RNA id: TCONS_00071472


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00071472
length 4532
RNA type mRNA
GC content 0.33
exon number 4
gene id XLOC_036593
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007119.7
NCBI id CM002892.2
chromosome length 54304671
location 36128477 ~ 36140405 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TAAAGACATAGGAAATGATGTGCTATTCCATTGTAAAGCGAACATCCATAAGAAAATTCTCTCAATTAACATGTAGACTTAAAGAATCATAACATTAGATACGACTAGATTAGATTAGCAAGCAGCTTGACAGCTAAACAAACACTTTCTTCTTCCTCCTAGAGACAATGATGTCAGTGTGTGGGTTAAAATCAGAGTGGACGATGCAAAAGCCCAAACAGAGGAAATAACACCTGTGTTTGTCACCTGAGTAGTTTTATGTGTTCAGCTGTTATAAAGATGGAGCTGTACATGACCCTTTTCACCTTAACCACCCTTCTCTCAACTCATGCTGAAATTGTACATGATTATTTTTCAATTCATGGATGCTCTTATACAGACGAAGAGGGTATGCAAGCAGTTGATGGAGAGGATATGCATGGAATTGATAATGAGGAGATGTGGCATGCTGACTATAATCTGAAGACAGGAGTACTATCATTACCTGACTTTGGAGACCCTATTACATTTCCTAGATTTTATGAAACAAGTGTTATTGAAATGACAGGATGCAAAGCTAATATAGTCTCTTTGACTAAAATTTTTAACAGCCCACCACCAGAAATGGATCCACCACAGACATCTATATATCCAAAAGATGATGTTGAGCTGGGTGTTCAGAACACTCTTGTCTGCCATGCGACTGGATTCTATCCTCCGTCTATTAGAATCTTGTGGACTATGAATAATGTCAATGTGACAGAAGGCATTAGTTTAAGCCAGTATCGTCCAAGGGTAGATGGGACCTTCAACATCTTCTCCACATTTAGGTTCACACCAGCTGAGGGAGACATTTACAGCTGCAGAGTGATCCATGAAGCACTTCTTGGTCAACCTCAGGCCAAAATATATGatgttgatgttgccatcccaAGTGTTGGACCATCAGTGTTCTGTGGAGTGGCTCTGTCTCTTGGACTTTTGGGTATCGTGACTggaactttcttttttattaaagcaTTCAACTACAATGTAGATATGGAAGTAAATTGACAAACTGATCATTTTAAGTAACTGTGTATTTTAAAACTGGGttcaatgttgttgttttgtttgtttgtttttttgttttgttttttacatttgatgATATTCAATTATCAATTTGCTAGTGTTTTGCTGTTTGCATGTGTCACAGCTTAAGTCACAGCTCATTTGAGCTCTCTCTgcaacactgtaaataaaaaaacttttaaaaacacttagattctacaggaaaatacattttttcccaccaaaacagtaatattctgttaaaacattttggataatattattgttttcaaGAAAGTAACCAACAGCAGAAAAACAATAAGCACAAACGGTGCTTTCagttacagcattaaataaaattaactaaaataaaaccatttcagtctcagcagaggatcattaaacaatttTTCAGAGTAAATAGcagtaaactgtaaaataatCGAGCTCAGGAGAAGCTCAAAATGGGCAGGTCAGCTCTAAGTGGCTGGGACTTGAGCTTCAAGTGGGTTGACCAAACCACCTGAAGTtttcattgatctatttaatgtcttctacactgtaaaaaatgtctgcgattttaacagtaaaagtctGTACAATCTAAAGTGAAAACCTATGAAAAGATTAACGGCTCATTTCTGgacaaaacacagaaaataactgTGATAGATCTAACCTTGGTTTTCGAGTAAGTAACCGGAATGTCTGAAATTTCACCACACACCCTTATTCACTAGTTCCTAAATTAGTTAATTAGTATatgtctgcagtcctgacctgtgtccaatagagaatgtgtggcacattttaaagcacaaaaaaagAAGGTCCAGTTCTGTTGTTCACCTTaaacttgtttgcaggaagaatgggtcaaaattacacctgaaaaacttcatcacttggtgtcttcagtccctaaatgtcttttaagtgttgtaaaaaggaatggcaacaatACAAAGTGGTACATGCTGAACTGTTCCAATATTTTAGAAATTTGCTGaaaaatatgttgttgtttttttaatcacgagaaatacattaaacaatgtttgtcgtattgtctgcaatgaaatacaagtctaagtaaatttagaaattgcTACtctcatttaattgtattttccatactgtcctgaTGTTTTCTGATTTAGGGATGTAAAACATATCATGACCATTAAATATTGGAAACTGTGGTGTTTAACATGGACtggatattattaataaatcttcaTAAACATGACAGTACGATTCACATGATTAAATAAACTTTCTTTCCCCTCATGTACTTTTGTGGGAAGAAAGTTGGGGAAGTTGGGATTTTAGAAGTGGTTTGACATGATAGACATGATTGTTGTAATAATTTTGGGCCATATGGGTAAATCCTTTAATTAGATTAAAATACACACACTTTTTCTTTACATCTATAATGTGTTAAATGGCATATCGATGTGTGTACACAGTTATGGGTTTGTCATGTTAAATGGGACGAGACATAACACTTATGTGAGATCGGTAACTGCTGAACAATAAAAAGACAaacaacacaaaagatgataaaAACATACtgaaaatgattcatttatataGAACAAAACATCAACCAATAATGCAATAAATGACAAGAGTGTtaccaaaagaaaaaagaaagagagaaaataaatgacaaaaacataTGTGGAAATATGGGTTGGTTATATAGAGTAGATTAATACATTTTCACTTTGAAGATCACCACCTGATAGACATATAAGACTTAACGGTCCCACTTtgtattaagtgtccttaactactatgtatttacatcaaaaaaataaatacaatgtacttactgtgtttataatgtatttgagaacacagtaaatacatgtatttacacaataagtacattgcaacaaactattagttcatgtgtaagtacatattagttaaggccacttaatttaAAGTGGGAACGACTTAACACTTAGGAAAGGAGGAAAAACTAAGAAATTCAGTAagaaaacagcaacttttttacagtgatatttaaaagatttattttgcaatatatccTTAAAAAGACAAGAAACAAATGTTTACTGTGATTGTTGTCAACATTACAAACTTGTTATTTTACAAAGAGCAAGGAAGCTTGAATTCATGGATATATTTGGAGAAGAACAATGAGAAACTTTGATTTTACTGTGTTTAATGTTGTAAAATGTagcaaaacaaactaacaaaaaatgcATTGCATTTCTGGAACTATGGAAAAATACAAGAAAAACATCTTGTGTACCAAAGATGTTGTCTTTAGGGAAACTATGAGGAAAATGTTTTATCATATTCTGAAAACGTCCCTGTTTATAATACACAACTGATAATAATGGGccatttttattctgttttgttctattacataaaattacaactttatttttcctaaaaaaataaaaataaaaaaagcagaagGAGAAATGATACATTTGAGATTTATCAATTAAGTCATAgatatggtgttttttttttttttttttttgtaaaataaaattggaAATTTCTGTTTGAAATAGAGGTTTACCCACATTTGAATGTCCagttctgaaaaagaaaaaaatataattttagaaaccaaagaaataaagaattaatgttttaatatttgtttgaaCAATTGTGTCAGAACTGCAAGATTCCCATTTGTTACATCCCTTGgatgtatttattattgtttatatgtgtgtttaCTGCCCATTGGGAGTGGTTATGTTGTGTGATTCTCTTCTACTCTTCCAATATGTCTCTCTGCCTGCTCACTAGGTAGAGCTGATTTGGCTCAGGTGGTTTTCAACATTGGAGCGCACTTCAGTAACATGCTGCGACAAAAGAGCAGTGTGCCTCAACCCAAGGAGAGGTTCATTTCTCCCCTGCTCAAGACTTGTGGTTGCCGTGGTTGTACTCTGTAGGCATTGATACTGTTGTATATAGAAAGAAGTTTATCAAACTATTGGGTCCAATTTAACTTCTGTCTTTGAAGAAACTTGGTGTTTCTCTTGTGTTGTGGAACTTTAAAGGCAGTGCTTTCTTAGATGTATAAATGAAATATACTTTTTCTGTGTGGTATTTAAAAGGAAATTGTATTGTTCTTTGTCTTGACATTTTGATTTACAAGTTTAAGCTGTAGGGAGAGTGTgccatttttatttctgtacttGTTTGACTGTGTTTATTCATAGTAAGGGAGTTGAGGAAAGCCtttgttgtttcttttctttAACCTGAAACTAGGTTATTTAGTACTCCTCCTAGCTAGatctgttttgttgttttgatttAATCCTTCTCCTGAATATTTATGCTTCATTTATTGTTTACTGAATAAGAAccaaagaataaaatatttaagtttacTCTTGTGGTTGTTTCACATTTCTGAGGCAGGATTGAATTGTTCCctcaatttgtttatttaatttatacgcAATTTATGAATTTGGTATTCTTTTCCTTAA

