RNA id: TCONS_00050414


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050414
length 85
RNA type snoRNA
GC content 0.46
exon number 1
gene id XLOC_025590
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 37788476 ~ 37788560 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TGCAGGTGATGTCTTTTCTCACGATGGTCTTCTGAACCCTTTGGGTTTTGAGGATGATGCCTTATGGCTTTACTGATGCTTCCCT

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117520

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052360 lncRNA upstream 33514 37751136 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052745 lncRNA upstream 33514 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052361 lncRNA upstream 33514 37751330 ~ 37754962 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052362 lncRNA upstream 33830 37752654 ~ 37754646 (+) False XLOC_025586
TCONS_00052363 lncRNA upstream 35247 37752747 ~ 37753229 (+) True XLOC_025586
TCONS_00050419 lncRNA downstream 751820 38540380 ~ 38541888 (+) False XLOC_025594
TCONS_00052364 lncRNA downstream 1262029 39050589 ~ 39052710 (+) True XLOC_025596
TCONS_00050424 lncRNA downstream 1470250 39258810 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050425 lncRNA downstream 1470941 39259501 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050426 lncRNA downstream 1471243 39259803 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050409 mRNA upstream 45881 37707432 ~ 37742595 (+) True XLOC_025585
TCONS_00050408 mRNA upstream 127616 37649436 ~ 37660860 (+) True XLOC_025584
TCONS_00050407 mRNA upstream 206856 37574885 ~ 37581620 (+) True XLOC_025580
TCONS_00050406 mRNA upstream 553176 37197686 ~ 37235300 (+) True XLOC_025578
TCONS_00050404 mRNA upstream 555824 37196258 ~ 37232652 (+) False XLOC_025578
TCONS_00050416 mRNA downstream 1791 37790351 ~ 37806283 (+) True XLOC_025592
TCONS_00050417 mRNA downstream 35708 37824268 ~ 38625940 (+) False XLOC_025593
TCONS_00050418 mRNA downstream 38813 37827373 ~ 38624824 (+) True XLOC_025593
TCONS_00050420 mRNA downstream 751851 38540411 ~ 38548751 (+) True XLOC_025594
TCONS_00050421 mRNA downstream 1004939 38793499 ~ 38859305 (+) True XLOC_025595
TCONS_00050413 other upstream 187 37788203 ~ 37788289 (+) True XLOC_025589
TCONS_00050412 other upstream 574 37787818 ~ 37787902 (+) True XLOC_025588
TCONS_00050385 other upstream 1168674 36617142 ~ 36619802 (+) True XLOC_025568
TCONS_00050361 other upstream 1827390 35960989 ~ 35961086 (+) True XLOC_025557
TCONS_00050360 other upstream 1828466 35959912 ~ 35960010 (+) True XLOC_025556
TCONS_00050415 other downstream 301 37788861 ~ 37788945 (+) True XLOC_025591
TCONS_00050423 other downstream 1394186 39182746 ~ 39182862 (+) True XLOC_025598
TCONS_00050432 other downstream 1779928 39568488 ~ 39570855 (+) True XLOC_025602
TCONS_00050436 other downstream 1812064 39600624 ~ 39606477 (+) True XLOC_025604
TCONS_00050446 other downstream 2096259 39884819 ~ 39884956 (+) True XLOC_025609