RNA id: TCONS_00050423


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050423
length 117
RNA type rRNA
GC content 0.52
exon number 1
gene id XLOC_025598
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 39182746 ~ 39182862 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

agccacagccatatcaccctgtagCCCAAGAGAGGCTaaccactgaagctaagcagggctgagcctgatcagtacctgaatgggagaccacatgggaaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000193760

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052364 lncRNA upstream 130036 39050589 ~ 39052710 (+) True XLOC_025596
TCONS_00050419 lncRNA upstream 640858 38540380 ~ 38541888 (+) False XLOC_025594
TCONS_00052360 lncRNA upstream 1427784 37751136 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052745 lncRNA upstream 1427784 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052361 lncRNA upstream 1427784 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00050424 lncRNA downstream 75948 39258810 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050425 lncRNA downstream 76639 39259501 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050426 lncRNA downstream 76941 39259803 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050427 lncRNA downstream 76990 39259852 ~ 39264517 (+) True XLOC_025599
TCONS_00050429 lncRNA downstream 372900 39555762 ~ 39564499 (+) True XLOC_025601
TCONS_00050422 mRNA upstream 72518 39099716 ~ 39110228 (+) True XLOC_025597
TCONS_00050421 mRNA upstream 323441 38793499 ~ 38859305 (+) True XLOC_025595
TCONS_00050417 mRNA upstream 556806 37824268 ~ 38625940 (+) False XLOC_025593
TCONS_00050418 mRNA upstream 557922 37827373 ~ 38624824 (+) True XLOC_025593
TCONS_00050420 mRNA upstream 633995 38540411 ~ 38548751 (+) True XLOC_025594
TCONS_00050428 mRNA downstream 357152 39540014 ~ 39550089 (+) True XLOC_025600
TCONS_00050430 mRNA downstream 384137 39566999 ~ 39576663 (+) False XLOC_025602
TCONS_00050431 mRNA downstream 385428 39568290 ~ 39577052 (+) False XLOC_025602
TCONS_00050433 mRNA downstream 396531 39579393 ~ 39599339 (+) True XLOC_025603
TCONS_00050434 mRNA downstream 417700 39600562 ~ 39607870 (+) False XLOC_025604
TCONS_00050411 other upstream 1393537 37787309 ~ 37789209 (+) True XLOC_025587
TCONS_00050415 other upstream 1393801 37788861 ~ 37788945 (+) True XLOC_025591
TCONS_00050414 other upstream 1394186 37788476 ~ 37788560 (+) True XLOC_025590
TCONS_00050413 other upstream 1394457 37788203 ~ 37788289 (+) True XLOC_025589
TCONS_00050412 other upstream 1394844 37787818 ~ 37787902 (+) True XLOC_025588
TCONS_00050432 other downstream 385626 39568488 ~ 39570855 (+) True XLOC_025602
TCONS_00050436 other downstream 417762 39600624 ~ 39606477 (+) True XLOC_025604
TCONS_00050446 other downstream 701957 39884819 ~ 39884956 (+) True XLOC_025609
TCONS_00050449 other downstream 979537 40162399 ~ 40168381 (+) False XLOC_025611
TCONS_00050463 other downstream 1608858 40791720 ~ 40794879 (+) False XLOC_025623