RNA id: TCONS_00050412


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050412
length 85
RNA type snoRNA
GC content 0.46
exon number 1
gene id XLOC_025588
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 37787818 ~ 37787902 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGCAAATGATGTTTTTTCTCACGATGGTCTTCCAAGTCTGTCAGGCTCTGACGACACTGCCTTATGGCATCACTGATGCAGCAAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117039

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052360 lncRNA upstream 32856 37751136 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052745 lncRNA upstream 32856 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052361 lncRNA upstream 32856 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052362 lncRNA upstream 33172 37752654 ~ 37754646 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052363 lncRNA upstream 34589 37752747 ~ 37753229 (+) True XLOC_025586
TCONS_00050419 lncRNA downstream 752478 38540380 ~ 38541888 (+) False XLOC_025594
TCONS_00052364 lncRNA downstream 1262687 39050589 ~ 39052710 (+) True XLOC_025596
TCONS_00050424 lncRNA downstream 1470908 39258810 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050425 lncRNA downstream 1471599 39259501 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050426 lncRNA downstream 1471901 39259803 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050409 mRNA upstream 45223 37707432 ~ 37742595 (+) True XLOC_025585
TCONS_00050408 mRNA upstream 126958 37649436 ~ 37660860 (+) True XLOC_025584
TCONS_00050407 mRNA upstream 206198 37574885 ~ 37581620 (+) True XLOC_025580
TCONS_00050406 mRNA upstream 552518 37197686 ~ 37235300 (+) True XLOC_025578
TCONS_00050404 mRNA upstream 555166 37196258 ~ 37232652 (+) False XLOC_025578
TCONS_00050416 mRNA downstream 2449 37790351 ~ 37806283 (+) True XLOC_025592
TCONS_00050417 mRNA downstream 36366 37824268 ~ 38625940 (+) False XLOC_025593
TCONS_00050418 mRNA downstream 39471 37827373 ~ 38624824 (+) True XLOC_025593
TCONS_00050420 mRNA downstream 752509 38540411 ~ 38548751 (+) True XLOC_025594
TCONS_00050421 mRNA downstream 1005597 38793499 ~ 38859305 (+) True XLOC_025595
TCONS_00050385 other upstream 1168016 36617142 ~ 36619802 (+) True XLOC_025568
TCONS_00050361 other upstream 1826732 35960989 ~ 35961086 (+) True XLOC_025557
TCONS_00050360 other upstream 1827808 35959912 ~ 35960010 (+) True XLOC_025556
TCONS_00050359 other upstream 1956456 35812077 ~ 35831362 (+) True XLOC_025554
TCONS_00050357 other upstream 1969411 35812056 ~ 35818407 (+) False XLOC_025554
TCONS_00050413 other downstream 301 37788203 ~ 37788289 (+) True XLOC_025589
TCONS_00050414 other downstream 574 37788476 ~ 37788560 (+) True XLOC_025590
TCONS_00050415 other downstream 959 37788861 ~ 37788945 (+) True XLOC_025591
TCONS_00050423 other downstream 1394844 39182746 ~ 39182862 (+) True XLOC_025598
TCONS_00050432 other downstream 1780586 39568488 ~ 39570855 (+) True XLOC_025602