RNA id: TCONS_00045488


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00045488
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_022879
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 17738519 ~ 17738635 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aaccacaaccatatcaccctgcagcccatgactggttactcactgaagctaatcAGAGCTGAGCCTGGTCATTACCTGGATTAGAGACCACATGgggaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000186346

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00046961 lncRNA upstream 400560 17334678 ~ 17337959 (+) False XLOC_022877
TCONS_00046960 lncRNA upstream 403907 17332166 ~ 17334612 (+) True XLOC_022876
TCONS_00046959 lncRNA upstream 412874 17322486 ~ 17325645 (+) False XLOC_022875
TCONS_00045480 lncRNA upstream 412874 17322644 ~ 17325645 (+) True XLOC_022875
TCONS_00045479 lncRNA upstream 418670 17318521 ~ 17319849 (+) True XLOC_022874
TCONS_00046962 lncRNA downstream 708054 18446689 ~ 18463437 (+) True XLOC_022883
TCONS_00046963 lncRNA downstream 747034 18485669 ~ 18507866 (+) True XLOC_022884
TCONS_00045498 lncRNA downstream 980637 18719272 ~ 18723957 (+) True XLOC_022885
TCONS_00046964 lncRNA downstream 1066521 18805156 ~ 18806892 (+) True XLOC_022886
TCONS_00046965 lncRNA downstream 1138098 18876733 ~ 18878980 (+) False XLOC_022887
TCONS_00045486 mRNA upstream 374063 17345542 ~ 17364456 (+) False XLOC_022878
TCONS_00045485 mRNA upstream 374065 17345521 ~ 17364454 (+) False XLOC_022878
TCONS_00045487 mRNA upstream 375029 17349177 ~ 17363490 (+) True XLOC_022878
TCONS_00045483 mRNA upstream 397061 17334682 ~ 17341458 (+) False XLOC_022877
TCONS_00045478 mRNA upstream 458615 17270129 ~ 17279904 (+) True XLOC_022872
TCONS_00045490 mRNA downstream 547792 18286427 ~ 18445254 (+) False XLOC_022881
TCONS_00045491 mRNA downstream 560540 18299175 ~ 18376846 (+) False XLOC_022881
TCONS_00045492 mRNA downstream 560871 18299506 ~ 18444131 (+) True XLOC_022881
TCONS_00045494 mRNA downstream 951345 18689980 ~ 18732002 (+) False XLOC_022885
TCONS_00045496 mRNA downstream 951383 18690018 ~ 18719125 (+) False XLOC_022885
TCONS_00045484 other upstream 400560 17335518 ~ 17337959 (+) True XLOC_022877
TCONS_00045482 other upstream 400993 17334678 ~ 17337526 (+) False XLOC_022877
TCONS_00045481 other upstream 412874 17322644 ~ 17325645 (+) False XLOC_022875
TCONS_00045470 other upstream 523522 17209635 ~ 17214997 (+) True XLOC_022869
TCONS_00045468 other upstream 524744 17209357 ~ 17213775 (+) False XLOC_022869
TCONS_00045489 other downstream 338908 18077543 ~ 18077659 (+) True XLOC_022880
TCONS_00045493 other downstream 631067 18369702 ~ 18369817 (+) True XLOC_022882
TCONS_00045533 other downstream 3049533 20788168 ~ 20788284 (+) True XLOC_022903
TCONS_00045551 other downstream 3533977 21272612 ~ 21272728 (+) True XLOC_022912
TCONS_00045555 other downstream 3791369 21530004 ~ 21534432 (+) True XLOC_022916