RNA id: TCONS_00046969


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00046969
length 460
lncRNA type antisense_over
GC content 0.51
exon number 2
gene id XLOC_022924
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007135.7
NCBI id CM002908.2
chromosome length 42172926
location 21882945 ~ 21883972 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

caccggagAGGGCAAACTCTCAGTGTCATCCTTCTGCTCGGCAGGTTGAGATGAATACAGATCCACTCCTCCAATAACGGAGATTGGACGTCTTTTTCTGCTTTCTTTCTGAGTGCACACATGACCGTTCTCAGGTCTGCTGCTCTCTATGTAGCTGCCATTGCTAATGTAGTCCTTTTGGGAAGTATAGTCCATATTCTCCAACTCCCTGTCCTCCTCGAGGATGCAGAACTTTGAGCTGGCCAACTGGCCATAGTCGGACACTGGACGGGGTTTGGAGCGACCTGCTCTCTTCCTGGGCACTACAGAGGTGGGGGAGGCACTGACAAAAGCTGGAGAGTTTGGTGTTGTTGGAGTTCCCAATGGAGATTCTGAGCAGCAGCTGTTTGTGATGGGTGAAGCAGCAGGGGTCGAGGCCTCATCACTTTTAAGAAACGCTCTGGTGATGCGGTTATCTGAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00045566 lncRNA upstream 152070 21730091 ~ 21730875 (+) True XLOC_022923
TCONS_00045553 lncRNA upstream 380376 21501859 ~ 21502569 (+) True XLOC_022915
TCONS_00046804 lncRNA upstream 574931 21307567 ~ 21308014 (+) True XLOC_022913
TCONS_00045547 lncRNA upstream 703402 21174928 ~ 21179543 (+) True XLOC_022910
TCONS_00045535 lncRNA upstream 964533 20916745 ~ 20918412 (+) False XLOC_022904
TCONS_00046970 lncRNA downstream 184884 22068856 ~ 22071276 (+) True XLOC_022928
TCONS_00045573 lncRNA downstream 601738 22485710 ~ 22486773 (+) False XLOC_022930
TCONS_00045574 lncRNA downstream 601738 22485710 ~ 22488167 (+) False XLOC_022930
TCONS_00045576 lncRNA downstream 840352 22724324 ~ 22737860 (+) True XLOC_022931
TCONS_00046971 lncRNA downstream 1346073 23230045 ~ 23230743 (+) True XLOC_022935
TCONS_00045564 mRNA upstream 134245 21720321 ~ 21748700 (+) False XLOC_022923
TCONS_00045563 mRNA upstream 157951 21720304 ~ 21724994 (+) False XLOC_022923
TCONS_00045562 mRNA upstream 196239 21684189 ~ 21686706 (+) True XLOC_022922
TCONS_00045561 mRNA upstream 201521 21676921 ~ 21681424 (+) True XLOC_022921
TCONS_00045560 mRNA upstream 240087 21640635 ~ 21642858 (+) True XLOC_022920
TCONS_00045567 mRNA downstream 89957 21973929 ~ 21978844 (+) True XLOC_022925
TCONS_00045568 mRNA downstream 137703 22021675 ~ 22031079 (+) False XLOC_022926
TCONS_00045569 mRNA downstream 138137 22022109 ~ 22030868 (+) True XLOC_022926
TCONS_00045570 mRNA downstream 155992 22039964 ~ 22059340 (+) False XLOC_022927
TCONS_00045571 mRNA downstream 172414 22056386 ~ 22059801 (+) True XLOC_022927
TCONS_00045565 other upstream 134245 21720480 ~ 21748700 (+) False XLOC_022923
TCONS_00045559 other upstream 253105 21629725 ~ 21629840 (+) True XLOC_022919
TCONS_00045555 other upstream 348513 21530004 ~ 21534432 (+) True XLOC_022916
TCONS_00045551 other upstream 610217 21272612 ~ 21272728 (+) True XLOC_022912
TCONS_00045533 other upstream 1094661 20788168 ~ 20788284 (+) True XLOC_022903
TCONS_00045572 other downstream 572872 22456844 ~ 22456961 (+) True XLOC_022929
TCONS_00045578 other downstream 1205417 23089389 ~ 23089505 (+) True XLOC_022933
TCONS_00045587 other downstream 1957712 23841684 ~ 23932525 (+) True XLOC_022942
TCONS_00045597 other downstream 2571660 24455632 ~ 24455748 (+) True XLOC_022952
TCONS_00045600 other downstream 2842986 24726958 ~ 24730970 (+) False XLOC_022954

Expression Profile

//