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000182806

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00072496 lncRNA downstream 347790 35766632 ~ 35780687 (-) True XLOC_036590
TCONS_00072495 lncRNA downstream 535969 35579388 ~ 35592508 (-) True XLOC_036588
TCONS_00072494 lncRNA downstream 536632 35579388 ~ 35591845 (-) False XLOC_036588
TCONS_00071464 lncRNA downstream 1666086 34461160 ~ 34462391 (-) False XLOC_036584
TCONS_00071483 lncRNA upstream 387828 36528233 ~ 36541856 (-) False XLOC_036601
TCONS_00071484 lncRNA upstream 393155 36533560 ~ 36541482 (-) True XLOC_036601
TCONS_00072497 lncRNA upstream 592511 36732916 ~ 36968730 (-) False XLOC_036604
TCONS_00072498 lncRNA upstream 654096 36794501 ~ 36798705 (-) True XLOC_036605
TCONS_00072499 lncRNA upstream 674713 36815118 ~ 36959996 (-) False XLOC_036604
TCONS_00071471 mRNA downstream 2628 36057318 ~ 36125849 (-) True XLOC_036592
TCONS_00071470 mRNA downstream 16199 36057318 ~ 36112278 (-) False XLOC_036592
TCONS_00071469 mRNA downstream 167490 35809081 ~ 35960987 (-) True XLOC_036591
TCONS_00071468 mRNA downstream 392336 35735234 ~ 35736141 (-) True XLOC_036589
TCONS_00071466 mRNA downstream 1361065 34766211 ~ 34767412 (-) True XLOC_036586
TCONS_00071473 mRNA upstream 143143 36283548 ~ 36287046 (-) True XLOC_036594
TCONS_00071474 mRNA upstream 180931 36321336 ~ 36327328 (-) True XLOC_036595
TCONS_00071475 mRNA upstream 222493 36362898 ~ 36370552 (-) False XLOC_036596
TCONS_00071476 mRNA upstream 228125 36368530 ~ 36370595 (-) True XLOC_036596
TCONS_00071477 mRNA upstream 236601 36377006 ~ 36387378 (-) False XLOC_036597
TCONS_00071467 other downstream 752120 35376243 ~ 35376357 (-) True XLOC_036587
TCONS_00071453 other downstream 2203966 33906377 ~ 33924511 (-) False XLOC_036577
TCONS_00071452 other downstream 2209900 33906377 ~ 33918577 (-) False XLOC_036577
TCONS_00071451 other downstream 2215496 33906377 ~ 33912981 (-) False XLOC_036577
TCONS_00071450 other downstream 2218410 33906377 ~ 33910067 (-) False XLOC_036577
TCONS_00071488 other upstream 674665 36815070 ~ 36815222 (-) False XLOC_036604
TCONS_00071489 other upstream 753228 36893633 ~ 36968730 (-) True XLOC_036604
TCONS_00071508 other upstream 1316110 37456515 ~ 37457198 (-) True XLOC_036613
TCONS_00071526 other upstream 2483750 38624155 ~ 38631651 (-) True XLOC_036624
TCONS_00071541 other upstream 3699892 39840297 ~ 39847614 (-) False XLOC_036638

Expression Profile

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