RNA id: TCONS_00068774



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00068774
length 609
lncRNA type antisense_over
GC content 0.47
exon number 3
gene id XLOC_033446
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 7420212 ~ 7422923 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


GGACAACCAACGGCCTGAACGACTATATGAATGACTATATAGCTGACCGGTTATATAACGGAGCGACTGGATTCTCGGTAGGACGAATTCTCTGGGGATTATGCGCCTCGGTCATTAGCCTCTTAGCAGGGGGTTTGCTGTTCACGGAGGACACCGACTGGATGATCAGATTGTTAGACtcactaactgactgactgacacagACTTCATTTCATTGTGCTGGATAAATGGACCTATTATGGAAACGACCCAGTCAGTGAAAACTGCTCTGCGCCTCCATATTTATGCTTTTTCTCTGTCCACATTGGTGTGTATTTGCGTCTGCGCTCAGGATCTGTGTGTGTGATAAACAGACTCTGCAGTCAGAAGGTAAATGGACCAAAGGCCGCTGGTGTTGTCGTACCGCCTTTAATTGGGATTTGATGTGAGAGAAGCGCTTAGGCCATGGAAATCGCTATCACATGCCGCTCCGAGGAGACGTTTTCAGATGCATGTTGCCTAAATCGCTTCAGAATCCACCACAATCCCGACCGCCTAATACCTCCTTAATTAATCTGGACATGGTTATATGCTCTCCTCTGTGACCCAACACCAGCTCACCTTATTACA

Function


GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068773 lncRNA upstream 104237 7312706 ~ 7315975 (+) True XLOC_033445
TCONS_00068772 lncRNA upstream 140316 7275851 ~ 7279896 (+) True XLOC_033444
TCONS_00068771 lncRNA upstream 144824 7265682 ~ 7275388 (+) True XLOC_033443
TCONS_00068550 lncRNA upstream 1167551 6249392 ~ 6252661 (+) True XLOC_033429
TCONS_00068770 lncRNA upstream 1176782 5978658 ~ 6243430 (+) True XLOC_033427
TCONS_00068775 lncRNA downstream 131837 7554760 ~ 7563288 (+) False XLOC_033450
TCONS_00065478 lncRNA downstream 132533 7555456 ~ 7563286 (+) True XLOC_033450
TCONS_00065480 lncRNA downstream 195113 7618036 ~ 7624545 (+) False XLOC_033449
TCONS_00068776 lncRNA downstream 921796 8344719 ~ 8352307 (+) True XLOC_033457
TCONS_00068551 lncRNA downstream 947199 8370122 ~ 8370761 (+) True XLOC_033459
TCONS_00065471 mRNA upstream 47153 7279903 ~ 7373059 (+) False XLOC_033445
TCONS_00065470 mRNA upstream 170423 7151832 ~ 7249789 (+) True XLOC_033442
TCONS_00065468 mRNA upstream 288347 7048245 ~ 7131865 (+) False XLOC_033440
TCONS_00065466 mRNA upstream 377079 7019911 ~ 7043133 (+) False XLOC_033439
TCONS_00065467 mRNA upstream 383646 7027199 ~ 7036566 (+) True XLOC_033439
TCONS_00065472 mRNA downstream 46839 7469762 ~ 7495887 (+) True XLOC_033447
TCONS_00065473 mRNA downstream 72111 7495034 ~ 7507488 (+) False XLOC_033448
TCONS_00065474 mRNA downstream 72182 7495105 ~ 7508747 (+) True XLOC_033448
TCONS_00065475 mRNA downstream 88991 7511914 ~ 7643941 (+) False XLOC_033449
TCONS_00065476 mRNA downstream 129085 7552008 ~ 7624101 (+) False XLOC_033449
TCONS_00065469 other upstream 326311 7048256 ~ 7093901 (+) True XLOC_033440
TCONS_00065458 other upstream 619523 6756206 ~ 6800689 (+) False XLOC_033436
TCONS_00065457 other upstream 722121 6697973 ~ 6698091 (+) True XLOC_033435
TCONS_00065428 other upstream 1850018 5569548 ~ 5570194 (+) False XLOC_033402
TCONS_00065420 other upstream 2230316 5189778 ~ 5189896 (+) True XLOC_033396
TCONS_00065483 other downstream 349242 7772165 ~ 7772378 (+) True XLOC_033453
TCONS_00065484 other downstream 356040 7778963 ~ 7779176 (+) True XLOC_033454
TCONS_00065492 other downstream 1006031 8428954 ~ 8429919 (+) True XLOC_033460
TCONS_00065497 other downstream 1247542 8670465 ~ 8681181 (+) True XLOC_033464
TCONS_00065500 other downstream 1618252 9041175 ~ 9046302 (+) True XLOC_033466

Expression Profile


//