RNA id: TCONS_00068772


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00068772
length 4046
lncRNA type inter_gene
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_033444
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007118.7
NCBI id CM002891.2
chromosome length 74282399
location 7275851 ~ 7279896 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cagaagccctgagttttgagatcttaaagagcgagttggattgtagcgagacagaaggttggggAATATAACAATTCTGCCGTCAAGATGCAAACAACTGCAGTATcacactttctttcttttttttaactgtcagcttagCCCTTTGTGTGACCCTGCCCTTATATGCCTTAATAAATTGTCCGATGGCTGTTGTTAGATCTCTTTCTGCCTTCTGTCACGGCGGTGTGGAAGAGGAAACATCCACCTTATTGAGACATGGAGAGGCCAGAGGCGCAGCACTCGGCACTAATTACGACCGAAGAGAAGAGCACTGGAGCGCATGGAGACTGTGGCGAGTTGCTTTTTTTAACCTCTTGCTGCTGAAGCGAAGAGATCTTTGAAAGGGGAGAGCTGAAGATGAAGGAAAACTGAATGGTTGGACAATTTCACATTATCATGCGCATATATGTGTGCGCTGTAGGCCCGTATGCTTGCTGAACATGTGAGGATGACATTTTTCcccctttaaaggtcccataaagtgctttgaaatctATATTTGTATTCTCAATTCGATGTGATCTCAActaaaacatgaagagagggtgggacatacaGAAACAAATAGTTGATTGATTCAGGTAAAAGTGTCTTTGGGTGTTAATACCAGGGTTATattatctaaatgcaaattttctcGCTGTTTTGAGGCGCATTAGCTTATtaatatccttaaaactaataCACTTattgtaaaatctaaaaactcTTTCAATAGGTGAAGGGTAAATGGGGTTTTCAAAGTGAGAGGCCACAAAGTGCTAGTGGGGTTCTTGGGAAATTAAAAACGTAGGTAGAATAGTGTAATAATAGcctattcattcatgcattttgtttttggcttaatctggggttgccacagcggaatgaaccaccaatttatccagcatgtttttacgcagcagatgcccttccagccgtaaacCCATCCCTGAGAAAAACAATAGCCTATtatgaatgtaaataataattcactttattgcaataattaattttaactgtggaaaataattaaaaaaaactattaattatatttacaaataatcacatttatgcaaaaaagtaaattaataaatacataaataaaaatgttatttaacttaaaataattaaaatatgaggGGTGTATTAATTTAGTTAATTGATTAAAAGAGTATTTAACCAAGATTCTtactaaatattttccaaataatattttactcattttaattatttaattaaatgtatttataccaTGGAAACTAATAAAAGTTTATATACAGGACGGTGGTCCCTCACATACAGATGTATTTAtatttgagcaattccagcgttatggatgtgacatttgcagtaaaatctttaaacacaaattCATAGAGagagtatatgttaacattatattaaaatgtctgtttatatttttccaaaGAACTAACAACAGAGTTGTGGGAGCACAAAAAAAtcaacatgcgttatggatgtgacaaaaaaggtCTGCgcgtttacagtatacaacatactttgaagaaattctgtgaaataaactgcacaacccaaaaaaaaaaacaatgctaatcaaaaggatatgAGTTGGCAAACAATAGAACAaaaatttttgattttatttaatttgacattttttgcatttatgagggaaaatctttgttatggatgtgacgtatgtgaaattgccacttgtgtgactttggtgaaTCAAATATAATCGTTTgtaaacattgacagagacatgtttaagtatttttactgtaaaaactgtAGGGTTTCGCTATTTTAatgaaaactacatttttttttcatggcaaggttgacatttgcatggaattgctcatttatAAAAGTatgcaaaaaagtaaattaataaatgcatcaaaatgttatttaattcaaaataattaaaatataaggGGTGTATTCATTTAATCCATTAATTAAAGAGTATTGAACTtgaagcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgcttggtcgctggttcgaaccttggcttagctggcgtttttgtgtggagtttgcatgttctccctgccttcgcgtgggtttcctccgggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgcggtacaggtgaattgggttggctaaattgtccgtagtgtatgagtgtttgtgtgaatgtgtgcggatgtttcccagagatgggttgcggctggaagggcatttgctgcgtaaaaacttactggataagttggtgattcatcccgctgtggcaaccccggattaataaagggactaagccgacaagaaaatgaatgaattaataacttAGTAGATTCTtactaaatattttccaaataatattttacccatttaaaaaaatatttaattaaatgtatttataccaTGGAAACTAATAAAAGTTTATATTTAGGATGGTGGTCCCTCACATAAGGATTAATTGATATTAGTAGTTTTGTAATATTAAAAACTCATCGAAAAAATTACCATAGTTTTAGTACAAAAAAGTTTTTGTAGGTACACCATTAGTAACCTCAAATTAAACATGGTTTAGCTACACTTTTTAGCTGCAGTTCCTAGCTATTTTAGTATACATAATAAAGTGTGCtcaatatgcaaaaaaaaaaaaataaattttttttttgaaattttaCCATTTGTTACTAAATGGTTATTaggcaaaataaaaacattgtcaatAATAAAATGGGCAATGTTCATAAGAGATCCCTGTCTGCAGAAGACTGACTTAGtgattaagtttttaaatgtagCAGTGTATGTACTCCTGAATTATTCAGCTTTTAATAATTACCTTACATGTGCTATAGAGTTGGTGTGTCCACACATACagttaaggtcaaaatcattagcccccctttgatttttttttcttttttaaatatttcccaaatgatgtttaacagagcaaggacattttcagagtatgtctgataacattttttcttctggaaaaaaaaaatcttatttgaacaaacaaacatcattatacaataacttgcctaattaccctaatctggctagttaacctaattagcctagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttgaaaatatctagtcaaatatataaTGTAGGCCACTGTCAtcaagcaaagataaaataaatcagttattagagatgcgttattaaaactattatgtttagaaatgtgatgaaaaaaatctcttcgttaaacagaaattaaaggaaaaaaaataaaaaggaggctaataattcagggggtctaataattctgacttcaactgtatatgatagcATCTTCCTGCGTTGTCATCGAATtaaatttgtgatttatttacCCTTTTTAACCGTTTTTATACTGCTAAACTGTCTTTACATTGTTGAAATAAGTTAATTTGTCGTAATTTATCTCTCTGACAGGATCTCTGGTTTTCGCGCGCTTTCTCCTCTTTATCCTCTGGCGACATCCAGCGGATATGAAGTGAAGTGCATTACCTTTTCTCCGGTGGGCTGTGTCCTCAACACTTCCACTCTTGGTTTTGATCTAATTTATGACATAATTAGCAAACTTATGTGTTTGCATGCTCGTCTGTCCGTTACTATTATTTATAATTCCCCAAATAACTGTAATAATTCGTACTATTATATCACGGCAGACGAGATGTTCAAATAGATtacttaatttcatttaattttatatgtatttttaccaAACATTTGACTGTATTTTGACCCACATAAGACTTATTTTTCTTTCGGTGTCTCTATGTGCGCGCGCATATTGTATGACTGGAGTTGTTTTGTGTGGGGAAAGTTGCGCGCGGTTCTCCAGTGCGCGTGAATCAGAGTGTGATGAACACGGAGGATCATTTAATGACACCAAACTCACATCAACAGGGTTCATCACATCAGATTCAGCACATTGTCAAAACAAGACCTGGTGCTGCTAGAAGGATCAGATGAGGGTGAAAAGA

