RNA id: TCONS_00052796


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052796
length 5057
lncRNA type read_through
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_025731
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 51895324 ~ 51900899 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

aCTGTCACAGGCACAAAGACACTAtagtttggtttatttttattgtagtaCAGTAGGCATGAGTCATGAGGACATACGGTTGACAGCTATGAGGCAGTAACCATAGACTTCTCCCTTGGACGCTACAACATTCAGTTCACTCACATTTTAGCTCTCTCTGGCAGCCATAACCAATGAAGCGCTGATGCTCTGAATGAGAAACAGTACCTACTTCCGCAAGGTTTAGCACAGTATAAAACTCTTGAAAGGCATACAGCAAGAAAGCGAGGGTACAGTGCAGTGATTGTGACTTACAGCATTGGCACAAATGTGTATGGGCTCCAGTGATTCAAGGCAGAGCATGATGGGTACATCTGTACGTTACATTTAAACAGATCATCAtgtaaaacagctttttttctgtGTAACACCTCATGATTTAGGGACAAAAgacaaaatatagaaatatacatGGGGCCCACATGCCATCTGGACCTTCTGGATTGTTTTGTAGAACATCTATTTGGATTGGATCTAACAAAAATAACACTTCTGAGACAAGGCATCATCACAGACGGAGGACCTGATCTGCAGGAGCTGCCATTGCTGTTTGGAACACGCTTTGTTCGCAGACGACAGGGGTCATTTCTGTTACGCTGTACATTTTCATGTCACCATTGCATTGTCAATGGATgaaatattaaactatattaatgttaaaattgaaatattaaactattttttttactacaataGTAGTCTGGAGTGCAGCCATCTTGTCACATAATGATATGCGAGTTGCAATGTGTGTTACATTGATATCCAGAGTGATCTCtggaacataactattttacttaATGTTAGAAAAGTGTgtcaatttataaaaatacataccatttaatttgtataaatatGCACTATTTTTAAAGGGATGCATGCCTCTAAATTCTGCTTCTTACCCTGTTCCTTATTGAGGGAAGACCAAATTAtagtaaaatgtacaaattagattgtctaaattaatactaaattagtaactaaatcaaaaagttataaattgcCATGAGATTCCTTTAGTATGTCAAATGTTGGAATTTatgaaacatattttataaaaagaaCTAAAAAATCTGTTTTCCCAATTGAGAGCATGTATGTAAAAACACAAATGCATTCAATTTTGatgaaaaatacaacattttgggTTAAAAGTGTGGTAGGGGGTAGATCACACCAAACACGCTTTTTATATCGAGAGGtgccttttttaaatggtttactaacggcTGCGAGCATTTTAGTCGCTGTTTATGCGCCCTGCGCGCCTCGCGTTTTACTCGCCTGCTGTGTCTCGAGTTTTTGCCCTTGCACGCTGTgcactgttgccaactatttttaaGGCGCTAAGCTCTGCCCAAAAAGCTACTAAAAGTCACTAGATTGCATCATATGTCAATTTGACTATTACTAACATCACGTTCCACcgtttgtttgtttaacagcctatggttaataaaggggtatatatttgcactatgtatgcatgtcaatttaactgaATTTGTTGGTGTTTGAATAAAGTATAGCATTATAGATGTGttgtgaatttgcagtaatctttCAGACCTAATATACCCAGACAAGTTCCGAAACTGTCACtgaaatatctgtgattgtgaacaagaaaagaataaacagtcaaataaaattgttaaaataaattagaagTAGATCTGTTTGACTGTACAAAGGAAATACCTCACACTGCCGATGCCAAGTCATTTGCTGTTGGTACGCAGAGGAGTGATCTGTTCTCAGGCTGCAGTTGGGAGAGACTGCtctacgaggactgactgggccacCTGTAAGTGCTCTAAGCAGGGGAGGGGCCTAAGGTATTATCCGCAGCTCATTAAGAAGAATAGGAATGCTGCAGTATGGACACATGAGAGTCTATTACAATCTACAGTAACAAAAAAGtagctagatttgtcgctaggtgcttttttaaaaaagaattctcCACGAGGGTCTGAAAAATTGCTAAATATAGCGACAATTCGTTAATTTGGCAACACTGTCGCTGTGCGCTCGCAGTTGACACAATGTCAACTCTGTCAAATGTAAGTCACATCTATTTCATttaaatgaaagcagaggtgTGTTTTCAGTTAAGgtgtctgcagtgtttgtgtttttaagacaATAACGGAGACTTTTGATGATGGAGAAGAGACTTGTGGttactgttttgagttatccagtGCTGTATGATTCACAAATCtcgaatatcacaatattaattaaaattaaaattatattaatatcaacagcaacactcacgCACATTACTCAGCTGATTCACCTGTTgccaacactgaaaaaaatgatgttgcaaaactgttgcaaacaatttatttgtgttgaatttaaacaaacatatttaatttaataaaattccacttaatttgtatgtttaaattcaacctaAAACCCAAAAAAAGGCAGTGTTGTGCGCCTCgcattttataaacaaaaaagcGTGTTCAGTGTAATTGGAccctaaatgagtaaatgcacaTGCAAATACTTTCCATTATAAGCTCACAAAAAGTAGCTCAAATGTAAGTTTGCATTTGCTCAGGTGGTATTACGGATTAGGAAGCTTGCACTCCAGACTGCCTTGAAGCACTGTTAGCCAAAactgatttaaataatgtttatttccaACACAGATCAATCATATAGCTTTAATGACTTATTAAAGCACAGGTAGCCATTGACTCGCATTGGTTTCAGCTAAAAGTCTTCATTAAGGTTCATTAAGGTGACTTATCAACTGGAGATAAGTCACCAACATCTTGGATGGACTAAAGgtaagtaaatgatttatttgggGTAAATCCATctctattattttatattcataactGAAATCTTGCTAGCATAAAAATTGTAGTTATTAAGCATTATGAAAGGTTTGGTCTCAGTGACCAATAGAGATGTAATGATTCACCATGAGCCGGttgaaaatcaattaaaatatgtGACTACTCAAATTGGTAGAAATGTTGAACGGATCgtgatacatgttttgaacagaggCGGCGCTGTGTTTACATGTGCAAACTCACTTTACCTGCACGTCAGGGGCAAGCAAGAGGTGGAGCGGCGGACTAAAATGACGGGTGAAGTGCACCAGataaaacacaaactgtgtgcaaatactaATTTACTTGCACTAACAGAACAACaaatatgatgcacataaaccatcagcacagtgaaaaactacCGTCACAGATGTCTATACGCTAAAAACTTAACAAGTCAAGCCATGTGGTAAGCAGTTCTGCTTACTCTGATTCTGTGCATCAATGTTTTCATTGcgaaagtgtgaagatgtttttcagactgagAAAAAGTGAAAGGTGTTATGTTACAGAAGcagttattagattatttttacccTCTCCTTTTTCAAGTTAGTTTATGCATAGTTTAATATTTAgcttattgaatatttaaaaatgttcaagattaTCTCTTCTTACGTGTATCACACTGATTACAAAAGTCatattaattactcaccttcaTAATCGTGTTCAACTCCTGTATTTATTCtactatttagttattttaaaaataattttttaattgattttgtttttattattatatattttttttaaatagcaatttagttatggcagaaaatGTAGTTATTAAATTTAGTTATTGCAAAAAATGTGCAGCACTTATGAAAAAATGAAAGGGCTCTAATTCATCTTAAATTTgtgttaaataatttagtttaaagAAATTGTGACAAAATCGTGAATTGTGAGATTAGTATTGTGAATTGTGTCGAATTGGAGTCGGTAATCGTAACATCTCTAGTAACCAATAATGATTGATTCTAAGTTTATTTGGATGTATTTTTCTAATTGAACAAAGACATTCTCACCTAAAGACACCGACTTCTGAACACCCAGAATGTttcatgattttattattttaatattattctttTTGTAGTAGTTTCAACGGCTGCATAACAGGAATGACCCATGTGCAAACTATAATGTATTGAAGCTGTCATAATAGAATGTTGCTTTACTGCCTGTTCTCCTGGAATACTGTCATTACTTTTCTGAACAAACACGTACTGCAATGCATTacttcattctttaaaatattcctGAAATTTACATAGAAATCTAGGGATCTTAAGATCTAACAGGCGAATAACTAATTTGCTATTGATTAAACTGCATAATGATATATTAATTTGAGTTTTGATTATAAGAGGTGTATAAACGATATTTCACACTATGAGAGTGCTTTTGTAcattgtacatttaaacaaagcaGAACATAAGACAGTATGAGTACTTTAAAGTGTGTTCGTTAAAATAACCTAATTTAGATACATACCCTTGACACCCCTGAGCTAAAGCTTAGACAAAAGTGGTCTCTTCTCTTGCTCAATTCCATTAATTTAAATAGGGGACTATTTTATTGGGCAGAACCTTTCATAGCTCTTATTATTTGCAGCTCATTGGGTCAATCTAAAAAACACATAAAGCATTATGACAAGTATCTCGGACTCTAAACCACATATTGACAATATGGAGGATGACAAGCAGATGAGGAGAGCAGACTTGTATCTATATTATTTCCTACGggttatgtgcaaaaaaaaaagaatgatttcAGCATGATACAGTTACTGAATTGTGCAAATAAGTTATAATCTTCACAAATCATGTTTTTGATACATAGATAATAAATATGCTGTGTTGTAAAGATCTCTGTTCTTTAAACTGTTGTCCTCAAAAGACTGTCACTCAACCACCATCTGTCTACAAACACAACGGAGGGGCTGGCTAATCCACTACAGGATGAGGCACTGTGACCAAACAGCATATCAGGTTAACAGGTCTTTTTAGTccagaatgtaaaaaaaatacagaatagCGTTCAGTTTGATAAGACCGAGTCAAACCACAAAGGTTCTTACACCTCTTCAATTAAAAGGGTAATGGCCACTTCACTCTTGGGCTCCATTCTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052377 lncRNA upstream 136613 51758345 ~ 51758711 (+) True XLOC_025730
