCCCGTCTTCTTTGTGATTGGACGAAGTGGAAATCCCGCCTCACTGTTTTGTGACTGGCAGTTTCATGCTAGGTCAGTAATGGAGTAAATTGTTCAGGATCAACAAAGTTTCATCGGGAATATCGTTTCATTAAACGATGGACAAGCAGTCGTTGTTTATGCAGCACAGAGGAGCATGGATCTTTGAACTCCCGCACTGTTGAACTCGCATGTGTAAATCTGCATGCTTCATGCTGCAAGGCTGTAGAGTGAGCCAGGATGCCGGAGATAGTACAGAATCAAACGAAAAACTTAAAACCGCCACGGCGGAAGAAAAACAAGGAGATTCACAATGCAGTGGAAAGACATCGTAAAGAGAAAATCAATGCTGGTATAAATCGGATTGGAGAGCTTTTGCCTTGCTCTCAGGCATTGAAACAgAGTAAAAATATGATTCTGGCAGAGGCTTTTCGTTACATCACTGAGCTAAAGCGACAAAATGATGAAATGCTGCTTAATGGAGGAGACAAAGTCCAAGCAGAGGAGATAAATCGCTTGCGGAACCAGGTGGAAGAGCTGCGCAAGGAAAGTGCTCATTACATTGAGCTCCTCAAAACTAATGACATAAATTTCCTGGATGATCCCACTATACACTGGAAAGGGAAGCAGCGCTGTGCAAAAGTAGCCAAAGTCACTCCGACTCACATGATATCAAAGGGAATTATCGTCTACTCCAATGGCAACAACAGCTGTCCCACAAGCAAAGTCTCTATTCCTCCTAGTCCAGTTTCCAATCTCGATAAACAACCATCAAATGCTGTAACAGTCCAACCATCATGCGATATTTCATTGGGCACCGGCCAGACTTTTGGTATTACGAATGGAGCACCAGTAAACAACATTGTAGTCACCACTGCATCTTCCCACATACCTGTTGCAACGCTTATTCCTGCTGCATCTAAGCCATGTCTTACAGTTGTGGAACAATATTCTCCTCTGGCACCTACTACTCCAAGGTTAAACCCTCCTATGAATTATATTACTCTTCAAGGATTATGTCCCCAACCTGCTGTCAGCACCCCACTCCTTCCACAACTTCAACCAGATAACCCAACCCCCAGTCTCACTTCAGCTACCTGTCCAGCTGCGCCCCTCAGACTTCAGCATATGCTTAATCTATCTTCACTGCCTCAAGTTGTGATGAGTAACTCTGTGGTACCTGTTGCTGCAACTAACACCACACTCTCACAAAACTGTGAAATTCAATCTGTTAGCACTATATTACCAGCAACTGCCACCCTTCTTGGAACCAGTGCAACTAGTAGCACTAAAACTACATGGACAACACTACAACTTGCTGGAAATACAGTGCAACCCGTTTCTCAAGCACTGGTCCCAGATGGTGCCAACATTTCACATAACCCTCAGCAATTGTCTGTATGTTCGCTGGGGACAAAACCCCATGAGGAGCCTGTATCTATCCATTTGCAGCAACAGAATCCCATGCAACTCCAGGCTCCCGCACCAAATTGCATTGCTGTTCAGCCATCTGGGCCAAAACCTCAGATATATTCGGCTGTTGTGCCGTGCCCTCAGGCAGCAGTAGCACAACAGTCTTCAATTTTATCTGTGCCAGCCATTGTATCACAAGCTTTAGTAGTCCATCAGCCTTCTGTTGAAACGCAGAAAGCACATTTGACCCACCCACAATCATGTGTTCGGGCACAACCTGCATTATTACCAAAACCTCAGCTCAGCTCCACTCTGATGACCGCCTGCAACCCCACCATACAACCTAAAACTCCAATTCAACCTGCTGTGCCATGTCAGCCTCATTCCCAACCTACAGTGCTGCCCCAAACTCCATCTGCCATCGTGCCTCAGCTGCATCTCAGTTTGATGCCTCAAGCTCAGCCAGTCATAAATCCACCAACTCAGCCTGCCCTTGTGCCTAAACCACAAGCTGCCACACTGCCAGTGTTACAGACAATGCAGTTGTTGCAGGTGAATTCTGAAGAAACACCAGTGGCTGTGACTACATCTCCTCCAAGTAACTCACATGTTGTTATTCTGCAACAGGGAAGCTCTTGTCCAACACCACAAGTTATCAGAGAGGATGTCACTAATCAAACACCCTGCCAACACATTGTCATAATTCAGGCACCTACTTTGACACCTGCACCACACCACAGTCATCACACTGCCATTGTGTCAAATGCAACCCCAGCTTTAACCAGTCAAGCATCCACTTCAAACCCTATCTGTACTGCTAGCATGCAGGCAGCTGGAACAAAGCAGTTGGTGCATATTCTTCCACGTCCTTCAACCCAATTGCAAGCACAAGCACCTCATACCATCACTGTGAATGGACAAGTATATGTTCTGCAGCCAGCAAAATCACCAGAAAAAGGAAACTCTCTGTCTAGTCAAAGTGTAGCTCCAGTCCTTAAGCCCACCTGTGAGGAACCGACCTCCAATGTTGCCATGAATTGTTTAGGTGCCCTAACCAGTCTTAGTCAGAGCATTGCAAAGGTATCAAGTCAAAGCAATGTGCAAATATATACCATTCCTCCACCTTCGTACACTACTGTTCAACCTCTTTTAACATGTGGTTCAGAAGTTAGCACTCCTACTGAAACGGTTCTTTCTGCATCTGTTCCTGCATCATCATCAGCTGCTGCTGGTAGAGCAGTTAAAACTCAGCCCCAAAAAAGTTGTGGAACATCTGGAaatcaaaccaaacaaaacataGTGAGGAAAACTAAATTGGTTAAACGAAAGGAACTTAAACCTGGCCGAGGTTTGCGTAGAACTGCTGTCAAAAGTAAAGCActtgttgcaaataatttatgtACCGAGTTATCCACTGTAGTCACCAGTGTAAATTCGGaaaattctttaaataaaaatatggttAGTCATGATGCTAACTTGCTGAGTTCCTCTACCCCCAGCAGTGTTATTTCCACATGCAGTAGTTCTGTAGTCACTAGCGTCAGTTCCTCAAGTGAAACATCAACAGTCAATTCTGTCACCTCTTCATTGAATGTATCCATTGTCAAACCCTCATTGGCTGTTGGAGAAGGTTTAAAGACAAAAGCAAAATCCACAGAAGTTGTCCACTTGCATGACAATGCAAATGTTAGCAGTGTCAATTCAATATGTTCCACTCAGGGTGATGTGGTTGTTTCCACAATTGGTGGTAGTTTGAGTAAAGGAATCTCAAATACAGGTAATACTCCCCAGCTTAATTGTTCAGCAATTAGTTCTACTATCTATGCCCAGAGTAGTTCTGTGGAGACTGTTGGAACTTTATCAGTTGCTTCATCAGAAATTCATGTTAACTCTTCATGCAGTGTGACAAATTTTAGTGAAACTACCAGTCAGAATAAGGTTACAAACATTAATAGTGTTTGCACCAGTAGTGAAAGAAGGTTAACGGAATCAATACCTAGTTTTACAGAGAGTTCCACTTTAGTGACCAATGAAAACTCTGCTCAAGACAATTCAAAAATTAAATCTCTCAGTTCTGATCTTTGCAAACCCCCAGTATCAAGTGATATTTCCTCACCAAGTCAATCAACAAGTATCAGTGCTAATTCGGTGGATATCAGGCCAGTTGTTTCCATCATGCCAAGTAAGACAATTTCACAAACACAGGAGAAGTATAGCAGAAGAGACAATTTAACTGAAACTCCTCAGATTCAGGCATCATTTGATGCAACTTCAACTCCAGATTCAGACACTTCTTTGTCAACTCAACCTGTTCCCCTTTCAGAAACATCAAGGATTTCAGACCCTTTAAAGTCCCTAAAACGACCGTCTTCAATGAATATGCCCATGTCAACCACTAACCAAGGGAACTGCACAGACATCAAGGTGCCTGAATCAAATATGAACACACAACCCTGCAAGGGTGGACAATCTGATGATGCTACAGAAAAGGTTGTGACAGAAATGGCTGCTTATGGTCAAAAAGAAACCGTTCCACCACAACAAGTATGTACTTTGGAAAATGATTCCTTTGAGCCTCCACTGGGAACTAGTAGACAGACCGACTCACCTTTGGCAGGAGGTTCAGGTGGCAGAGGGTTTTCTGTTGCATCGTTGCTTCCAGCAGGCCACAACATCAGCGCTTCTTCAAGTACATTTGGTGCTTTCACCTTCACATCTGAGCAGGCTGAAATTTTAGCAATGGCTGCAAGAGCCATATTTGAACAGGACAGCCCAAGTAAGAGGGCTGCTGGATGCAGTGTTGACATCCCAAGTACTGCTGCCACAGGATGGGACCTTCCAAAAATTCAACCAACTTTGAACAAGGATAATGTGTCTGACCAGCAAGTTAAACTGACTGATCAGGCAGATTTACCCATGTCAAAAAATTCATCTCAGGTCTCTGCTCAAGTTCCTCCAATTGAGCCTTTAGCCAGCAGCACTACTGGCATCAGACTTCCACAGAGCATTGCTTATTCACAGTCTCAGCCTAGTACTGTCACAAGCCTTAACGTTAATAACCTCATCAGACCAAGCTCCAACCAACTTTACCCAGGGTCACCCAACGTTGCACAGCAAGTGTCTACGTCATCATCAGGGGGTGCAGCCATTATGGTGTCTCAGTCTTCCTCACATATTCCCCCTACATGTTCTGGCCCTTCTCAACCTAATGAATATGCACCTTTAAAGAATGTATTGATGCGAACAAATATTGGTGTTGGAATGGTTGAACGTCATCAGAAGGATATGCCAAAAAGGTCTGCCCAGGATGACCTTATTCTTCCAAATAAGCGTTCAAAGTCATGCACAGCAGGGAATGTTGCAAGAGTAGACATAAAGACTACAGATCATGTGCAAATGATGGTTGGACAGATGCCCTCAAGCACTTCTGCAGTTATGCCAAGGAATCACTCTGACGGGGTTGGGGCTCTGTTTT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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000111754

