RNA id: TU242118


Basic Information

Item Value
RNA id TU242118
length 6497
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 3
gene id G204417
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_047607.1
NCBI id CM018553.1
chromosome length 26458119
location 3064905 ~ 3072726 (+)
genome version GENO_Phyp_1.0_2019_striped_catfish_Genome
species striped catfish
(Pangasianodon hypophthalmus)

Sequence

CATGGAATCACCTCAAACACTCTGGATCTAAATCCAGGATACTATTGAACCATCCTTTAGGACTTTCCATTTCCTCTCCCTCAGCAGTAATGTTTtcctctctatccctctctcctctGGTTATTGTGCGTAACACTGGGTGGAGATAATGGCGTCTAAAGCAGCTCGTCAGCGTTTGAGCTCTTTATTCCAGCAGCACTGAAGCAGTTTGGTGATAAAGGTTTTGTTCAAGGACACAGCAGCTGAAAGACGGACATGATGAAAGCAGCATCGCTTCTGAATTGGATTAAAATCTGCATGCACGAGGATTCAAATGGATTGTGTGTGAAAGGCTCAGGAAGTGCAAAGCGACTGTTTCTGATGACTCGGGACACGACAGCGGCGTGTTGAGGATGGCTTTGCTGTATTTTGCGTGGGAATgtcaatgaaattaaaaatgggcattttcaactttttttcttacagattaattcagttttatattaaagttaATTTCACTCACTGTTTATGGAATACAAATTATTTCGAAATCAAATCAATAGGAAAGTGCAGAACTATTCTTCTCACAGCTTTGAGCCATTTAGATCAGTTCAAATGACTCGACTCTTATACtgattcatattttttaattctttacatAATTTAAATACCAGAAATATAATTTGAAGTGACTTCAAGGCTATTACAAAAAGCTTGTATGGCCAAATATTGAGCATAACAGTTTCCTTTCTTATAAAATACCACAACCTGTGTGCTAATCAGGTCACTTATAAACTGTGGCTAATATAAATGCTTAATATTGGTGTCAGTACCAAATAACGTTTCTGAtgtcattaataatgacatgttTATCTTCATCGTGTCACTTTAAGCCAGGAGCTCCCAAACTTTTTGGACAAACGACACCAAATGGATAGCGTGAATCTGaccacactgcatttttttgttccagatttataatatattacttTTAAATCCATATTCAAGACGTTTTAGTACATTTTCATGTCCATTTCTTGACTCAGCCACACCAAGTCAGTCACTGCAAAAGTTTTAAGAGCTAAAATAGCATGTACTCTTAATTTAAAGATGCATTAGATCAGATTTCTCTAAATTTGTCAGGCTTAGGTCTCTATTGGTTAAGCAGGTGGAgctgaataagatttgaatgatttttttttttctttgagccCACCCACATTTCCCTATCCATGAACATCACTTTAATGCGCACTATTtaacactgtaatgatttatgagaACGGCCACAAGTGCAGTcactctccttttttcttcacAAGCTCTAAGCTGCGATATTAGCAGGGTGCTGAGTGAAGGGGTCTGAGGGAATGTCTATAATATGACTGACAGGATAGTCATGTAAACACAAGCATGAATTCTGGACCATAACACAGTTTTCCAAAGGAGTTTTCTCAGCCttttctccatacttttctcctGAGGTCACAGCTTAAATCATTTATCACCACGTTCTATGTATTTTCCCAGattattcatattataataataaagaaataaaatatattttatataaatataatttgggaaaaaaaaaaaaaaatcaactacaGCACCTTTAAATATGGCTTATTTGAACATGACAAGTAACATTTCAAATTAGTAGCATAAAATCTTCAAAATCAGTCTTTATGTTTAGAgtgatatttgtaatattaattactaaaataaatgaagtaagTAAATCTGGAAACCCCAcaacccctagtttgggaatcTCAGCTTTAAAAGCATGCATGTGTATAAACTGAAATCTGATCTTTAGCAGTTTATCACactaataaacagacagacacattgATGGactttcaatattttattgaaaataaatcaagCCGAGTGAGCTCAGGCGATGCTCCCGGCGTTTGAAGCAATCCTGGGCCACAGATCTGCACACTCCTTGGCTACGGGTCCCGTGATGGCTGaaccTTCATTTCCCCTTTGTTATTCACTATGACCCCTGCGTTGTCTTCGAAATACAGGAACACGCCGTCTTTTCGCCGGTACGACTTCCGCTGTCGTATCACCACCGCCGGATGCACTGCAATGCAAAGGGACACGAGTGAACGCTAAGCATCGTGTCTACATCACAAATCCTGCATTTCAGCTTCGAAATTAAATTccagtttaatatatttaagcaTTATTTGTCGTTTTCATAGATTACACAAGACGTGTCCATCATTAAATCAGGGCAGAGGTGATCGGGTACAACACGTAAAGATATTTCGCTGTATAAATGAGCATTTGAGTTTAGAGGAAAGTGTTTATTCGCTAGGAATCcattagttttatttctttattacagTAATCAATGGAACCTGTAAAAACTTAACACACAGATGAAGCTTGTTAAGTTTAAAACCCTAATAAAGATCAGTTAAGGTAAAAGGTACAACAGTGAGAAGCcggttatttttattattacagatgACTGCCTGATCTTCCTAACTAACTAGTAACAGAGACTGGATGCGTAAAAGAGCGAAGTAAACGTGTTCCATCACGGATTGAGACTGTACAGTACAGAATGCATCGCTGCCATCTCACCCAAGAGCAATGGGGTTCGCTATTTCCTTCCACGACAACTCGCTCAGCCACTGAGCAGACGGAGCAAGTGCTTTAAGAAGGAGTTAAGACAATTCCAGGACACAGGAATTATTTAAACAGTGCAATAAGTTCTTGAGGAATTGAACAAAAATTTATCCTGTGACTCTGAACCTAAATTCAACTCTAATAAACAACTGCagaatagagagaaagaaaaaaactgtaatgtaattattataatctCCAGATTCATACTATAACATGTTAAAATGTCAATGATCCTGTGAAATTCTCAATTAAAGACATAAATATGAACTTCTTATGCTCTAATCCATCAACACACCCACAGAGAGTTTTTAAAGATTGCACCCACCAGATGGTCACAAAACATGCACAAGTTCCCTTCCCCTGGTCCTGCAGAACCACAGGTTCCTACCCCTAGTCCTAGAGATCCTGCATTTCAGCTTCGAAATTAAATTCcagaataatatttttaagcATTATTTGTCGATTACACAAGACATGTCTATCATTAAATCAGGGCTGTATAAATGAGCATTTGAGTTTAGAGGAAAGTGTTTATTTGCTAGAAATCcattagttttatttctttattacagTAATCAGTGGAACCTGTAAAAACTATTAACACAGATGAAGCTTGTTAAGTTTAAAACCCTAATAAAGATCagttaatgtaaaatgtacaacaGTGAGAAGCcggttatttttattatttcagatgACTGCCTGATCTTCCTAACTAACAACCTTTTATCATCACACAAACAGGAAACTGAATCCAAAGCCAAACTAAAACTAAACTTCTGCagatctgtttatttattactataatGATGCGTCACCTAAATGATTTAAACTTTacaatcttaaaaaaatatatatctcttAATTTACATGTACATTAAAAGCACACAGACTCAACCAGAGCTACATTATAatcaatatcgtgataaattactGCACATtgcacttttctgaaatattaccgatatggggattttttttttttttaaacaattacaaactTTGGAAGCAGCCAAGTGCACTCAATTGTTAAAATTGTATACAAAATTTTCTTCCTGTACACATTACAAGTTTGCTCACTACTGATTTGCTGGCATTTTGTTAGCAAACATATATTGTgctacatattgtgtattgtagaaatgtcataGTGTTGAGAGTTGCCTTTAACACCCTCCTCCATGATCACGGTGATAAAAGCAAAATGTCTGCGAGTCCTGTTCGAGTGCTCCAGTCAAGTCACAATCTGAGGATTAAATCATCTCAGTTGTGCTTTGAACCAGACTTATGCTCTCAtcgcaaagaaaaaaaaaaaacatcattcacTAATTTTTAAAAGATCGAATGCTTTTGATCATATAGAAGTGTTCATTTTAACAGCTAATTTGGAATTAATTttatgacaagaaaaaaaaaatccactttcaTTTGACATTCTTAtttgttgaaataaaaaaattagtacATTCCCCCCATGCTGCACATTACAAATTAAGTTTAGTTTCAGtcatagttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagatagaaattTCATTCAGTCGATTGATTATACCAGCTTCATCATGCACACGCCTCTTCTGCTAATGCGTTAGTGGATTATCAATACTGTCATGTTGATAAATCAAGTGGAATGGAATGAATTTGCAGCAAATGCAATTGTAAATACACTAATATAGAGTGTctaacacaaaaaaagaaattttaaatggTATTCTGCACTATAACCTTTTCCGCAAGAGGGCTGAAAAGGTTCACCCTGAGATCACATCAGCATCATCAAAGATTTTCATCATGTACGACGACGAGAGCCTGCGAATTCCAATACGACAGCAGACGAAGTGACCGTTAAGGATTTCGTGCAGAAACGATGTTAGTCTGACGACGTAACTGAGGCATAAAACATGCGCTGTGCAGAGGCGTCGCTCGCCGTGTTGTGTACCTGTCCGCTGGGAGAACTGTGTGGACAAATGCGATTCGCGACCTAGCTAATGACTGGACGCTAAAAAGACGTGCCCACGCTGATTCattccaagatggctgccctcGAAGAGCGAAACTGCAGAGAGTACGGTGGTTTTGTCCGTCACACAGACGTCTTCGTGTTAAGCGTGCTCGTTTGCTGGTgagaagtgggcggggctagtGACAAAGCTGAGCAAAGTTTAGCTTTATAAAAATGAGAAGCAAATTGATTTGGTGATGGAGCGGGCAACAATGACGAAAATATTGTATCACGATGTTTAGGCATTTGTGTGATACATGATATGAATCGCAAAATAGCAGTGctgggtttaaaaataaaaaaaatgcttggtactgtatttactaaaaaaaaaaaattccttcta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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU242111 lncRNA upstream 28742 3034271 ~ 3036163 (+) True G204410