TCONS_00050592 lncRNA upstream 448328 51417422 ~ 51446996 (+) True XLOC_025726
TCONS_00052376 lncRNA upstream 872267 51011289 ~ 51023057 (+) True XLOC_025725
TCONS_00052375 lncRNA upstream 883754 51011289 ~ 51011570 (+) False XLOC_025725
TCONS_00052795 lncRNA upstream 1086131 50808637 ~ 50809193 (+) True XLOC_025724
TCONS_00052797 lncRNA downstream 323204 52224103 ~ 52264146 (+) False XLOC_025735
TCONS_00052378 lncRNA downstream 328967 52229866 ~ 52230153 (+) True XLOC_025735
TCONS_00050604 lncRNA downstream 466403 52367302 ~ 52379472 (+) True XLOC_025737
TCONS_00052798 lncRNA downstream 476679 52377578 ~ 52389039 (+) True XLOC_025738
TCONS_00052379 lncRNA downstream 489353 52390252 ~ 52392205 (+) True XLOC_025739
TCONS_00050596 mRNA upstream 2587 51684963 ~ 51892737 (+) False XLOC_025729
TCONS_00050595 mRNA upstream 217742 51660158 ~ 51677582 (+) True XLOC_025728
TCONS_00050594 mRNA upstream 217984 51660158 ~ 51677340 (+) False XLOC_025728
TCONS_00050593 mRNA upstream 237602 51563695 ~ 51657722 (+) True XLOC_025727
TCONS_00050590 mRNA upstream 1113819 50602866 ~ 50781505 (+) False XLOC_025722
TCONS_00050599 mRNA downstream 177899 52078798 ~ 52089800 (+) True XLOC_025732
TCONS_00050600 mRNA downstream 191700 52092599 ~ 52110797 (+) False XLOC_025733
TCONS_00050601 mRNA downstream 192595 52093494 ~ 52110809 (+) True XLOC_025733
TCONS_00050602 mRNA downstream 244612 52145511 ~ 52166846 (+) True XLOC_025734
TCONS_00050603 mRNA downstream 374792 52275691 ~ 52294508 (+) True XLOC_025736
TCONS_00050578 other upstream 1820134 50069595 ~ 50075190 (+) False XLOC_025717
TCONS_00050573 other upstream 2762847 49132341 ~ 49132477 (+) True XLOC_025709
TCONS_00050561 other upstream 4434721 47460488 ~ 47460603 (+) True XLOC_025690
TCONS_00050528 other upstream 6260138 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668
TCONS_00050515 other upstream 7007171 44888037 ~ 44888153 (+) True XLOC_025662
TCONS_00050613 other downstream 719159 52620058 ~ 52620175 (+) True XLOC_025746
TCONS_00050620 other downstream 928013 52828912 ~ 52829006 (+) True XLOC_025751
TCONS_00050635 other downstream 2166624 54067523 ~ 54067639 (+) True XLOC_025764
TCONS_00050662 other downstream 3398144 55299043 ~ 55299158 (+) True XLOC_025787
TCONS_00050664 other downstream 3582614 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789

Expression Profile

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