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00045547 lncRNA upstream 7484 21174928 ~ 21179543 (+) True XLOC_022910
TCONS_00045535 lncRNA upstream 268615 20916745 ~ 20918412 (+) False XLOC_022904
TCONS_00045520 lncRNA upstream 1109731 20060772 ~ 20077296 (+) False XLOC_022896
TCONS_00045521 lncRNA upstream 1109731 20062044 ~ 20077296 (+) True XLOC_022896
TCONS_00046968 lncRNA upstream 1132069 20054470 ~ 20054958 (+) True XLOC_022895
TCONS_00046804 lncRNA downstream 103691 21307567 ~ 21308014 (+) True XLOC_022913
TCONS_00045553 lncRNA downstream 297983 21501859 ~ 21502569 (+) True XLOC_022915
TCONS_00045566 lncRNA downstream 526215 21730091 ~ 21730875 (+) True XLOC_022923
TCONS_00046969 lncRNA downstream 679069 21882945 ~ 21883972 (+) True XLOC_022924
TCONS_00046970 lncRNA downstream 864980 22068856 ~ 22071276 (+) True XLOC_022928
TCONS_00045543 mRNA upstream 3136 21174523 ~ 21183891 (+) False XLOC_022910
TCONS_00045545 mRNA upstream 3414 21174852 ~ 21183613 (+) False XLOC_022910
TCONS_00045544 mRNA upstream 4688 21174851 ~ 21182339 (+) False XLOC_022910
TCONS_00045546 mRNA upstream 5075 21174919 ~ 21181952 (+) False XLOC_022910
TCONS_00045542 mRNA upstream 66845 21092156 ~ 21120182 (+) True XLOC_022909
TCONS_00045552 mRNA downstream 142920 21346796 ~ 21361501 (+) True XLOC_022914
TCONS_00045554 mRNA downstream 310407 21514283 ~ 21539344 (+) False XLOC_022916
TCONS_00045556 mRNA downstream 336966 21540842 ~ 21578265 (+) True XLOC_022917
TCONS_00045557 mRNA downstream 417778 21621654 ~ 21625525 (+) False XLOC_022918
TCONS_00045558 mRNA downstream 418497 21622373 ~ 21627293 (+) True XLOC_022918
TCONS_00045533 other upstream 398743 20788168 ~ 20788284 (+) True XLOC_022903
TCONS_00045493 other upstream 2817210 18369702 ~ 18369817 (+) True XLOC_022882
TCONS_00045489 other upstream 3109368 18077543 ~ 18077659 (+) True XLOC_022880
TCONS_00045488 other upstream 3448392 17738519 ~ 17738635 (+) True XLOC_022879
TCONS_00045484 other upstream 3849068 17335518 ~ 17337959 (+) True XLOC_022877
TCONS_00045551 other downstream 68736 21272612 ~ 21272728 (+) True XLOC_022912
TCONS_00045555 other downstream 326128 21530004 ~ 21534432 (+) True XLOC_022916
TCONS_00045559 other downstream 425849 21629725 ~ 21629840 (+) True XLOC_022919
TCONS_00045565 other downstream 516604 21720480 ~ 21748700 (+) False XLOC_022923
TCONS_00045572 other downstream 1252968 22456844 ~ 22456961 (+) True XLOC_022929

Expression Profile

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