RNA id: TCONS_00050446


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00050446
length 138
RNA type rRNA
GC content 0.41
exon number 1
gene id XLOC_025609
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 39884819 ~ 39884956 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCACAGTTTAATCTATgttataaaatgcataaaaagttgtCTGGTACATtaaccggttactcactgaagctaagcatggctgagcctggtcagtacctggatgggagactacatgggaaaactaggttgctgttggaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000119229

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00050437 lncRNA upstream 252605 39626833 ~ 39632214 (+) True XLOC_025606
TCONS_00052746 lncRNA upstream 260894 39618568 ~ 39623925 (+) True XLOC_025605
TCONS_00050429 lncRNA upstream 320320 39555762 ~ 39564499 (+) True XLOC_025601
TCONS_00050424 lncRNA upstream 620302 39258810 ~ 39264517 (+) False XLOC_025599
TCONS_00050451 lncRNA downstream 279180 40164136 ~ 40166202 (+) True XLOC_025611
TCONS_00052365 lncRNA downstream 466717 40351673 ~ 40352408 (+) True XLOC_025618
TCONS_00052747 lncRNA downstream 519213 40404169 ~ 40404939 (+) True XLOC_025619
TCONS_00052748 lncRNA downstream 1013668 40898624 ~ 40902157 (+) False XLOC_025627
TCONS_00052749 lncRNA downstream 1014268 40899224 ~ 40902157 (+) False XLOC_025627
TCONS_00050444 mRNA upstream 6828 39759130 ~ 39877991 (+) False XLOC_025608
TCONS_00050439 mRNA upstream 194601 39656249 ~ 39690218 (+) False XLOC_025607
TCONS_00050442 mRNA upstream 198842 39663987 ~ 39685977 (+) False XLOC_025607
TCONS_00050441 mRNA upstream 198842 39663987 ~ 39685977 (+) False XLOC_025607
TCONS_00050440 mRNA upstream 198842 39663987 ~ 39685977 (+) False XLOC_025607
TCONS_00050447 mRNA downstream 37646 39922602 ~ 39946275 (+) True XLOC_025608
TCONS_00050448 mRNA downstream 73451 39958407 ~ 39967412 (+) True XLOC_025610
TCONS_00050450 mRNA downstream 279173 40164129 ~ 40168482 (+) False XLOC_025611
TCONS_00050452 mRNA downstream 285260 40170216 ~ 40180201 (+) True XLOC_025612
TCONS_00050453 mRNA downstream 370452 40255408 ~ 40258950 (+) True XLOC_025613
TCONS_00050436 other upstream 278342 39600624 ~ 39606477 (+) True XLOC_025604
TCONS_00050432 other upstream 313964 39568488 ~ 39570855 (+) True XLOC_025602
TCONS_00050423 other upstream 701957 39182746 ~ 39182862 (+) True XLOC_025598
TCONS_00050415 other upstream 2095874 37788861 ~ 37788945 (+) True XLOC_025591
TCONS_00050414 other upstream 2096259 37788476 ~ 37788560 (+) True XLOC_025590
TCONS_00050449 other downstream 277443 40162399 ~ 40168381 (+) False XLOC_025611
TCONS_00050463 other downstream 906764 40791720 ~ 40794879 (+) False XLOC_025623
TCONS_00050464 other downstream 906790 40791746 ~ 40792877 (+) False XLOC_025623
TCONS_00050465 other downstream 906790 40791746 ~ 40792988 (+) False XLOC_025623
TCONS_00050466 other downstream 906790 40791746 ~ 40793552 (+) False XLOC_025623