Function

GO:

id name namespace
GO:0007216 G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00068771 lncRNA upstream 463 7265682 ~ 7275388 (+) True XLOC_033443
TCONS_00068550 lncRNA upstream 1023190 6249392 ~ 6252661 (+) True XLOC_033429
TCONS_00068770 lncRNA upstream 1032421 5978658 ~ 6243430 (+) True XLOC_033427
TCONS_00068549 lncRNA upstream 1218489 6053845 ~ 6057362 (+) True XLOC_033428
TCONS_00068548 lncRNA upstream 1328724 5943810 ~ 5947127 (+) True XLOC_033416
TCONS_00068773 lncRNA downstream 32810 7312706 ~ 7315975 (+) True XLOC_033445
TCONS_00068774 lncRNA downstream 140316 7420212 ~ 7422923 (+) True XLOC_033446
TCONS_00068775 lncRNA downstream 274864 7554760 ~ 7563288 (+) False XLOC_033450
TCONS_00065478 lncRNA downstream 275560 7555456 ~ 7563286 (+) True XLOC_033450
TCONS_00065480 lncRNA downstream 338140 7618036 ~ 7624545 (+) False XLOC_033449
TCONS_00065470 mRNA upstream 26062 7151832 ~ 7249789 (+) True XLOC_033442
TCONS_00065468 mRNA upstream 143986 7048245 ~ 7131865 (+) False XLOC_033440
TCONS_00065466 mRNA upstream 232718 7019911 ~ 7043133 (+) False XLOC_033439
TCONS_00065467 mRNA upstream 239285 7027199 ~ 7036566 (+) True XLOC_033439
TCONS_00065465 mRNA upstream 263890 6990510 ~ 7011961 (+) True XLOC_033441
TCONS_00065471 mRNA downstream 7 7279903 ~ 7373059 (+) False XLOC_033445
TCONS_00065472 mRNA downstream 189866 7469762 ~ 7495887 (+) True XLOC_033447
TCONS_00065473 mRNA downstream 215138 7495034 ~ 7507488 (+) False XLOC_033448
TCONS_00065474 mRNA downstream 215209 7495105 ~ 7508747 (+) True XLOC_033448
TCONS_00065475 mRNA downstream 232018 7511914 ~ 7643941 (+) False XLOC_033449
TCONS_00065469 other upstream 181950 7048256 ~ 7093901 (+) True XLOC_033440
TCONS_00065458 other upstream 475162 6756206 ~ 6800689 (+) False XLOC_033436
TCONS_00065457 other upstream 577760 6697973 ~ 6698091 (+) True XLOC_033435
TCONS_00065428 other upstream 1705657 5569548 ~ 5570194 (+) False XLOC_033402
TCONS_00065420 other upstream 2085955 5189778 ~ 5189896 (+) True XLOC_033396
TCONS_00065483 other downstream 492269 7772165 ~ 7772378 (+) True XLOC_033453
TCONS_00065484 other downstream 499067 7778963 ~ 7779176 (+) True XLOC_033454
TCONS_00065492 other downstream 1149058 8428954 ~ 8429919 (+) True XLOC_033460
TCONS_00065497 other downstream 1390569 8670465 ~ 8681181 (+) True XLOC_033464
TCONS_00065500 other downstream 1761279 9041175 ~ 9046302 (+) True XLOC_033466

Expression Profile

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