TU242013 lncRNA upstream 162010 2902229 ~ 2902895 (+) False LOC113528221
TU242059 lncRNA upstream 293595 2770686 ~ 2771310 (+) True G204362
TU242026 lncRNA upstream 341096 2656576 ~ 2723809 (+) True G204333
TU242025 lncRNA upstream 341096 2656924 ~ 2723809 (+) False G204333
XR_003402893.2 lncRNA downstream 119978 3192704 ~ 3200055 (+) True LOC113527909
TU242361 lncRNA downstream 143061 3215787 ~ 3218884 (+) True G204633
TU242421 lncRNA downstream 280572 3353298 ~ 3356906 (+) True G204678
TU242422 lncRNA downstream 327043 3399769 ~ 3403347 (+) True G204679
TU242522 lncRNA downstream 461563 3534289 ~ 3587548 (+) False glyr1
XM_026916120.2 mRNA upstream 33741 3014983 ~ 3031164 (+) True mpp2a
XM_026916895.2 mRNA upstream 52046 3003608 ~ 3012859 (+) True pyya
XM_034309770.1 mRNA upstream 81814 2914258 ~ 2983091 (+) False LOC117598765
XM_026916304.2 mRNA downstream 15636 3088362 ~ 3146182 (+) True LOC113528048
XM_034309925.1 mRNA downstream 87207 3159933 ~ 3174285 (+) True kat7a
XM_034309926.1 mRNA downstream 87207 3159933 ~ 3174285 (+) False kat7a
XM_034310180.1 mRNA downstream 104823 3177549 ~ 3182903 (+) True zgc:113090
XM_026917273.2 mRNA downstream 148547 3221273 ~ 3231214 (+) False zgc:153733
TU242114 other upstream 52046 3003672 ~ 3012859 (+) False pyya
XR_004579364.1 other upstream 909056 2155599 ~ 2155849 (+) True LOC117598829
TU241504 other upstream 1179427 1883075 ~ 1885478 (+) False ccndx
TU241220 other upstream 1473830 1561594 ~ 1591075 (+) False syt3
TU241205 other upstream 1708578 1353334 ~ 1356327 (+) False kmt5c
TU242330 other downstream 119986 3192712 ~ 3200133 (+) False LOC113527909
TU242670 other downstream 894032 3966758 ~ 3986284 (+) True limd2
TU242671 other downstream 894032 3966758 ~ 3986284 (+) False limd2
TU242672 other downstream 894032 3966758 ~ 3986284 (+) False limd2
TU242673 other downstream 894032 3966758 ~ 3986284 (+) False limd2

Expression Profile


Homologous

species RNA id representative length rna type GC content exon number chromosome id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) TU28786 True 498 lncRNA 0.37 3 CI01000004 1426692 ~ 1427877 (-)
tiger barb (Puntius tetrazona) TU28786 False 1519 TUCP 0.39 2 NC_056701.1 12511926 ~ 12513721 (+)